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遺伝子の塩基配列の調べ方

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  • 質問者：keita1221
  • 質問日時：
  • 回答数：2件

ヒトのALDH2遺伝子の全塩基配列（エクソン部及びイントロン部の配置）を調べたいのですが、どうやって調べていいのかがわかりません。
検索サイトで検索かけてみたりしたのですが見つかりません。（ネット上にデータベースがあるというのを聞いたことがあります。）
調べる方法を教えてください。お願いします。

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A 回答 (2件)

No.2ベストアンサー

  • 回答者： Chicago243
  • 回答日時：

NCBIの場合


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

ALDH2がテキストに含まれるデーターのリストが得られると思いますので、適切な物を選択してください
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db …
ここから、Related Sequencesのgenomicを見つけてそのシーケンスを見てもいいのですが非常に長いテキストで、目的のもの以外の配列も入っていることもかなりありますので、右のlinksから、Map viewerに飛びます。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?tax …

ALDH2 OMIM HGNC sv pr dl ev mm hm sts.... という文字列があると思います。dlをクリックしデーターを取得するページに飛んで Display かSave to Disk データーを得てください。

ほかのデーターベースだと
http://www.ensembl.org/index.html
のhuman
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html
の右上からALDH2検索
詳細は省略します。ひつようであればおっしゃってください。
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この回答へのお礼

ありがとうございます！
とても丁寧でわかりやすいです！

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お礼日時：2006/07/25 21:57

No.1

  • 回答者： gori8063
  • 回答日時：

データベースはたくさんありますので、使い勝手、知っている／いないでいおりろなデータベースを紹介されるかと思いますが、遺伝研あたりから入っていくのが日本語ですし分かりやすいかと思います。


http://www.nig.ac.jp/section/service-j.html
http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html
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Aベストアンサー

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=Nucleotide

左上のSearchプルダウンメニューからGeneを選び、for以下に遺伝子名を入れる
例えばCYP1A2と入れ　Ｇｏ

検索結果からCYP1A2 (Homo sapiens)のリンクをクリック

「Genomic regions, transcripts, and products」の「NC_000015.8」をクリック

プルダウンが出るので「GENBANK」を選択

真ん中辺にあるmRNA:join(1..55,888..1727,2347..2467,2923..3012,3282..3405,4342..4428,5949..7758)
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Aベストアンサー

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splicing variantも表示されるのでわかりやすいです。
（正確性を求めるときは、論文で確認した方がいいですが。）

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まず、転写開始点を正確に決めておく必要があります。
簡便には、5' RACEの産物の端がどこにきてるかで見てもいいと思いますが、完全に伸びきっていない逆転写産物もPCRで増やしてしまうので、多少のあいまいさがでてきます。
正確に決めるには昔ながらのprimer extensionやS1 mappingが必要でしょう。
で、プロモーターは（発現をmodulateするエンハンサーは話が別です）、典型的には転写開始点の-50 bp以内にあります。たとえば、真核生物では、-20 bp 前後にTATA boxまたはGC box、さらに-15 bp くらい上流に-CAATboxとか。そういう典型的な配列があれば、8割がたそこがプロモーターだという蓋然性を言うことができます（かならずしも典型的なプロモーターばかりではありませんが）。
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エタノール沈殿の原理は省いて簡単に書きます。

DNAが塩析してくる最適なエタノール濃度が70％ほどであるのです。
通常、100％エタノールをもとの液の２～2.5倍ほど加えると思います。
すると最終的にエタノールの濃度は70％ほどになるはずです。

このように最終的に70％ほどの濃度にする、ということが目的なので
最初に加えるエタノールは100％じゃないとかなり面倒なことになると思いませんか？

そして洗浄のときですが、70％エタノールではDNAは溶けません。
もちろん100％エタノールにも溶けません。

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Qエクセル　STDEVとSTDEVPの違い

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Aベストアンサー

１．大腸菌のサスペンションにアルカリ溶液を入れる
（大腸菌の膜が壊れて、タンパクやDNAなどが出てくる。DNAはアルカリで変性して一本鎖になる）

２．酸で中和する
（変性したタンパクなどは析出、長いゲノムDNAは中和で二本鎖に戻ろうするが、長いので絡まって析出。プラスミドDNAは小さいので二本鎖に戻って溶液中に存在）

３．遠心分離して上澄みを回収
（タンパクや絡まったゲノムDNAなどは沈殿、上澄みにあるプラスミドDNAを回収）

４．昔は（１０年前の記憶だと）、フェノール・クロロホルムで、残りのタンパク質・脂質などを除く。
（脂質はフェノール層へ、DNA・RNAは水層へ、タンパク質は中間層へ分離するので、水層を回収）

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６・RNA分解酵素でRNAを分解して、もう一度フェノール抽出をして、エタ沈（イソプロと同じ原理）して、その沈殿を回収するとプラスミドDNAが得られる。

キアゲンは、４のところで、カラムにかけると、DNAが樹脂に結合するので、bufferで不要なものを洗い流して、最後にpHを変えると、プラスミドDNAは溶出されてきます。キアゲンのホームページからマニュアルをダウンロードすれば、詳しく書いてありますよ。

１．大腸菌のサスペンションにアルカリ溶液を入れる
（大腸菌の膜が壊れて、タンパクやDNAなどが出てくる。DNAはアルカリで変性して一本鎖になる）

２．酸で中和する
（変性したタンパクなどは析出、長いゲノムDNAは中和で二本鎖に戻ろうするが、長いので絡まって析出。プラスミドDNAは小さいので二本鎖に戻って溶液中に存在）

３．遠心分離して上澄みを回収
（タンパクや絡まったゲノムDNAなどは沈殿、上澄みにあるプラスミドDNAを回収）

４．昔は（１０年前の記憶だと）、フェノール・クロロホルム...続きを読む

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Qpoly-Aとは

poly-Aとはなんでしょうか？
あとpoly-A付加シグナルについても教えてください。

Aベストアンサー

プロセッシングが完了し完成したmRNAの3'末端には、50～200塩基ほどのアデニン（A)ヌクレオチドが付加されています。これがpoly-A tailです。poly-A tailはmRNAに安定性をあたえ、翻訳を促進する働きがあると考えられています。

mRNAは、まず遺伝子のプロモーターからエクソン、イントロンを含め連続的に転写され、転写の終結部は最後のエクソンよりかなり下流に及びます（真核生物では転写終了位置を示すシグナル配列のようなものは見つかっていません）。
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参考URL：http://opbs.okstate.edu/~melcher/MG/MGW2/MG234.html

プロセッシングが完了し完成したmRNAの3'末端には、50～200塩基ほどのアデニン（A)ヌクレオチドが付加されています。これがpoly-A tailです。poly-A tailはmRNAに安定性をあたえ、翻訳を促進する働きがあると考えられています。

mRNAは、まず遺伝子のプロモーターからエクソン、イントロンを含め連続的に転写され、転写の終結部は最後のエクソンよりかなり下流に及びます（真核生物では転写終了位置を示すシグナル配列のようなものは見つかっていません）。
この一時転写産物はイントロンを削除しエクソンを連...続きを読む

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