親子におすすめの新型プラネタリウムとは?

遺伝子名とタンパク質名の記載方法について教えて下さい。
原核生物と真核生物で表記方法が違うと授業で教わったのですが、本当ですか?
例えば、エービーシーワンという遺伝子やタンパク質があるとします。
原核生物なら、遺伝子名はabc1(ここでは斜体が打ち込めませんが、全て小文字の斜体で表記) タンパク質はAbc1(最初のアルファベットのみ大文字)。
真核生物なら、遺伝子名はAbc1(ここでは斜体が打ち込めませんが斜体で表記、最初のアルファベットのみ大文字) タンパク質はABC1(全て大文字)。
このルールは本当に正しいのでしょうか?
少し調べてみたら、真核生物でも哺乳類の遺伝子や酵母の遺伝子だと、全て大文字の斜体で表記しているものもありました。
とりあえず、斜体で表記してあるのは遺伝子名と思っていいんでしょうか?遺伝子名とタンパク質名で、大文字、小文字の区別がよく分からず混乱しています。

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A 回答 (1件)

真核生物と原核生物で違うどころか、生物種によって違います。


真核生物といっても、ヒト、マウス、ラット、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、線虫、シロイヌナズナ、酵母、アカパンカビ、みな違いますし、原核生物でも、細菌は一応同じルールに従うことになっていますが、粘菌は違っていたりします。

詳細をここで書くわけにはいかないので、
1."gene protein nomenclature 生物種名"で検索してみてください。また、各生物種のデータベース、ゲノムプロジェクトのサイトには表記法のルールの記載が見つかると思います。

2. Trends in Geneticsという雑誌は数年おきにいろいろな生物の表記法をもとめた付録冊子をつけています(最新版はわかりませんが、少なくとも95年と98年には出ています)図書館で探して見てください。。
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この回答へのお礼

geneticist12さん、回答ありがとうございました。お礼が遅くなりすみません。専門家の方からの回答で大変ありがたいです。参考になりました。

お礼日時:2005/12/16 04:32

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Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

Qエクセルで計算すると2.43E-19などと表示される。Eとは何ですか?

よろしくお願いします。
エクセルの回帰分析をすると有意水準で2.43E-19などと表示されますが
Eとは何でしょうか?

また、回帰分析の数字の意味が良く分からないのですが、
皆さんは独学されましたか?それとも講座などをうけたのでしょうか?

回帰分析でR2(決定係数)しかみていないのですが
どうすれば回帰分析が分かるようになるのでしょうか?
本を読んだのですがいまいち難しくて分かりません。
教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
 2.43×1/(10の19乗)で、
 2.43×1/10000000000000000000となり、
 2.43×0.0000000000000000001だから、
 0.000000000000000000243という数値を意味します。

補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるた...続きを読む

Q脱イオン水、MilliQ、蒸留水 の違いを教えて下さい

こんにちは。お世話になります。

バイオ、生化学系の実験に従事しているものですが「水」について教えて下さい。

水道水、脱イオン水、MilliQ、蒸留水(二段蒸留水)、超純水の違いを教えて下さい。
お互いの関係などありましたら(○○を~すると△△になる等)教えていただけると
わかりやすいかもしれません。

また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

超純水は十数MΩ・cmの水のことです。MilliQはミリポア社の超純水装置を用いて作った水で比抵抗は15MΩ・cm以上と高純度の水です。MilliQに関してはイオン交換樹脂を通し、逆浸透法、限外濾過法を用いて精製しているようです。

>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は...続きを読む

Q相関係数についてくるP値とは何ですか?

