親子におすすめの新型プラネタリウムとは?

かなり初歩的な質問ですみません。
論文によく載っているvehicleとcontrolの違いは一体何なのでしょうか。
教えて下さい。
よろしくお願いします。

A 回答 (1件)

論文そのものを参照していないので多分ですが・・・



ある処置、たとえば薬を投与してその効果を見る際には必ず薬を投与しない群を用意して、薬を投与した群と比較しなければなりません。この時薬を投与しない群がcontrol群です。
しかし、薬を投与するという手順そのもの、あるいは薬を溶かしている溶媒(オリーブ油などがよく使われます)が結果に影響する可能性を考える場合、薬を溶かしていない同じ溶媒を同じ手順で投与してcontrol群としなければなりません。この溶媒にあたるのがvehicleで、おそらく溶剤のみを投与した群をvehicle群と論文上で定義しているのではないでしょうか。従ってcontrol群の一種と考えることができます。
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Qmock細胞とは?

細胞株を使った研究論文でmockという細胞がよく書かれています.どのような細胞のことを指すのでしょうか?

いくつかの論文を見て,何か対象の処理を行っていない細胞のことを意味するか,あるいか親株(継代前の細胞)を意味するかとは感じました.

細胞について素人同然ですが,宜しくご教授願います.

Aベストアンサー

組織培養でmock cell(モック細胞)と言う場合、通常は目的とする遺伝子を含まないベクターのみでトランスフェクションを行った細胞を指します。

parental wild-type(親株)とともに、transfectant(形質移入株)に対する比較対照として用いられます。

"mock"は、「本当の被験体に良く似ている偽物」という意味です。

Q脱イオン水、MilliQ、蒸留水 の違いを教えて下さい

こんにちは。お世話になります。

バイオ、生化学系の実験に従事しているものですが「水」について教えて下さい。

水道水、脱イオン水、MilliQ、蒸留水(二段蒸留水)、超純水の違いを教えて下さい。
お互いの関係などありましたら(○○を~すると△△になる等)教えていただけると
わかりやすいかもしれません。

また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

超純水は十数MΩ・cmの水のことです。MilliQはミリポア社の超純水装置を用いて作った水で比抵抗は15MΩ・cm以上と高純度の水です。MilliQに関してはイオン交換樹脂を通し、逆浸透法、限外濾過法を用いて精製しているようです。

>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は...続きを読む

Qウェスタンブロットのサンプルのinputの意味

今呼んでいる分子生物学系の論文なのですが、ウェスタンブロットの結果のFig中に
C:control、IP:immunoprecipitationの他にもう一つ、inputと書いてあるサンプルがあります。これは一体どのような意味を持つサンプルなのでしょうか。
微妙に専門外なのでホントに基礎的なことだったらすみません。
詳しい方解答よろしくお願いします。

Aベストアンサー

正確な表現ではないですが数式で書くと
Input = IP+ flow through となります。
入れた物 = 抗体についた物+つかなかった物
ただ全量泳動することはできませんので、一般にNo.1のかたが書かれたように1% Inputとか10% inputとして泳動します。
抗体反応中の分解や容器等への付着、洗浄中の脱落および吸着の定量性を示したい場合にはflow throughを示しますが、一般にIPのデーターでは、どのようなサンプルを使用し、抗体でどの程度濃縮されたかを示すにとどめますので、ご質問の3つのレーンとなります。inputには、使用したサンプルにどのくらいの量の目的の因子が入っていたかを示す意義が主ですが、論文中のどこにも%を書いていないものもあります。そのときには、単にそのバンドの高さを示すのみの意味になってしまいます。
メンブレン全体をfigureにする場合には、inputのレーンが抗体の特異性などを示すために使うこともあります。
ご参考までに。

Q実験動物(マウス)

論文(PubMed)を読んでいるのですが、実験動物についてわかりません。ある行動試験についてどのような動物で手法を用いているのかを調べるのですが…実験動物である遺伝欠損マウス(KO)と野生型(WT)の比較と書いてあると思うのですが、結果の図には、+/+・-/-・+/-と書いてあります。これは、どういう意味を持っているのでしょうか?
(正常=WTが+/+?ホモ接合が-/-?ヘテロ接合が+/-?)実験動物の明記されているやさしい解説などがWeb見れたらいいのですが…。。。宜しくお願いします。

Aベストアンサー

おっしゃる通り、
正常=WTが+/+、ホモ接合が-/-、ヘテロ接合が+/-
だと思いますが・・・

正常は遺伝子を持っているわけですから、プラス
ノックアウトは遺伝子を持っていないわけですから、マイナス
っていうのは、どうしてプラスマイナスで表記するのか容易にわかると思います。

