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細胞株を使った研究論文でmockという細胞がよく書かれています.どのような細胞のことを指すのでしょうか?

いくつかの論文を見て,何か対象の処理を行っていない細胞のことを意味するか,あるいか親株(継代前の細胞)を意味するかとは感じました.

細胞について素人同然ですが,宜しくご教授願います.

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A 回答 (2件)

組織培養でmock cell(モック細胞)と言う場合、通常は目的とする遺伝子を含まないベクターのみでトランスフェクションを行った細胞を指します。



parental wild-type(親株)とともに、transfectant(形質移入株)に対する比較対照として用いられます。

"mock"は、「本当の被験体に良く似ている偽物」という意味です。
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ある薬品などの「処理」をする場合、その物質を注入すること以外の操作を同様にして行うコントロールの実験です。



たとえば、動物に物質を注射して投与する場合、「注射する」ということによってその後の結果が得られたのではないということを証明するために、「投与物質」のかわりにPBSなどを同様の操作で処理する実験のことです。細胞なら、その投与物質を除いたすべての操作を行う実験です。
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Qモック感染細胞について

ある論文を読んでいると、薬物の活性を検査するためにmock-infected cellsというものを使っていました。その論文にはmock-infected cellsについての記述は特に設けられておらず、インターネットで調べてもそれがどのようなものなのかが良く分かりません。今日図書館に行く予定なので、良い文献があれば文献の紹介もお願いします。回答よろしくお願いします。

Aベストアンサー

例えば、Aという遺伝子を導入して実験する場合、ウイルスベクター等なんらかの
発現ベクターを用いますが、ウイルスベクター自体の細胞への作用を考慮する
必要があります。

このためのコントロール実験として、遺伝子Aを含まないウイルスベクターそのものを
用いて同じ操作を行い、遺伝子Aのあるなしでの結果の比較を行います。

このような空のベクターを使ったコントロール実験のことをmockと言います。

今回はmock-infected cellということですので、空のウイルスベクターかと思いますが、
例えば、mock-transfectedであれば、空のプラスミドベクターであったり、その他の
コントロールになり得るDNAやRNAであったりします。

Qウェスタンブロットのサンプルのinputの意味

今呼んでいる分子生物学系の論文なのですが、ウェスタンブロットの結果のFig中に
C:control、IP:immunoprecipitationの他にもう一つ、inputと書いてあるサンプルがあります。これは一体どのような意味を持つサンプルなのでしょうか。
微妙に専門外なのでホントに基礎的なことだったらすみません。
詳しい方解答よろしくお願いします。

Aベストアンサー

正確な表現ではないですが数式で書くと
Input = IP+ flow through となります。
入れた物 = 抗体についた物+つかなかった物
ただ全量泳動することはできませんので、一般にNo.1のかたが書かれたように1% Inputとか10% inputとして泳動します。
抗体反応中の分解や容器等への付着、洗浄中の脱落および吸着の定量性を示したい場合にはflow throughを示しますが、一般にIPのデーターでは、どのようなサンプルを使用し、抗体でどの程度濃縮されたかを示すにとどめますので、ご質問の3つのレーンとなります。inputには、使用したサンプルにどのくらいの量の目的の因子が入っていたかを示す意義が主ですが、論文中のどこにも%を書いていないものもあります。そのときには、単にそのバンドの高さを示すのみの意味になってしまいます。
メンブレン全体をfigureにする場合には、inputのレーンが抗体の特異性などを示すために使うこともあります。
ご参考までに。

Q脱イオン水、MilliQ、蒸留水 の違いを教えて下さい

こんにちは。お世話になります。

バイオ、生化学系の実験に従事しているものですが「水」について教えて下さい。

水道水、脱イオン水、MilliQ、蒸留水(二段蒸留水)、超純水の違いを教えて下さい。
お互いの関係などありましたら(○○を~すると△△になる等)教えていただけると
わかりやすいかもしれません。

また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

超純水は十数MΩ・cmの水のことです。MilliQはミリポア社の超純水装置を用いて作った水で比抵抗は15MΩ・cm以上と高純度の水です。MilliQに関してはイオン交換樹脂を通し、逆浸透法、限外濾過法を用いて精製しているようです。

>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は...続きを読む

Qエクセルで計算すると2.43E-19などと表示される。Eとは何ですか?

