PCR産物を電気泳動すると・・・

PCR産物を電気泳動すると、ひきずって流れているように筋のようなものができて流れていきます。
バンドも見えるのですが、筋があるのではっきりとは見れません。
ちなみにゲルはすでに作られているものを用いているので、ゲル以外に原因があると思っています。しかし、PCRにかけるときはプライマーとDNAとmilliQしか入れていません。

同じような経験がある方、原因がわかる方いらっしゃったらお願いします。

No.3 ベストアンサー 回答者： de_tteiu 回答日時： 2009/12/13 00:10

#2さんがお答えにならないので…

Mg濃度が問題になるのは
(1)templateやprimer溶液にMgが含まれている
(2)bufferの組成に問題がある（あまりないですが）
時です

まあ、template溶液を脱塩すれば問題ないかと思います


ちなみに、PCR産物が短くてGCリッチな配列だったりするとうまくできていてもどうしてもひきずってしまいます
ただ、バンドがはっきり見えなくなるまでには通常なりませんが

No.2 回答者： Dr_Hyper 回答日時： 2009/12/06 02:24

問題点としては、

1. PCR反応
2. 電気泳動
ですね。まずPCR反応ですが、引きずって流れているような筋はレーン全体に上から下へ滝のような感じのパターンということですよね？
これは特異的な領域を増幅できなかったときに起きるパターンと考えられます。Mg濃度やPCR反応のアニーリング温度、primerの設計を疑う必要があります。
電気泳動ですがゲルがredy madeだとして、泳動bufferおよびsample bufferは問題ないでしょうか。一番簡単な評価としては同じsample bufferで調整したDNAのサイズマーカーはちゃんと泳動されているかどうかで判断できます。
簡単にはこの２点です。

この回答への補足

ご回答ありがとうございます。
サイズマーカーは流れているのでPCR反応に問題があると思っています。
ちまみに、Mg濃度を改善するための手段はどのようなものがあるのかもし知っていれば、お願いします。

補足日時：2009/12/06 13:17

No.1 回答者： de_tteiu 回答日時： 2009/12/05 15:57

１つ気になったんですが、bufferは入れなかったんですか？（さすがにdNTPは入れているでしょうが）

この回答への補足

すいません、書いていませんでしたが、もともと調整されたものを用いています（accu power/bioneer社)。

補足日時：2009/12/05 22:17