これ以上の、どのようなやさしい解説が必要なのでしょうか?
それがわかればアドバイスできるかもしれません。

QIC50(50%阻害濃度)の出し方についてご教示ください。

IC50(50%阻害濃度)の出し方についてご教示ください。

とある物質の酵素阻害活性を測定しているのですが、
IC50値の出し方がいまいちわかりません。

現在の実験方法はサンプル毎の阻害率を以下のように求めています。
1.酵素、基質、阻害物質を加え反応させて吸光度を測定
 (反応生成物を比色法で測定しています)
2.得られた吸光度から、ブランクを差し引いて阻害率を求める式にあてはめて
 阻害率(%)を出す
 ((対照-サンプル)/対照)×100

という風に行っていました。
なので、阻害物質の濃度をふって(10, 5, 1, 0.5, 0.1, 0.05, 0.01ug/mL)
それぞれの阻害率を求めて、エクセルで検量線を作って
その式に当てはめて50%の値を求めたらよいのかな、と思ったのですが…
普通に散布図にしたら変な形のグラフになってしまいました。
いろいろ調べた結果、IC50を求めるときはx軸が対数のグラフを作るのでしょうか?
そのとき、阻害物質(x軸)の濃度の振り方も異なってくるのでしょうか?
(たとえば10, 5, 2.5, 1.25, 0.625…のほうが良いとか)

正直、数学が苦手でして対数にする意味などはさっぱりです…
どなたか、ご回答よろしくお願いいたします。

IC50(50%阻害濃度)の出し方についてご教示ください。

とある物質の酵素阻害活性を測定しているのですが、
IC50値の出し方がいまいちわかりません。

現在の実験方法はサンプル毎の阻害率を以下のように求めています。
1.酵素、基質、阻害物質を加え反応させて吸光度を測定
 (反応生成物を比色法で測定しています)
2.得られた吸光度から、ブランクを差し引いて阻害率を求める式にあてはめて
 阻害率(%)を出す
 ((対照-サンプル)/対照)×100

という風に行っていました。
なので、阻...続きを読む

Aベストアンサー

どんなグラフなのかわからないのであれですが

とりあえず、貴方の実験も対数でされているので問題無いです(0.01, 0.1, 1, 10, 0.05, 0.5, 5で実験しているので)
今回の実験をリニア(普通の)軸で取ると、一番右端が10になり左端が0.01≒0になります
真ん中が5、左から1/10が1になるので、右半分は殆どデータがなく左側にばかりデータ点が並ぶことになります
しかも、0.01と0.05, 0.1当たりの違いはグラフで書いて理解するのは困難だと思います
ですので、対数軸を使います
対数軸ですと、0.01と0.1が一目盛、0.1と1が一目盛となるのでデータ点が均一に並びます
あとは、10倍では飛びすぎているので、間の点として5を選んだということで、それぞれの間に5x10^nのデータが並びます

データ点はある程度規則的に並んでいた方が良いですが、厳密に取る必要はないです
(リニア軸でいうと1, 1.6, 2, 2.6, 3, 3.6などでも良い)
ですので今回の濃度のままで問題ないと思います

Q“ in situ ” とはどういう意味ですか

科学の雑誌等で、“ in situ ” という言葉を見ますが、これはどういう意味でしょうか。
辞書では、「本来の場所で」、「もとの位置に」などと意味が書いてありますが、その訳語を入れても意味が通りません。
分かりやすく意味を教えていただけないでしょうか。

Aベストアンサー

「その場所で」というラテン語です(斜体で書くのが一般的です)。

in vitroとかin vivoと同じように、日本語のなかでも訳さないでそのまま「イン シチュ」あるいは「イン サイチュ」というのが普通でそのほうがとおりがいいです。うまい訳語がないですし。

生物学では、in situ hybridizationでおなじみです。この意味は、染色体DNAやRNAを抽出、精製したものを試験管内、あるいはメンブレンにブロットしたものに対してプローブをhybridizationさせるのに対比して、組織切片や組織のwhole mount標本に対してプローブをhybridizationすることをさします。
これによって、染色体上で特定のDNA配列を検出したり、組織標本上で特定のRNAを発現する細胞を検出したりできます。生体内の局在を保った状態でターゲットを検出するということです。

化学反応、酵素反応などでは、溶液中の反応のように、すべての役者が自由に動き回れるような系ではなく、役者のうちどれかがマトリックスに固着していて、その表面だけで反応がおこるようなケースが思い浮かびます。

「その場所で」というラテン語です(斜体で書くのが一般的です)。

in vitroとかin vivoと同じように、日本語のなかでも訳さないでそのまま「イン シチュ」あるいは「イン サイチュ」というのが普通でそのほうがとおりがいいです。うまい訳語がないですし。

生物学では、in situ hybridizationでおなじみです。この意味は、染色体DNAやRNAを抽出、精製したものを試験管内、あるいはメンブレンにブロットしたものに対してプローブをhybridizationさせるのに対比して、組織切片や組織のwhole mount標本に対...続きを読む

Q相関係数についてくるP値とは何ですか?