よろしくお願いします。
エクセルの回帰分析をすると有意水準で2.43E-19などと表示されますが
Eとは何でしょうか?

また、回帰分析の数字の意味が良く分からないのですが、
皆さんは独学されましたか?それとも講座などをうけたのでしょうか?

回帰分析でR2(決定係数)しかみていないのですが
どうすれば回帰分析が分かるようになるのでしょうか?
本を読んだのですがいまいち難しくて分かりません。
教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
 2.43×1/(10の19乗)で、
 2.43×1/10000000000000000000となり、
 2.43×0.0000000000000000001だから、
 0.000000000000000000243という数値を意味します。

補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるた...続きを読む

Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

Qvehicleとcontrol

かなり初歩的な質問ですみません。
論文によく載っているvehicleとcontrolの違いは一体何なのでしょうか。
教えて下さい。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

論文そのものを参照していないので多分ですが・・・

ある処置、たとえば薬を投与してその効果を見る際には必ず薬を投与しない群を用意して、薬を投与した群と比較しなければなりません。この時薬を投与しない群がcontrol群です。
しかし、薬を投与するという手順そのもの、あるいは薬を溶かしている溶媒(オリーブ油などがよく使われます)が結果に影響する可能性を考える場合、薬を溶かしていない同じ溶媒を同じ手順で投与してcontrol群としなければなりません。この溶媒にあたるのがvehicleで、おそらく溶剤のみを投与した群をvehicle群と論文上で定義しているのではないでしょうか。従ってcontrol群の一種と考えることができます。

Q蛋白の分子量(kDa)を調べる方法

かなり低レベルな質問なのですが、、、、
分からなくて困っています
約750個のアミノ酸からなる蛋白の分子量を知りたいのですが、どうやって調べたらいいのでしょうか?
よろしくお願いします

Aベストアンサー

アミノ酸配列データがあるなら、計算してくれるソフトウェアがあります。市販の遺伝子解析ソフトウェアには必ずついている機能ですが、ウェブ上でできるサイトもあります。たとえば

http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html

実験的に調べるなら、SDS-PAGE、ゲルカラムクロマトグラフィ、TOF-MASSなど、材料や精度に応じていろいろ方法があります。

Q35Sプロモーターとは?

タイトルどおりなのですが、35Sプロモーターの35Sとはどういうことですか?また、プロモーターの場合35S以外もあるのでしょうか。あれば、機能の違いなどについても教えてくださいm(__)m

Aベストアンサー

SはS値(スウェードベリ値)のことです。
35Sについては、参考URLをお読みになって下さい。

また、CaMVの詳細については、
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/15010001.htm
http://www.mpl.ird.fr/genetrop-old/caulimoviridae/www.scripps.edu/resources/iltab/caulimoviridae/rtd03caulimo.html
が参考になるかと思います。


35Sと言うことなら、植物に限っての話でよろしいでしょうか?
35Sプロモーターは植物のさまざまな器官・組織で発現する(器官特異性がない)特徴があります。
プロモーターには、器官・組織に特異的に発現するもの、ストレスを与えて誘導されるもの等、
さまざまな種類があります。
挙げたら切りがないので、google等の検索エンジンで「プロモーター 植物 発現」のように
キーワードを工夫してご自分で検索して下さい。

参考URL:http://www.i-sis.org.uk/camvrecdis.php

SはS値(スウェードベリ値)のことです。
35Sについては、参考URLをお読みになって下さい。

また、CaMVの詳細については、
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ICTVdb/ICTVdB/15010001.htm
http://www.mpl.ird.fr/genetrop-old/caulimoviridae/www.scripps.edu/resources/iltab/caulimoviridae/rtd03caulimo.html
が参考になるかと思います。


