「PCR(polymerase chain reaction)による遺伝子増幅法を以下の語句を用いて簡潔に説明しなさい」

プライマー、DNAポリメラーゼ、テンプレートDNA、ア二ーリング、

dNTP(デオキシヌクレオチド)

・・・という問題です。よろしくお願いします。

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A 回答 (3件)

あんまりレポートの答えなど書くのはイヤなのですが・・・



PCR法というのは、極微量のDNA断片を増幅して検出する方法です。
抽出したDNAサンプルにプライマーを混合してハイブリダイズさせ、

DNAポリメラーゼを反応させます。
次に温度を上昇させて反応を止め、DNAを乖離させます。

この繰り返しにより、2のn乗にDNAが増幅されます。

ここから先は以下のサイトを見て自分で文章を作ってください。

http://www.kdcnet.ac.jp/naika/geneticdiag/sld015 …
http://www.kongo.co.jp/npgene/pages/products/pcr …
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この回答へのお礼

ありがとうございます。アニーリングというのがわからなかったので、URL、参考になります。

お礼日時:2002/02/24 12:20

どうせ研究室に所属すれば買わざるを得なくなるので、


次の本をお薦めします。

「バイオ実験イラストレイテッド3 本当にふえるPCR」
中山広樹著 秀潤社

なお、このシリーズ
1 分子生物学実験の基礎
2 遺伝子解析の基礎
3 本当にふえるPCR
4 苦労無しのクローニング
5 タンパクなんてこわくない

1,2が堅めなタイトルにも関わらず
3以降がキャッチセールスっぽいタイトルになっている
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この回答へのお礼

ありがとうございます。直接、専門には結びつかないので(しかも生物の知識は中学レベルなので)、生物学専門のテキストを見るのは躊躇していたのですが、のぞいてみます。

お礼日時:2002/02/24 12:17

 『よろしくお願いします』って言われても困るんですが・・・。



 「生化学」,「分子生物学」,「遺伝子工学」等の教科書を見れば載っていると思うのですが。ご覧になりましたか?

 その前に何の講義でしょうか?その講義では PCR の説明は無かったのですか。説明が有ったのなら必ず上記の語句が使われているはずですが・・・(使わずには説明できない)。

 なお,過去にも類似の質問「QNo.24966 PCR法について」(↓)が有りました。ご覧になってみて下さい。

参考URL:http://www.okweb.ne.jp/kotaeru.php3?q=24966
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この回答へのお礼

一般医化学 というテキストを使っているのですが、PCR法については知ることができませんでした。どうもありがとうございます。

お礼日時:2002/02/24 12:14

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MRIとCTは原理に違いがあるとのことですが、
両者の原理で共通なのは何でしょうか。
MRIとCTの原理はどこまでが共通でしょうか。

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QDNAポリメラーゼやプライマーについて

大学生で教科書を読んでいていくつかわからない点があったので教えてもらいたいのですが、

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2、プライマーは、オリゴヌクレオチドですが、教科書を見た限りだと鋳型DNAと同じ構造なのですが、ラギング鎖でニックトランスレーションが必要なことから、鋳型のDNAと構造が異なる点があると思うのですが、どうなんでしょうか?

わかる方回答よろしくお願いします。

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誤解を招く書き方をしてしまいましたので、
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伸長開始点に関してのことです。一旦開始されると、リーディング鎖はそれ自身がプライマーとなって伸長していくと考えられていますね。

QMRIでのRFパルスについて

MRIでの原理的なことなんですが,均一な磁場でRFパルス(90度パルス)をかけると磁化方向が90度傾くのはなぜなんですか。

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RFパルスというのは(短時間だけ)回転する磁場と同じです。その回転周波数がスピンのラーモア歳差周波数と同じ場合(これが共鳴条件)、回転磁場とスピンは互いに止まっていることになります。この時スピンは、静磁場中の場合と同様に、この”回転磁場にも”ラーモア歳差運動します。これにより、スピンを自在に傾けることが可能となります。つまり、適当な時間でパルスを止めると90°傾いた状態にも、45°や180°傾いた状態にもできます。

スピンの状態は、α状態(低エネルギー;s=1/2)とβ状態(高エネルギー;s=-1/2)の波動関数の線形結合で表されるので、スピンの向きの変化にはエネルギー変化を伴っています。変化したエネルギー状態が、再び熱平衡状態に戻る過程が、緩和過程(T1)です。

QALDH2遺伝子を増幅する際のプライマーは?