相関係数についてくるP値の意味がわかりません。

r=0.90 (P<0.001)

P=0.05で相関がない

という表現は何を意味しているのでしょうか?
またMS Excelを使ってのP値の計算方法を教えてください。

よろしくお願い致します。

Aベストアンサー

pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
それが危険率です。(この場合はp=0.1%でもいいと思いますが)
相関係数においても相関の有無を結論つけるにはそのrが偶然出る確率を出すか、5%の確率ならrがどれぐらいの値が出るかを知っておく必要が有ります。

>r=0.90 (P<0.001)

相関係数は0.90と計算された。相関がないのに偶然r=0.90 となる確率は0.001以下だと言ってます。

>P=0.05で相関がない

相関がないと結論。(間違っている確率は5%以下)だと言ってます。

エクセルでの計算ですが、まず関数CORRELを使ってr値を出します。xデータがA1からA10に、yデータがB1からB10に入っているとして

r=CORREL(A1:A10,B1:B10)

次にそのr値をt値に変換します。

t=r*(n-2)^0.5/(1-r^2)^0.5

ここでnは組みデータの数です。((x1,y1),(x2,y2),・・・(xn,yn))
最後に関数TDISTで確率に変換します。両側です。

p=TDIST(t値,n-2,2)

もっと簡単な方法があるかも知れませんが、私ならこう計算します。(アドインの分析ツールを使う以外は)

pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
それが危険率です。(この場...続きを読む

QBSA溶液の作り方。

(1)1%のBSA溶液を作る場合、100mlの純水に1gのBSAを加えればいいのでしょうか?
(2)スライドグラスにBSAをコートすると精子がくっつきにくくなると聞いたのですが、なぜでしょうか?BSAにはどのような作用があるのでしょうか?

Aベストアンサー

(1)だけですが、
1%という言い方をした場合、通常はw/w(重量/重量)を指すので、99mlの純水に1gのBSAですね。全部で100gとなり、そのうち1%がBSAです。
また、溶液を作るときはかき混ぜるとダマになったり泡だったりするので、水の上にBSA粉末を乗せて静置して溶けるのを待ちます。

QRAW264.7マクロファージについて

RAW264.7マクロファージについての質問です。

免疫学関係の実験論文を読んでいてどう検索していいものか分からず、ここで質問させていただくに至りました。
マウス由来のRAW264.7マクロファージは、マウスのどの部分から抽出された細胞なのでしょうか。
どうして、炎症性のサイトカインに関するような免疫応答の実験では、この細胞を用いるのでしょうか。
なぜ、この細胞を使うことで免疫機能をみることができるのですか?

Aベストアンサー

これからいろいろな実験をする、または関連する論文を読むのかと思いますが、実験ではよく“細胞株”というものを使います。
細胞株についてはこちらをご覧ください。
また、その中の細胞株の樹立についてもご覧になるとよくわかると思います。
http://cellbank.nibio.go.jp/visitercenter/whatsculture/cellculture01.html

さて、RAW264.7はマウスの単球性白血病由来の細胞株です。

上記のHPの内容を理解していただければわかると思いますが、
実験を行うとき、ある細胞のある物質に対する反応や、ある細胞の動きをみたい場合、
その細胞を生体から取ってこなければならないということをするのは大変です。
その細胞の生体内での数が少なかったり、取ってくる作業によって性質がちょっとずつ違ったりなど。
その時に、不死化して同じような性質の細胞がたくさん得られるということで細胞株は大変有用なのです。

RAW264.7は単球の一部の分化能を持っています。それでサイトカインやLPSに対して反応します。
「得やすい」「一部の分化能をもっている」ということで実験に使いやすいのです。

しかしながら、がん由来の細胞株ですので、どの細胞株でも言えることですが、
正常な生体内にある細胞とは由来が同じであるというだけで完全に同じであるわけではないので、
きちんとした実験では、正常な生体内の細胞で実験を行う必要はあります。
生体内の細胞をprimary cellとか初代培養細胞とか言います。

