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No.2
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No.1
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意味が良く分かりません。
perlで実行出来るのはPerlスクリプトです。
JavaScriptはブラウザとかで実行するものです。
CGIでPerlを利用し出力をしていて、その中でJavaScriptを利用したい、とかであれば、HTMLにJavaScriptを記述するのと同じように、Perl内のHTML出力部にJavaScriptを記述すれば良いです。(Perlで利用する記号のエスケープを忘れずに。)
perl自身は、自分が出力したものがその後どうなるかについては全く関知しません。(当たり前ですが。)Perl/CGIで、出力をHTML形式としておき内部にJavaScriptが含めておけば、出力を受け取ったブラウザはそれらを解釈して表示するでしょうが、perlは相手がブラウザだろうと何だろうと知った事ではなく、命令通りの内容を出力するだけです。JavaScriptがperlで実行されているのではなくて、perlからの出力にJavaScriptのソースコードが含まれていて、受け取ったブラウザで実行される、と言うプロセスです。
まずは落ち着いて、何がしたいかを冷静に書いてみてください。
場合によっては、書く過程で考えがまとまって、質問せずとも答えを見つけ出せるかもしれません。
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