生物の院試問題です。

ある遺伝子の転写産物の転写開始部位を決定するためにはどのような方法を用いるか？２つ挙げよという問題なのですが、どのような方法があるのでしょうか？問題文によればその遺伝子のｃDNAは手に入っているので、その配列から転写開始位置なんてすぐ分るような気がするのですが…

それと次の2つの問題も答えが分らないので教えていただきたいです。
あるタンパク質がカルシウムと結合することはどのように証明すればよいか？
ある増殖因子の刺激により発現があがるA遺伝子のmRNAは刺激後30分という早い時期に誘導されることから、増殖因子の刺激により直接制御されている可能性がある。これを証明するにはどのような実験を行えばよいか？

No.2 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2007/05/01 21:02

＞ある遺伝子の転写産物の転写開始部位を決定するためにはどのような方法を用いるか？２つ挙げよという問題なのですが、どのような方法があるのでしょうか？問題文によればその遺伝子のｃDNAは手に入っているので、その配列から転写開始位置なんてすぐ分るような気がするのですが…

Primer extension法、S1 mapping法
どうやってとったcDNAかが問題ですが、特殊な方法を使わない限り、通常、cDNAライブラリーにしてもRACEにしても5'側の完全長は原理的にとれません。まず、逆転写が5'末端まで届くとは限らないこと、第二に、2nd strandの合成開始点は1st standの5'端より内側になることによります。ライブラリーからとったcDNAクローンや5'RACE産物のクローンを複数調べると、5'末端はheterogenousになっているものです。

あとの二つの質問は、これだというのが思い浮かびませんが、
＞あるタンパク質がカルシウムと結合することはどのように証明すればよいか？

カルシウムで処理したタンパク質が分子量や等電点のシフトを起こすかどうかを調べる。放射性カルシウムでそのタンパク質がラベルされるかどうか調べる。

＞増殖因子の刺激により直接制御されている可能性がある。これを証明するにはどのような実験を行えばよいか？

どの程度「直接」であることを想定しているのかわかりませんが、ほかの遺伝子の発現を誘導することにより生じたタンパク質がA遺伝子の発現を上昇させる可能性を排除するなら、シクロヘキシミドなどのタンパク質合成阻害剤でde novoのタンパク質合成を阻害した状態でアッセイすればよいと思います。

この回答へのお礼

詳しく書いていただきありがとうございます。大変参考になりました。

お礼日時：2007/05/04 18:14

No.3 回答者： geneticist12 回答日時： 2007/05/02 09:33

No2です。

＞第二に、2nd strandの合成開始点は1st standの5'端より内側になること

3'端より内側、の間違いです。

No.1 回答者： MIYD 回答日時： 2007/05/01 18:59

>転写開始位置なんてすぐ分る

その操作を書けばいいだけです。

>カルシウムと結合
灰化など

>直接制御されている可能性がある
CHXなど