相関係数についてくるP値の意味がわかりません。

r=0.90 (P<0.001)

P=0.05で相関がない

という表現は何を意味しているのでしょうか?
またMS Excelを使ってのP値の計算方法を教えてください。

よろしくお願い致します。

Aベストアンサー

pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
それが危険率です。(この場合はp=0.1%でもいいと思いますが)
相関係数においても相関の有無を結論つけるにはそのrが偶然出る確率を出すか、5%の確率ならrがどれぐらいの値が出るかを知っておく必要が有ります。

>r=0.90 (P<0.001)

相関係数は0.90と計算された。相関がないのに偶然r=0.90 となる確率は0.001以下だと言ってます。

>P=0.05で相関がない

相関がないと結論。(間違っている確率は5%以下)だと言ってます。

エクセルでの計算ですが、まず関数CORRELを使ってr値を出します。xデータがA1からA10に、yデータがB1からB10に入っているとして

r=CORREL(A1:A10,B1:B10)

次にそのr値をt値に変換します。

t=r*(n-2)^0.5/(1-r^2)^0.5

ここでnは組みデータの数です。((x1,y1),(x2,y2),・・・(xn,yn))
最後に関数TDISTで確率に変換します。両側です。

p=TDIST(t値,n-2,2)

もっと簡単な方法があるかも知れませんが、私ならこう計算します。(アドインの分析ツールを使う以外は)

pは確率(probability)のpです。全く相関のない数字を組み合わせたときにそのr値が出る確率をあらわしています。

統計・確率には100%言い切れることはまずありません。というか100%言い切れるのなら統計・確率を使う必要は有りません。
例えばサイコロを5回振って全て同じ目が出る確率は0.08%です。そんな時、そのサイコロを不良品(イカサマ?)と結論つけるとわずかに間違っている可能性が残っています。ただ、それが5%以下ならp=0.05でそのサイコロは正常ではないと結論付けます。
それが危険率です。(この場...続きを読む

Q“ in situ ” とはどういう意味ですか

科学の雑誌等で、“ in situ ” という言葉を見ますが、これはどういう意味でしょうか。
辞書では、「本来の場所で」、「もとの位置に」などと意味が書いてありますが、その訳語を入れても意味が通りません。
分かりやすく意味を教えていただけないでしょうか。

Aベストアンサー

「その場所で」というラテン語です(斜体で書くのが一般的です)。

in vitroとかin vivoと同じように、日本語のなかでも訳さないでそのまま「イン シチュ」あるいは「イン サイチュ」というのが普通でそのほうがとおりがいいです。うまい訳語がないですし。

生物学では、in situ hybridizationでおなじみです。この意味は、染色体DNAやRNAを抽出、精製したものを試験管内、あるいはメンブレンにブロットしたものに対してプローブをhybridizationさせるのに対比して、組織切片や組織のwhole mount標本に対してプローブをhybridizationすることをさします。
これによって、染色体上で特定のDNA配列を検出したり、組織標本上で特定のRNAを発現する細胞を検出したりできます。生体内の局在を保った状態でターゲットを検出するということです。

化学反応、酵素反応などでは、溶液中の反応のように、すべての役者が自由に動き回れるような系ではなく、役者のうちどれかがマトリックスに固着していて、その表面だけで反応がおこるようなケースが思い浮かびます。

「その場所で」というラテン語です(斜体で書くのが一般的です)。

in vitroとかin vivoと同じように、日本語のなかでも訳さないでそのまま「イン シチュ」あるいは「イン サイチュ」というのが普通でそのほうがとおりがいいです。うまい訳語がないですし。

生物学では、in situ hybridizationでおなじみです。この意味は、染色体DNAやRNAを抽出、精製したものを試験管内、あるいはメンブレンにブロットしたものに対してプローブをhybridizationさせるのに対比して、組織切片や組織のwhole mount標本に対...続きを読む

Qウェスタンブロットのサンプルのinputの意味

今呼んでいる分子生物学系の論文なのですが、ウェスタンブロットの結果のFig中に
C:control、IP:immunoprecipitationの他にもう一つ、inputと書いてあるサンプルがあります。これは一体どのような意味を持つサンプルなのでしょうか。
微妙に専門外なのでホントに基礎的なことだったらすみません。
詳しい方解答よろしくお願いします。

