アミノ酸シークエンスをするためにまず完全に純粋なものにする必要があるのですが本にはPVDF膜を用いてとありました。SDS-PAGEでも出来ると聞きましたがどうなんでしょうか?それぞれの特性(長所、短所)を教えてください。
またペプチドシークエンスは非常にコストが高い(一残基2千円だとか)そうですが何故こんなに高くなってしまうのでしょうか?

A 回答 (1件)

 


> それぞれの特性 (長所、短所)を教えてください。

 私もアミノ酸シ-クエンス自身を自分でやった事はないのですが,SDS-PAGE で分離した後,ウエスタンブロッティングで PVDF 膜に目的ペプチドを移し,これをシ-クエンサ-にかけるのじゃなかったでしたっけ。

> 何故こんなに高くなってしまうのでしょうか?

 これは個々の分析センタ-で事情が異なるでしょうから何とも言えません。算出根拠は次のものが考えられますが。

1)ペプチドシ-クエンサ-自身の元価償却
 決して安い装置ではありません。何千万のオ-ダ-です。

2)使用する試薬代
 微量で分析するため,高純度の試薬が必要です(通常のものより高く付きます)。また,これは次の事とも関係しますが,使用期限内に使い残した分は捨てなければなりません。したがって,利用者が少ないと,各試薬をすべて新品で購入する必要があったりします。

3)利用頻度
 上記の経費は利用頻度を元にして,利用者間で分担する事になります。当然の事として,利用者が多ければ安く,少なければ高くなります。

4)他の収入
 装置維持費が付いているとか,他の装置で多くの収入が得られるとか,何らかの収入があれば,利用料金を安目に設定することができます。しかし,それが無い場合,故障時の修理代なども考慮して高めに設定されることがあります。

他にも理由はあると思いますが,こんな所でいかがでしょうか。

 
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アミノ酸のクロロホルム溶液(懸濁液?)に対してZ-Clを1.1当量加え、
続いて1mol/L NaOH水溶液(molでアミノ酸に対して1.2当量)をゆっくり滴下する。
反応後は分液、Na2So4やMgSo4で乾燥、濃縮、という通常の操作を行う。

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アミンにするのは簡単ですが、保護を外して結合させることが出来ないですから。

一般的なものとして、
温度はなるべく低く。
空気中の水に注意(水が反応してめちゃくちゃになる)。
等モル滴下で中和しながらが原則。
溶けるかどうかは、類似の文献を漁るか、生成物の構造から推定。溶けなかったらば製法設計をやり直し。
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