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コンパクトフラッシュでは NAND型フラッシュメモリを使って記憶しています. この NAND型フラッシュメモリはフローティングゲートにある電荷によって記憶をするのですが, 同じところに何回も書き込んでいくとフローティングゲートとして使っている酸化膜が劣化していき, ついにはそこに書き込めなくなります.
この劣化は NAND型フラッシュメモリの構造上必ず起きることなので, コンパクトフラッシュだろうとメモリースティックだろうと発生します. また, NAND型フラッシュメモリは基本的にブロックという単位で記録しますので, ちょうどフロッピーディスクやハードディスクの不良セクタのようなものだと理解すればよいかと思います.
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