アミノ酸配列からモル吸光係数を求めるサイトを教えてください。

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A 回答 (3件)

「サイト」との指定なので、参考URLを紹介します。



つい先日 fj.sci.bio で、同様の質問が出ていますが、質問したのは
同じ方なのでしょうか?

とりあえず、そこで紹介されている論文も合わせて紹介しておきます。

Gill,S.C. & von Hipple,P.H.(1989)Calculation of protein extinction coefficients from amino acid sequence data. Analytical Biochemistry, 182,319-326

WEBでの参照は、galaxy から。

http://galaxy.rwcp.or.jp/text/cgi-bin/newsarticl …

参考URL:http://www.basic.nwu.edu/biotools/proteincalc.html
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この回答へのお礼

回答ありがとうございました。役に立ちました。
ところで私の知る限りでは、いかに記す論文のほうが引用が多いようにみうけられるのですが、いかがでしょうか?
Mach H, et al., Statistical determination of the average values of the extinction coefficients of tryptophan and tyrosine in native proteins., Anal. Biochem., 200, 74-80 (1992)
比較では紹介していただいた方法81700、後者の論文では80620でした。まあ、あまり変わりなさそうですね。

お礼日時:2001/04/24 17:27

お礼中の問に対する回答です。



ペプチド結合の吸収を用いた研究論文については見たことがないですが、
研究の上で目安に使うことはあります。

ペプチド結合の紫外吸収は190~220nm付近に現れます。
モル吸光係数は、やはりおかれている環境によって異なるのですが、10の3乗のオーダーのようです。

で、先の回答にも書きましたが、モル吸光係数はその原因となる分子の取り囲まれる環境によって変化し得ます。
とくに、蛋白質分子では高次構造をとったことによる電子状態変化も関与するので、a-kumaさんのご紹介のサイトでの値から少々ずれてもおかしくはありません。
実際、論文で紹介されるモル吸光係数が妙に切れのいい値(45000とか)だったりしますが、これも細かい数字は略しているのです。
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この回答へのお礼

重ね重ねありがとうございます。ペプチド結合の検出は合成ペプチドの逆相クロマトによる分離のとき用いますね。モル吸光係数も、計算値ですからその精度を考えると有効数字二桁が精一杯でしょうね。これからもよろしくお願いいたします。

お礼日時:2001/04/25 09:16

アミノ酸配列から・・・ってことは、ペプチド結合のモル吸光係数を求めてる訳ではないのですね。


ってことは、電子スペクトルに関係するのは、側鎖に共役系があるチロシン、トリプトファン、フェニルアラニンの3残基です。

おおざっぱには、1 M当たりの280 nmのモル吸光係数E(光路差1cm)は

  E=チロシン残基数×1390 + トリプトファン残基数×5800

で表せます(タンパク実験プロトコール 1、2 秀潤社)。
フェニルアラニンのモル吸光係数は小さいので(約0.7)、おおざっぱに見るときは無視します。

蛋白質の場合、周囲の環境によってモル吸光係数もやや変化します。
またチロシンはpHに依存して解離し、それに応じてモル吸光係数も変化します。厳密に調べるには、濃度既知の試料のペプチド結合の吸収から調べた方がよいでしょう。
調べるときは、ペプチド結合や280 nm付近の吸収を生じない試薬を用いるのはいうまでもありません。
サイトは・・・・私は知らないです・・・すみません・・・
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この回答へのお礼

回答ありがとうございます。蛋白質でペプチド結合の吸収を用いて調べている例というのはあるのでしょうか?かなり短波長である必要があるとおもうのですが。

お礼日時:2001/04/24 17:29

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よろしくお願いします。

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変わりますが、であればチロンシのみでよくフェニルアラニンを
必須アミノ酸とする必要はないのではないでしょうか?

フェニルケトン尿症をみてふと思いました。
ご教授よろしくお願いいたします

Aベストアンサー

おはようございます。

「フェニルケトン尿症」は、常染色体劣性遺伝を示す遺伝子疾患です。対症療法としてフェニルアラニンの摂取量をコントロールします。

「フェニルアラニン」は、チロシン生合成の材料である一方で、タンパク質の材料となるアミノ酸の一つです。また、ヒトはフェニルアラニンを自身では生体内で合成できないので、フェニルアラニンは必須アミノ酸の中の一つです。

ヒトはフェニルアラニンを摂らないとタンパク質を合成できなくなります。

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
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というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

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AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
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つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
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Aベストアンサー

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5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

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Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
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後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

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ここまでは理解できたんですがアスパラギンの側鎖の組み合わせで
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お願いいたします。

Aベストアンサー

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Q卒論で遺伝子配列とアミノ酸配列を表記したいのですが・・・

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Aベストアンサー

こんにちは。
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Q【化学・人工甘味料の】ステビア、スクラロース、アセスルファムK、アスパルテーム、L-フェニルアラニン

