プライマーの劣化凍結融解について

プライマーの劣化によってPCRで予想していなかった結果はでたことがありますか?最近、おかしな結果がでるのですが、原因がプライマーしか考えられません。凍結融解による劣化、それによる非特異反応について詳しいことをご存知の方がいらっしゃいましたら、ぜひ教えてください。

No.2 ベストアンサー 回答者： geneticist12 回答日時： 2006/06/20 11:23

凍結融解で分解が進む可能性は大いにあります。

また、primerを純水で溶解している場合、核酸自体が酸性のため、溶液が酸性に傾むき、primerの分解を早めることがあります。少なくとも長期保存する場合は純水ではなく、10 mM位のうすいトリスバッファーに溶解した方がいいです。プライマー濃度が薄ければ薄いほど、水分子のアタックで分解しやすくなりますから、長期保存するストックは高濃度にし、当座使う分だけを希釈するといいです。

プライマーが分解して短くなるほど、ねらった場所以外にアニールする配列が偶然出てくる可能性が高まります。

特に、プライマー3'末端の数塩基が完全に対合することが伸長には必要ですが、逆に、3'側の削れこみが起こりその部分の配列の独自性が失われると、狙った配列以外でも伸長が起こりやすくなります。

この回答へのお礼

ご回等ありがとうございました。身近に相談できる(相談して返事が返ってくる)人が居なくて困っていました。

お礼日時：2006/06/20 19:46

No.1 回答者： Chicago243 回答日時： 2006/06/20 10:40

劣化することはあると思います。

今までのようにやっていてデーターが変わってきた場合は考慮する必要があると思います。ほかの試薬はだいじょうぶかとか、以前うまく行ったサンプルもダメかなど、いろいろな角度から原因を絞ればいいのではないでしょうか