35Sと言うことなら、植物に限っての話でよろしいでしょうか?
35Sプロモーターは植物のさまざまな器官・組織で発現する(器官特異性がない)特徴があります。
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Qpoly-Aとは

poly-Aとはなんでしょうか?
あとpoly-A付加シグナルについても教えてください。

Aベストアンサー

プロセッシングが完了し完成したmRNAの3'末端には、50~200塩基ほどのアデニン(A)ヌクレオチドが付加されています。これがpoly-A tailです。poly-A tailはmRNAに安定性をあたえ、翻訳を促進する働きがあると考えられています。

mRNAは、まず遺伝子のプロモーターからエクソン、イントロンを含め連続的に転写され、転写の終結部は最後のエクソンよりかなり下流に及びます(真核生物では転写終了位置を示すシグナル配列のようなものは見つかっていません)。
この一時転写産物はイントロンを削除しエクソンを連結するスプライシング、5'末端に一個の7-メチルグアノシン(7-m G)を付加(cap構造といいます)するcapping、3'末端にpoly-A tailを付加するpolyadenylationを経て成熟mRNAになります。

poly adenylationは、最終エクソン内のAAUAAAという配列(polyadenylation signal ポリアデニル化シグナル, poly-A additional signal ポリA付加シグナル)を認識するpoly-A polymerase ポリAポリメラーゼによって行われます。この酵素はポリアデニル化シグナルの10~30塩基下流で一時転写産物を切断するとともに、鋳型に依存せずにアデニンを付加します。なお、ポリアデニル化シグナルには例外も知られています。

参考URL:http://opbs.okstate.edu/~melcher/MG/MGW2/MG234.html

プロセッシングが完了し完成したmRNAの3'末端には、50~200塩基ほどのアデニン(A)ヌクレオチドが付加されています。これがpoly-A tailです。poly-A tailはmRNAに安定性をあたえ、翻訳を促進する働きがあると考えられています。

mRNAは、まず遺伝子のプロモーターからエクソン、イントロンを含め連続的に転写され、転写の終結部は最後のエクソンよりかなり下流に及びます(真核生物では転写終了位置を示すシグナル配列のようなものは見つかっていません)。
この一時転写産物はイントロンを削除しエクソンを連...続きを読む

QRAW264.7マクロファージについて

RAW264.7マクロファージについての質問です。

免疫学関係の実験論文を読んでいてどう検索していいものか分からず、ここで質問させていただくに至りました。
マウス由来のRAW264.7マクロファージは、マウスのどの部分から抽出された細胞なのでしょうか。
どうして、炎症性のサイトカインに関するような免疫応答の実験では、この細胞を用いるのでしょうか。
なぜ、この細胞を使うことで免疫機能をみることができるのですか?

Aベストアンサー

これからいろいろな実験をする、または関連する論文を読むのかと思いますが、実験ではよく“細胞株”というものを使います。
細胞株についてはこちらをご覧ください。
また、その中の細胞株の樹立についてもご覧になるとよくわかると思います。
http://cellbank.nibio.go.jp/visitercenter/whatsculture/cellculture01.html

さて、RAW264.7はマウスの単球性白血病由来の細胞株です。

上記のHPの内容を理解していただければわかると思いますが、
実験を行うとき、ある細胞のある物質に対する反応や、ある細胞の動きをみたい場合、
その細胞を生体から取ってこなければならないということをするのは大変です。
その細胞の生体内での数が少なかったり、取ってくる作業によって性質がちょっとずつ違ったりなど。
その時に、不死化して同じような性質の細胞がたくさん得られるということで細胞株は大変有用なのです。

RAW264.7は単球の一部の分化能を持っています。それでサイトカインやLPSに対して反応します。
「得やすい」「一部の分化能をもっている」ということで実験に使いやすいのです。

しかしながら、がん由来の細胞株ですので、どの細胞株でも言えることですが、
正常な生体内にある細胞とは由来が同じであるというだけで完全に同じであるわけではないので、
きちんとした実験では、正常な生体内の細胞で実験を行う必要はあります。
生体内の細胞をprimary cellとか初代培養細胞とか言います。

これからいろいろな実験をする、または関連する論文を読むのかと思いますが、実験ではよく“細胞株”というものを使います。
細胞株についてはこちらをご覧ください。
また、その中の細胞株の樹立についてもご覧になるとよくわかると思います。
http://cellbank.nibio.go.jp/visitercenter/whatsculture/cellculture01.html

さて、RAW264.7はマウスの単球性白血病由来の細胞株です。

上記のHPの内容を理解していただければわかると思いますが、
実験を行うとき、ある細胞のある物質に対する反応や、ある...続きを読む


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