アミノ酸配列からモル吸光係数を求めるサイトを教えてください。

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A 回答 (3件)

「サイト」との指定なので、参考URLを紹介します。



つい先日 fj.sci.bio で、同様の質問が出ていますが、質問したのは
同じ方なのでしょうか?

とりあえず、そこで紹介されている論文も合わせて紹介しておきます。

Gill,S.C. & von Hipple,P.H.(1989)Calculation of protein extinction coefficients from amino acid sequence data. Analytical Biochemistry, 182,319-326

WEBでの参照は、galaxy から。

http://galaxy.rwcp.or.jp/text/cgi-bin/newsarticl …

参考URL:http://www.basic.nwu.edu/biotools/proteincalc.html
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この回答へのお礼

回答ありがとうございました。役に立ちました。
ところで私の知る限りでは、いかに記す論文のほうが引用が多いようにみうけられるのですが、いかがでしょうか?
Mach H, et al., Statistical determination of the average values of the extinction coefficients of tryptophan and tyrosine in native proteins., Anal. Biochem., 200, 74-80 (1992)
比較では紹介していただいた方法81700、後者の論文では80620でした。まあ、あまり変わりなさそうですね。

お礼日時:2001/04/24 17:27

お礼中の問に対する回答です。



ペプチド結合の吸収を用いた研究論文については見たことがないですが、
研究の上で目安に使うことはあります。

ペプチド結合の紫外吸収は190~220nm付近に現れます。
モル吸光係数は、やはりおかれている環境によって異なるのですが、10の3乗のオーダーのようです。

で、先の回答にも書きましたが、モル吸光係数はその原因となる分子の取り囲まれる環境によって変化し得ます。
とくに、蛋白質分子では高次構造をとったことによる電子状態変化も関与するので、a-kumaさんのご紹介のサイトでの値から少々ずれてもおかしくはありません。
実際、論文で紹介されるモル吸光係数が妙に切れのいい値(45000とか)だったりしますが、これも細かい数字は略しているのです。
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この回答へのお礼

重ね重ねありがとうございます。ペプチド結合の検出は合成ペプチドの逆相クロマトによる分離のとき用いますね。モル吸光係数も、計算値ですからその精度を考えると有効数字二桁が精一杯でしょうね。これからもよろしくお願いいたします。

お礼日時:2001/04/25 09:16

アミノ酸配列から・・・ってことは、ペプチド結合のモル吸光係数を求めてる訳ではないのですね。


ってことは、電子スペクトルに関係するのは、側鎖に共役系があるチロシン、トリプトファン、フェニルアラニンの3残基です。

おおざっぱには、1 M当たりの280 nmのモル吸光係数E(光路差1cm)は

  E=チロシン残基数×1390 + トリプトファン残基数×5800

で表せます(タンパク実験プロトコール 1、2 秀潤社)。
フェニルアラニンのモル吸光係数は小さいので(約0.7)、おおざっぱに見るときは無視します。

蛋白質の場合、周囲の環境によってモル吸光係数もやや変化します。
またチロシンはpHに依存して解離し、それに応じてモル吸光係数も変化します。厳密に調べるには、濃度既知の試料のペプチド結合の吸収から調べた方がよいでしょう。
調べるときは、ペプチド結合や280 nm付近の吸収を生じない試薬を用いるのはいうまでもありません。
サイトは・・・・私は知らないです・・・すみません・・・
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この回答へのお礼

回答ありがとうございます。蛋白質でペプチド結合の吸収を用いて調べている例というのはあるのでしょうか?かなり短波長である必要があるとおもうのですが。

お礼日時:2001/04/24 17:29

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QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
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AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
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ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
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(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
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Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

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よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
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・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q一本鎖核酸のモル吸光係数の算出

配列が既知のオリゴDNAの濃度を260nmのODを用いて求めたいのですが、正確な吸光係数の算出法を教えていただけないでしょうか?

蛋白質の場合はtyrとTrpとS-Sの数から求めると思うのですが、それと同じようにA、G、G、Cの含まれている数から求める式を教えてほしいです。できれば参考文献をつけてもらえるとありがたいです。よろしくお願いします。

Aベストアンサー

E=A(15.3)+G(11.9)+C(7.4)+T(9.3)
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Eはextinction coefficient(吸光係数)で、1 OD260あたりのug/mL濃度に相当します。「Molecular Cloning」のAppendixで引いてきましたが、各種実験書、試薬カタログ類などのAppendixなんかでも見つけられると思います。

また、合成オリゴをオーダーすると、納品時に使用説明書としてその辺の資料をつけてくる会社も多いと思います。今手元に、インビトロジェンのそれがありますが、ACGT以外のヌクレオチド(IとかUなんか)も出てますよ。


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