【化学・人工甘味料の】ステビア、スクラロース、アセスルファムK、アスパルテーム、L-フェニルアラニン化合物が使われている代表的な商品を教えてください。

Aベストアンサー

代表的かどうかは存じませんが、使われているのが確かな商品は次の通りです。

ステビア→コカコーラ・ライフ

スクラロース、アセスルファムK→アクエリアスゼロ、三ツ矢サイダープラス、三ツ矢サイダーグリーンレモン

アセスルファムK、アスパルテーム→コカコーラゼロ、ペプシストロングゼロ、-196℃ストロングゼロ(ダブルレモン)、サントリーチューハイ(地中海レモン)、金の微糖、サントリー コーヒー ボス 贅沢微糖、AGF ブレンディボトルコーヒー 低糖、 カルピスソーダ、味の素 鍋キューブ 3種

アスパルテーム、L-フェニルアラニン化合物→トクホ炭酸飲料(メッツコーラ、ファイバー7500など)

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塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q水酸化ナトリウム水溶液のpH値について教えてください。

水酸化ナトリウム水溶液のpH値について教えてください。

まず、2%水酸化ナトリウム水溶液とは、2%の水酸化ナトリウムの入った水溶液でよろしいんですよね?
4gの水酸化ナトリウムの入った水溶液のpH値はpH10ということは分かったのですが、
計算すると0.4%水酸化ナトリウム水溶液ということでいいのでしょうか?

またさらにこれを水(pH7とした場合)で薄めた場合のpH値の計算方法も教えてください。

初歩的な質問で申し訳ありませんが、よろしくお願いします。

Aベストアンサー

計算自体は良いかと思います。

ということで気付いたことを2つほど。

・解答の記述方法にも気を配りましょう

記述式の解答を書く場合、読んでもらう人がいるということを忘れないで下さい。
たとえばはじめの方で書いていなかった水溶液の体積(1L)もそうですが、
質問者様にとっては記述の必要のないくらい当たり前のこと
と思っても、読んでいる人からすると飛躍している印象があるところがあります。
また、読んでもらうような代物でないとしても、あまりにも省略すると
自分で記述していて自分で勘違いすることもあります。

例えば、
> 水酸化ナトリウムは40g/molなので、4gだと0.1mol。  …1
> mol濃度は0.1/1で0.1。 …2
> pOH=log(1/mol濃度)で1  …3
> pH=14-pOHで13.0  …4

2行目で計算しているのは何のモル濃度でしょうか?また単位は何ですか?
3行目でpOHを計算しているところを見ると、2行目ではOH-のモル濃度を
計算しているようですが、そうすると、一つ重要なことを書き忘れています。
水酸化ナトリウムのモル濃度とOH-のモル濃度は一致するのでしょうか、
ということです。
また3行目の式で、(1/mol濃度)と表記していますが、自分は初見では
1/molという単位に換算した濃度と読めてしまい、これは何を意味しているのだろう?
と思ってしまいました。実際にはモル濃度の逆数のことを意味しているのでしょうけれど、
式の中に言葉があるのは不自然です。そしてこれについては(1/x)として
式の外に(x…OH-のモル濃度)と記したほうが読む方の勘違いは少なくなりますよね。

・この問題の有効数字はいくつですか?

log2なりlog5なりを電卓で出せば、数字は何桁か出てきます。
でもそこまでの桁数で表記しなければならないものなのでしょうか。
逆に、pH=13.69897と書いていますが、最後の桁の数字まで信憑性のある
数字なのでしょうか?時間があれば、そのあたりも考えてはいかがでしょうか。

計算自体は良いかと思います。

ということで気付いたことを2つほど。

・解答の記述方法にも気を配りましょう

記述式の解答を書く場合、読んでもらう人がいるということを忘れないで下さい。
たとえばはじめの方で書いていなかった水溶液の体積(1L)もそうですが、
質問者様にとっては記述の必要のないくらい当たり前のこと
と思っても、読んでいる人からすると飛躍している印象があるところがあります。
また、読んでもらうような代物でないとしても、あまりにも省略すると
自分で記述していて自分で勘違いす...続きを読む

Q一本鎖核酸のモル吸光係数の算出

配列が既知のオリゴDNAの濃度を260nmのODを用いて求めたいのですが、正確な吸光係数の算出法を教えていただけないでしょうか?

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Aベストアンサー

E=A(15.3)+G(11.9)+C(7.4)+T(9.3)
A,C,G,Tはそれぞれの塩基数
Eはextinction coefficient(吸光係数)で、1 OD260あたりのug/mL濃度に相当します。「Molecular Cloning」のAppendixで引いてきましたが、各種実験書、試薬カタログ類などのAppendixなんかでも見つけられると思います。

また、合成オリゴをオーダーすると、納品時に使用説明書としてその辺の資料をつけてくる会社も多いと思います。今手元に、インビトロジェンのそれがありますが、ACGT以外のヌクレオチド(IとかUなんか)も出てますよ。


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