このときに必要な条件で
1.スクリーニングするときに何らかの既知の情報が必要
2.保存性の高いところをスクリーニング
と、あるのですが、まだ、学び始めたばかりで、良く分からなくて困ってます。

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A 回答 (1件)

スクリーニングについてはこちらを


http://www.mic.med.tohoku.ac.jp/98april/98april1 …

1.何らかの既知の情報とは、cDNAのライブラリーからつってくるわけですから、DNAやら、アミノ酸配列やらがないとプローブが出来ないわけです。

保存性の高いところというのは、1とも関連しますが、既にいくつかの別種で配列がオープンになっていて、自分がとりたい種でとる場合(カウンターパート)、もしくは、アイソフォームの情報が分かっている場合はそこを狙います。いくつかの種で保存性が高いものであれば、今からとろうとするものでも同じ=保存されている可能性が高いからです。(そんなに特殊な用語は用いていないので適宜調べてください)

他にも、オーバーラップの少ないコドンを使うとか、コドンの使用頻度の話とか、ハイブリの条件(温度等)をかえるやら出てくると思いますが、考え方はそんなに難しいものではないですので、多々発売されている本をごらんになられてはどうかと思います。
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この回答へのお礼

ありがとうございます。
これで何とかなりそうです

お礼日時:2002/01/28 18:13

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QゲノムDNAライブラリーとcDNAライブラリーの違い

ゲノムDNAライブラリーとcDNAライブラリーの違いって何でしょうか?

また、これらのライブラリー中にクローン化されている遺伝子の構造の大きな違いって?

よろしくお願いします

Aベストアンサー

まず、DNA=遺伝子ではないということと、「遺伝子<ゲノム」なのを考えればわかると思いますが、ゲノムライブラリーは、ゲノムを制限酵素で切断したもの全てをライブラリー化したものです。つまり、遺伝子だけでなく、遺伝子ではない部分も取り込みます。
それに対してcDNAライブラリーは、mRNAからcDNAを合成し、ライブラリー化するので、そこには、遺伝子のみが含まれます。
つまり、遺伝子のタンパク発現・機能解析を行いたい時に、cDNAライブラリーを用いる場合が多いです。
クローン化されているものに、違いはありませんよ。ミューテーションを除いて、全く同じものが複製されます。

QcDNAライブラリー作製のベクター選択

初めてcDNAライブラリーを作製しようと思っています。
ある生物体の代謝経路に関与する遺伝子のクローニングを試みており、cDNAライブラリーを作製することにしました。カタログをみるとベクターはファージとかプラスミドとか、その他もありますよね。
インサートサイズが違うということはわかりました。

自分が目的とする代謝経路はまだ不明な点が多く、クローニングもほとんどされていません。ただ唯一クローニングできた遺伝子の長さはcDNAで3kbでした。この場合、プラスミドベクターとファージベクターどちらを選べばいいのでしょうか。

インサートサイズだけ見るとプラスミドの場合、100bp~10kb、ファージベクターが10kbくらいとありましたが、そうするとプラスミドベクターになるのでしょうが、本を見るとファージベクターがほどんどでした。どちらを選んでいいのかわからないのです。

また、プラスミドベクターとファージベクターの長所短所がよくわかっていないのも、選択に迷っている原因だと思います。

生物種や目的遺伝子の表記があいまいでごめんなさい。アドバイス求めています。よろしくおねがいします。

初めてcDNAライブラリーを作製しようと思っています。
ある生物体の代謝経路に関与する遺伝子のクローニングを試みており、cDNAライブラリーを作製することにしました。カタログをみるとベクターはファージとかプラスミドとか、その他もありますよね。
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自分が目的とする代謝経路はまだ不明な点が多く、クローニングもほとんどされていません。ただ唯一クローニングできた遺伝子の長さはcDNAで3kbでした。この場合、プラスミドベクターとファージベクターど...続きを読む

Aベストアンサー

ファージをつかうとその感染力を利用して10の10乗の独立したcDNAをいっぺんに扱うことができます。プラスミドだと2オーダーぐらいさがでます。考えている遺伝子の転写産物が少ないのであればファージを使うほうがベターです。プラスミドの場合は慎重にやらないと大腸菌にトランスフェクションの効率が上がらす10の5乗くらいのコピー数のライブラリーになってしまうこともありそうです。ファージは下手して2オーダー下がっても10の8乗ぐらいですから許容範囲かもしれませんね。もし、転写産物の量が比較的多いと期待できるのなら、その後の実験系などを考えて便利な方を使うといいでしょう。

Qエタノール沈殿の際の酢酸ナトリウムの働き

初歩的な質問ですみません
エタノール沈殿の際に酢酸ナトリウムを入れなさいと言われたのですが、何のために入れるのでしょうか?

Aベストアンサー

エタノール沈殿でいちばん一般的なのは酢酸ナトリウムですが、そのほかにも目的や好みに応じて酢酸アンモニウム、塩化ナトリウム、塩化リチウムなども使われます。
要は一価の陽イオンを生じる塩を加えた状態にするということで、さらにアルコールが加わることで核酸が沈殿するのです。
塩の役割は、
・イオンが水和することによって核酸の水和水を奪う
・核酸より強い酸の塩が電離することによって、共存する核酸の電離が抑制され極性が弱まる
ことによって水分子がDNAを引っ張る力が弱める、つまり溶解しにくくするすることでしょう。

ここにアルコールを加えると、核酸の水和水が強力に奪われ、溶媒の極性も水だけのときより低くなるので、水和によって溶けている核酸が沈殿します。
たぶん、中学か高校でコロイド溶液の性質が出てきたと思いますが、原理的にはそこで習ったことの応用です。


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