プロモーター領域の位置

真核生物のプロモーターの位置は,必ずExon1を含めて前に存在するのでしょうか?
Exon1より後にプロモータが存在することはないのでしょうか?

No.3 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2005/12/09 21:07

プロモータとして機能する配列はかならずTATA boxがあるというわけではありません。

たとえば、ハウスキーピング遺伝子（組織特異性が低く常時発現しているような遺伝子）の多くはTATA boxがありません。
TATAの代わりとなる配列として、たとえばGC box (GC richな配列）などが知られていますが、どんな配列にしろそれがプロモータとして機能しているかどうかは、欠失させたり変異を入れたりして実験的な証明がなければ断言できません。

既知のプロモータ配列のデータから、プロモータ部位を予測するプログラムもありますので、探して試してみてはいかがでしょう。

たとえばここ↓
http://bimas.dcrt.nih.gov/molbio/proscan/

No.2 回答者： blackdragon 回答日時： 2005/12/06 15:32

明白なTATA-Boxが無いプロモーターというのも、実際には少なからずあります。

その場合も、やはり、上流領域をプロモーターといいます。
TATA-Box以外の配列と様々な転写制御因子が相互作用することにより転写が制御されていると考えられています。
すなわち、TATA-Boxは、効率的な転写開始において重要な役割を担いますが、必須と言うわけではないのです。
（TATA-Boxがなくても、TBP(TATA-Box Binding Protein)は、基本転写因子の要素としての機能は果たします。）

また、TATA-Boxのコンセンサスは結構あやふやなので、一見してTATA-Boxには見えないような配列がTATA-Boxとして機能していることもあります。

No.1 回答者： geneticist12 回答日時： 2005/12/05 21:52

プロモーターは転写開始点と転写方向を規定するものです。

Exon 1より上流にあります。真核生物のTATA boxや原核生物のプリブナウ配列などががコアになっている、転写開始点から上流数十塩基対ほどの領域です。

それに対して転写の量や時期、組織特異性などを規定するエンハンサーは、転写開始点からの距離や相対的な位置（上流、下流）にかなりの自由度があります。

この回答への補足

ご回答ありがとうございました.
現在,調査している遺伝子(真核生物)について,Exon1より前にTATA Boxが見られず,Intron1にTATA Boxがありました
以前TATA Boxが存在しない遺伝子も存在することを文献で見ていたため,悩んでいました.
TATA BOXがない遺伝子の場合には,プロモータ領域は存在しないと考えても良いのでしょうか?
また,TATA Boxがない場合には,配列ベースでどのように転写開始点を決定されるのでしょうか?

補足日時：2005/12/06 11:18