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例えば、あるDNAをPCRでクローニングして大腸菌や培養細胞で発現させようとした場合、1つ塩基の置換であれば、翻訳されるアミノ酸が同じものである時(GCA→GCGなど、この場合はどちらのコドンもアラニンに翻訳されます)があるので、正しいタンパク質が発現されます。
正しいタンパク質が翻訳されない場合は、塩基置換により週四コドンに変化した、あるいは塩基が欠失していてORFがずれてしまった、など様々な原因が考えられます。
塩基置換であれば、翻訳されるアミノ酸が同じであれば、基本的に発現されるタンパク質は正しいものと考えられますが、欠失してORFがずれる等の場合は、通常より短いタンパク質だったり、あるいは長かったり、三時構造が異なっていたりして、正しい機能を保持していないことが多いようです。
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