ALDH2(アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ2)を持つ人(Normal)と持たない人(Mutant)を判定する実験を行っています。
NormalとMutantは1塩基多型であり、Normal用プライマーとMutant用プライマーの両方でPCRを行い、どちらのプライマーで増幅が起こるかによって遺伝子型を判定しています。

この実験のプロトコルがニッポンジーンのホームページ上にあるのですが、用いるプライマー(Reverse)の塩基配列を調べたところ、

Forward : 5'-CAA ATT ACA GGG TCA ACT GCT-3'
Reverse-Normal : 5'-CCA CAC TCA CAG TTT TCT CTT C-3'
Reverse-Mutant : 5'-CCA CAC TCA CAG TTT TCT CTT T-3'

となっています。
ところが、Reverseが結合する部分のDNAの塩基配列は

Normal:3'-GGT GTG AGT GTC AAA AGT GAA G-5'
Mutant:3'-GGT GTG AGT GTC AAA AGT GAA A-5'
                        ↑
であり、↑部の塩基「T」はReverseとはミスマッチになっています。Reverseのこれに対応する部分は「A」になるべきではないでしょうか?

不思議に思い、早速、ニッポンジーンに問い合わせたのですが、ニッポンジーンではT.Takeshita(1994)の論文を参考にしており、ミスマッチ部の「T」を「A」にしてPCRを行ったデータは持っていないとのことでした。

このプライマー設計にはどのような意図があるのでしょうか?

ALDH2(アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼ2)を持つ人(Normal)と持たない人(Mutant)を判定する実験を行っています。
NormalとMutantは1塩基多型であり、Normal用プライマーとMutant用プライマーの両方でPCRを行い、どちらのプライマーで増幅が起こるかによって遺伝子型を判定しています。

この実験のプロトコルがニッポンジーンのホームページ上にあるのですが、用いるプライマー(Reverse)の塩基配列を調べたところ、

Forward : 5'-CAA ATT ACA GGG TCA ACT GCT-3'
Reverse-Normal : 5'-CCA CAC TCA CAG ...続きを読む

Aベストアンサー

参考URL、Methodsの第一段落に書かれていますが、

プライマーは5'-CCA CAC TCA CAG TTT TCT CTT
をつかっていて、
件の位置にmutationを入れることで、ALDH2が正常な人ではCTCTTCという制限酵素Ksp632Iの認識配列ができます。
増幅断片がKsp632Iで切れるか切れないかで判定していたようです。

ニッポンジーンのプロトコルはそれの名残ではないでしょうか。

参考URL:http://ehp.niehs.nih.gov/members/1996/Suppl-3/563-567morimoto/morimoto-full.html

QMRIを受ける時の注意

母親が右半身をしびれを訴えて、病院に行きました。
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Aベストアンサー

MRIというのは、「核磁気共鳴」という、主として水素に特有の物理現象を利用する「測定」の原理です。
つまり、
「水素が沢山あるところ」とそうでないところとを見分けるものです。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%A0%B8%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4

X線(CTも含む)は、固いところ(高密度)と柔らかいところ。

超音波エコーは、音波の反射や透過。

をそれぞれ見分けます。

核磁気共鳴を起こさせるためには、強い電磁波を当てることになります。
それは、電子レンジのようなものです。

電子レンジに金属を入れてしまうと、火花が出たり、その付近の食物が焼け焦げたりします。
http://www.chemistryquestion.jp/situmon/shitumon_kurashi_kagaku28_microwave_metal.html

下記リンクを読みますと
「体内に金属がある人は検査ができない可能性があります。医師に申し出てください。」
とか
「体内に金属クリップがある場合でも、最近使われている非磁性体のクリップであれば検査を受けられます。」
という、ソフトな書き方がされていますが、

私が思うに、
電子レンジに比べてエネルギーの大小はあるものの、電磁波を使っている点は似ていますから、
お母様の体において、金属に熱が発生し、その付近の細胞が火傷のような状態になってしまうような予感がします。