これからいろいろな実験をする、または関連する論文を読むのかと思いますが、実験ではよく“細胞株”というものを使います。
細胞株についてはこちらをご覧ください。
また、その中の細胞株の樹立についてもご覧になるとよくわかると思います。
http://cellbank.nibio.go.jp/visitercenter/whatsculture/cellculture01.html

さて、RAW264.7はマウスの単球性白血病由来の細胞株です。

上記のHPの内容を理解していただければわかると思いますが、
実験を行うとき、ある細胞のある物質に対する反応や、ある...続きを読む

QIC50(50%阻害濃度)の単位について

論文を読んでいて、IC50というものを初めて知ったのですが、
少しわからないことがあるので、質問させていただきます。

IC50の単位として、ng/mlやnMといった単位が使われますが、
これの意味がわかりません。

参考にした文献には、対象となる酵素の量や濃度が書かれておらず、
どのくらいの量の酵素に阻害剤を加え、
50%阻害時のIC50を求めたのかがわからないのです。

ただ、私の考え方が根本から間違っており(たぶん間違ってますが)、
IC50とは、50%阻害時に加えた酵素阻害剤の量/酵素の量なのかなと思うのですが、どうなのでしょう?

つまり、1×1×1cmのセルに酵素を入れ、
そこに阻害剤を加え、50%阻害時の量を分子にして、IC50を求めるのでしょうか?

また、まったく別のことなんですが、
文献中に「chitotriomycin」という言葉がでてくるのですが、
これはキトトリオマイシンと読めばよいのでしょうか?

簡単なことなのかもしれませんが、
上記2点についてよろしくお願いします。

Aベストアンサー

タイトルにも書かれているようにIC50は50%阻害濃度(50% inhibitory concentration)と訳され,概念上はあくまでも「濃度」です。従って単位としてはng/mlやnMのような濃度を表わすものが使用されるのは自然だと思いますがいかがでしょう。
 「50%阻害時に加えた酵素阻害剤の量/酵素の量」だと少なくとも単位上は無名数の値になるのがわかると思います。

 IC50という場合の濃度は系に加えられた阻害剤のバルクの濃度を通常指します。従って酵素や受容体に結合してしまった分を差し引いた真の濃度は通常わかりません。それで酵素の濃度や量を書かないとおかしいのでは,と考えておられるのでしょうか。それであれば確かにそうでして酵素濃度の記載が見られる報告も多くあります。本格的に行なう場合は酵素濃度を振ってそれぞれの条件でIC50を求め,酵素濃度ゼロの時のIC50値を外挿して求めるのがスジかもしれません。
 しかし普通はそこまでしてIC50を求めることはないと思います。というのはIC50は多くの場合理論的には固有値とならない場合がほとんどだからです。例えば阻害剤が拮抗的阻害剤などの場合,測定上必ず基質を加えなければなりません。ところが拮抗的阻害剤は基質を競合的に追い出しますが,見方を逆にすると拮抗的阻害剤は基質により競合的に活性中心から追い出されます(これはレセプターに関した実験でも同様です)。つまり基質の濃度が高ければIC50は高くなり(阻害効果は弱めに出る),低ければ小さい値をとります。採用する基質の濃度が10倍違えれば,IC50も約10倍違ってきます。ということで酵素に結合した量を無視したとしても,IC50は条件に依存した非固有地であることがわかると思います。
 ではちゃんとした値はなにかというと,これは基質ゼロの時に求められるIC50値(50%結合濃度に相当)であり,熱力学的には解離定数となります。解離定数は等温等圧では条件によらない固有値となります。ただ基質濃度ゼロの時にはそもそも酵素反応などはかれませんから,実際にはIC50から特別な式を用いて逆算することになります。
 このように求めたKi値でも酵素に結合した阻害剤の量による誤差は出てきます。したがってきちんとKiを求める場合には先ほど述べたような酵素濃度を振るような方法が行なわれますが,ここまで徹底的に行なうのは稀だと思います。
 ご質問にピンポイントに答えてはいないかもしれませんが,IC50をめぐる背景はご理解いただけたでしょうか?

 chitotriomycinについてはすみませんがよくわかりません。

タイトルにも書かれているようにIC50は50%阻害濃度(50% inhibitory concentration)と訳され,概念上はあくまでも「濃度」です。従って単位としてはng/mlやnMのような濃度を表わすものが使用されるのは自然だと思いますがいかがでしょう。
 「50%阻害時に加えた酵素阻害剤の量/酵素の量」だと少なくとも単位上は無名数の値になるのがわかると思います。

 IC50という場合の濃度は系に加えられた阻害剤のバルクの濃度を通常指します。従って酵素や受容体に結合してしまった分を差し引いた真の濃度は通常わかり...続きを読む


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