Aベストアンサー

正確な表現ではないですが数式で書くと
Input = IP+ flow through となります。
入れた物 = 抗体についた物+つかなかった物
ただ全量泳動することはできませんので、一般にNo.1のかたが書かれたように1% Inputとか10% inputとして泳動します。
抗体反応中の分解や容器等への付着、洗浄中の脱落および吸着の定量性を示したい場合にはflow throughを示しますが、一般にIPのデーターでは、どのようなサンプルを使用し、抗体でどの程度濃縮されたかを示すにとどめますので、ご質問の3つのレーンとなります。inputには、使用したサンプルにどのくらいの量の目的の因子が入っていたかを示す意義が主ですが、論文中のどこにも%を書いていないものもあります。そのときには、単にそのバンドの高さを示すのみの意味になってしまいます。
メンブレン全体をfigureにする場合には、inputのレーンが抗体の特異性などを示すために使うこともあります。
ご参考までに。

Q遺伝子の塩基配列の調べ方

ヒトのALDH2遺伝子の全塩基配列(エクソン部及びイントロン部の配置)を調べたいのですが、どうやって調べていいのかがわかりません。
検索サイトで検索かけてみたりしたのですが見つかりません。(ネット上にデータベースがあるというのを聞いたことがあります。)
調べる方法を教えてください。お願いします。

Aベストアンサー

NCBIの場合
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

ALDH2がテキストに含まれるデーターのリストが得られると思いますので、適切な物を選択してください
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=217
ここから、Related Sequencesのgenomicを見つけてそのシーケンスを見てもいいのですが非常に長いテキストで、目的のもの以外の配列も入っていることもかなりありますので、右のlinksから、Map viewerに飛びます。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=9606&chr=12&query=uid(14218883)&QSTR=217%5Bgene%5Fid%5D&maps=gene_set&cmd=focus

ALDH2 OMIM HGNC sv pr dl ev mm hm sts.... という文字列があると思います。dlをクリックしデーターを取得するページに飛んで Display かSave to Disk データーを得てください。

ほかのデーターベースだと
http://www.ensembl.org/index.html
のhuman
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html
の右上からALDH2検索
詳細は省略します。ひつようであればおっしゃってください。

NCBIの場合
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

ALDH2がテキストに含まれるデーターのリストが得られると思いますので、適切な物を選択してください
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=217
ここから、Related Sequencesのgenomicを見つけてそのシーケンスを見てもいいのですが非常に長いテキストで、目的のもの以外の配列も入っていることもかなりありますので、右のlinksから、Map viewerに...続きを読む

QW/V%とは?

オキシドールの成分に 過酸化水素(H2O2)2.5~3.5W/V%含有と記載されています。W/V%の意味が分かりません。W%なら重量パーセント、V%なら体積パーセントだと思いますがW/V%はどのような割合を示すのでしょうか。どなたか教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

w/v%とは、weight/volume%のことで、2.5~3.5w/v%とは、100ml中に2.5~3.5gの過酸化水素が含有されているということです。
つまり、全溶液100ml中に何gの薬液が溶けているか?
ということです。
w/v%のwはg(グラム)でvは100mlです。

Q遺伝子型の表示

栄養要求性株の遺伝子型の表示についてなのですが、his3-200やleu2-3, 112とleu2Δ0やhis3Δ1はそれぞれ何を表しているのか[ハイフンの後の数字(200や3,112)、Δの後の数字(0や1)は何を意味しているのか]、前者と後者の違いがわかるように教えてください。

Aベストアンサー

>Leu2Δ0とhis3Δ1はそれぞれ、leu2あるいはhis3という名前の遺伝子がない、

「ない」といっては語弊があります。遺伝子のある一部領域だけ、あるいは場合によっては1塩基の内部欠失かもしれません。人為的な組換えで欠失をおこすことによって作製された遺伝子破壊のalleleということであり、どの部分を、あるいはどの程度を欠失したとしてもΔのalleleでしょう。

>では、his3-200とleu2-3,112は具体的にはどういうことなのでしょうか。

遺伝子名が小文字で書かれていることから、劣性の、あるいは機能喪失型のalleleということはわかりますが、名前からだけでは遺伝子上にどのような変異が起こっているのかはわかりません。とにかく何かしらの人為的な組換えによる遺伝子破壊以外(Δや::の表記がないことから)の突然変異によって、該当する遺伝子の機能が失われているということです。

