遺伝子のプロモーターの転写因子結合サイトの検索方法

ある遺伝子がどのような転写因子によって制御されているか知りたいのですが、遺伝子の名前だけで制御に関与する転写因子を予測してくれるようなサイトはあるのでしょうか？
あるいは、ある遺伝子のプロモータ領域の塩基配列を調べて、TESSなどの予測サイトで検索する方法を取る場合、どのようにしてプロモータ領域の塩基配列を入手すればよいのでしょうか？
よろしくお願いいたします。

No.1 回答者： HOX 回答日時： 2008/12/06 00:03

cis element(s)がすでに同定されている遺伝子に関してなら、遺伝子名を入力するだけで情報を得られるサイトなどがもしかしたらあるかも知れませんが、cis element(s)が未知の遺伝子のそれを予測してくれるプログラムは存在しないのではないでしょうか。

お使いの生物種では、genome projectは終了していますか？
ゲノム配列を入力してputative transcription factor binding sitesを検索するサイトを利用する場合、BLASTその他のwebサイトから配列を取ってくることになります。

ただし、注目している遺伝子のcis element(s)がゲノム上のどこにあるかは遺伝子によって異なりますので、どの範囲の配列を取ってくればいいのかは場合によります。
転写開始点の上流（5'側）10kb以内くらいの範囲にあるケースが多いようですが、遺伝子によっては100kb以上上流にあったり、intron内や遺伝子部分の3'側にある場合もありますので、注意が必要です。

とはいえ、先行研究などの情報が何もないのであれば、まずは転写開始点上流10kbくらいにあたりをつけて検索をかけてみてはいかがでしょう？

また、検索エンジンを使う場合、transcription factor binding consensus sequenceとの類似度こそ様々ですが、非常に数多くのputative sitesがヒットしてきてしまいます（例えば、100bpの中にputative binding sitesが10ヶ所以上とか。そして、もちろんそれらのほぼすべてがnegativeです）。
なので、いろいろな実験結果から範囲がすで1kb以内くらいに絞れていて、かつ、どのtranscription factorがbindしそうかがすでにある程度推定できている場合でもない限り、ゲノム配列を検索にかけてもあまり参考にならないと思います。

ご質問の答えになっていますでしょうか？
問題解決の一助になりましたら幸いです。