たとえば、自然突然変異で生じたものであるとか、変異原性の化学物質をあたえてhisあるいはleu要求性の突然変異体をスクリーニングして得られたとか。それは点突然変異であるかもしれないし、トランスポゾンの挿入変異かもしれないし、染色体異常かもしれない、、、、。こうして(別々の機会に)得られてきた異なるalleleに、通し番号などでidentityをあたえるのがハイフンの後の表記です。

それぞれのalleleが実際に遺伝子上のどのような異常を生じているかは、調べれれているのなら文献があるはずですので、それらをあたるとかしないとわからないでしょう。

一応、databaseがあるのですが酵母分野の慣習なのか、個々のAlleleごとの区別は重要視されないようで、その遺伝子が機能喪失したときの表現型の記載だけで、alleleごとの情報は取り上げられていないようです。

http://www.yeastgenome.org/
http://mips.gsf.de/genre/proj/yeast/

酵母の遺伝子型命名法はここからpdfをダウンロードできます。
http://www.yeastgenome.org/sgdpub/Saccharomyces_cerevisiae.pdf

>Leu2Δ0とhis3Δ1はそれぞれ、leu2あるいはhis3という名前の遺伝子がない、

「ない」といっては語弊があります。遺伝子のある一部領域だけ、あるいは場合によっては1塩基の内部欠失かもしれません。人為的な組換えで欠失をおこすことによって作製された遺伝子破壊のalleleということであり、どの部分を、あるいはどの程度を欠失したとしてもΔのalleleでしょう。

>では、his3-200とleu2-3,112は具体的にはどういうことなのでしょうか。

遺伝子名が小文字で書かれていることから、劣性の、あるいは機能喪失...続きを読む

Qnull mutantって?

null mutantとは、どういう変異体のことですか?
遺伝子自体がない変異体ですか?それとも、あるけれども、挿入など、遺伝子中になにがしかの変異が生じて、機能しなくなった遺伝子を持っている変異体のことですか?
どういう変異体をnull mutantというのかわかりません。
教えてください。

それとも、その遺伝子がふつうは生物中にいくつもあるはずなのに、ひとつもないこと・・・・?

Aベストアンサー

下記URLは参考になりますでしょうか…

遺伝学概論
http://www.fides.dti.ne.jp/~fuyamak/genetics/index.html
第4章  眞核生物の遺伝子とその発現
http://www.fides.dti.ne.jp/~fuyamak/genetics/chap4.html
4-2 対立遺伝子間の相互作用
アモルフ(amorph): 
 突然変異遺伝子が形質発現効果を示さない。機能喪失突然変異(loss-of-function mutationまたはnull mutation) ともいう。酵素タンパクをコードする遺伝子の場合、野生型対立遺伝子に対して劣性であることが多い。しかし、遺伝子産物を大量に必要とする遺伝子の場合は優性になることもある。

(例)ショウジョウバエのMinute突然変異
 ショウジョウバエでは、Minuteと総称される数10種類の優性突然変異が知られている。いずれもヘテロ接合個体の剛毛が短くなり、発育が遅延するといった表現を示す。ホモ接合は生存不能なので、Minute突然変異は同時に劣性致死でもある。Minute突然変異はMinute 遺伝子の欠失が原因であることがわかっている。遺伝子そのものが欠けているので、当然のことながらアモルフである。実は、これらの遺伝子座はいずれもリボソームタンパクをコードしていることがわかっている。リボソームタンパクはどの細胞でも大量に必要とされることから、遺伝子が半量ではタンパク量が不足するため、剛毛の形成や発育速度に影響するのである。

参考URL:http://www.fides.dti.ne.jp/~fuyamak/genetics/chap4.html

下記URLは参考になりますでしょうか…

遺伝学概論
http://www.fides.dti.ne.jp/~fuyamak/genetics/index.html
第4章  眞核生物の遺伝子とその発現
http://www.fides.dti.ne.jp/~fuyamak/genetics/chap4.html
4-2 対立遺伝子間の相互作用
アモルフ(amorph): 
 突然変異遺伝子が形質発現効果を示さない。機能喪失突然変異(loss-of-function mutationまたはnull mutation) ともいう。酵素タンパクをコードする遺伝子の場合、野生型対立遺伝子に対して劣性であることが多い。しかし、遺伝子産物を...続きを読む


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