つまり、
その部位に殆ど電磁波を当てないような検査をするしかなさそうです。

http://www.fureaihosp.or.jp/minano/comedical%20folda/X-RAY/mrigif.html

http://www.yhanet.jp/hitachi-totsuka/mri.html

http://www.hitachi-medical.co.jp/gen/5.html

http://www.hosp.niigata.niigata.jp/shimin_hosp/bumon/x_ray_gijyutu.htm

http://www.hospital.hakodate.hokkaido.jp/deprad/MRI.html

http://www.hosp.go.jp/~skyoto/bumon/mri.htm

http://www.okamoto-hp.or.jp/oka2/XP/xp/mr/mr3.HTM


下記サイトには、
「(CTは)MRIと違って、検査のスピードが速く、体内に金属があっても問題がない」
という書き方がされています。
http://www.rr.iij4u.or.jp/~kanchan/lungca.htm


残念ながら、
「金属が入っていても大丈夫(である可能性があります)」
という肯定的な書き方をしているサイトは、1個も見つけられませんでしたし、装置構成も全て似たり寄ったりです。

MRIというのは、「核磁気共鳴」という、主として水素に特有の物理現象を利用する「測定」の原理です。
つまり、
「水素が沢山あるところ」とそうでないところとを見分けるものです。
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%A0%B8%E7%A3%81%E6%B0%97%E5%85%B1%E9%B3%B4

X線(CTも含む)は、固いところ(高密度)と柔らかいところ。

超音波エコーは、音波の反射や透過。

をそれぞれ見分けます。

核磁気共鳴を起こさせるためには、強い電磁波を当てることになります。
それは、電子レンジのような...続きを読む

QDNAポリメラーゼについて

校正機能を持たないDNAポリメラーゼは存在するのでしょうか?

存在するとしたら、それはどのような役割を果たしているのですか?

Aベストアンサー

 校正機能、すなわちエクソヌクレアーゼ活性を持たないDNAポリメラーゼは存在します。
たとえば、ヒトのDNAポリメラーゼαはエクソヌクレアーゼ活性を欠いています。
このDNAポリメラーゼは、RNAプライマーとその後に続く十数塩基の複製を行っています。
おそらく、極めて短い領域しか関与しないために、校正機能はそこまで重要な問題ではないからだと考えられています。

QMRIを借りたい

この3ヶ月間に4つの病院を利用しました。

A整形外科
B整形外科
J病院(A整形外科の紹介でMRI撮影をした病院。MRI;背骨→フィルム;A整形外科にある)
N病院(MRI;子宮→CDデータ取得済)

質問(1)整形外科間のMRI画像の貸し借りは可能なのでしょうか?
    もし可能だった場合、どのように借りたら良いのでしょうか?
質問(2)子宮のMRI画像は、整形外科に見せても有効なのでしょうか?


現在の状況;腰の治療(腰椎椎間板ヘルニアになる一歩手前)のためB整形外科に通っています。

A整形外科には何も言わず、B整形外科を受診し、今もお世話になっています。
B整形外科に通いだしてからはA整形外科を利用しておりません。
B整形外科には背骨のMRI画像があるのを伝えておりません。
B整形外科から子宮のMRI画像の提出をいわれています。

私が思っているのは、
腰の治療のためにA整形外科にある背骨のMRI画像を借りたほうがいいのか?
腰の治療のために子宮のMRI画像は有効なのか?
子宮のMRI画像を頼まれているのに背骨のMRI画像を提出したら顰蹙を買ってしまうのか?

どうか、ひとつでもいいので、回答いただけると幸いです。
よろしくお願いします。

この3ヶ月間に4つの病院を利用しました。

A整形外科
B整形外科
J病院(A整形外科の紹介でMRI撮影をした病院。MRI;背骨→フィルム;A整形外科にある)
N病院(MRI;子宮→CDデータ取得済)

質問(1)整形外科間のMRI画像の貸し借りは可能なのでしょうか?
    もし可能だった場合、どのように借りたら良いのでしょうか?
質問(2)子宮のMRI画像は、整形外科に見せても有効なのでしょうか?


現在の状況;腰の治療(腰椎椎間板ヘルニアになる一歩手前)のためB整形外科に通っています。

A整形外科には何も言わず、...続きを読む

Aベストアンサー

質問(1)整形外科間のMRI画像の貸し借りは可能なのでしょうか?もし可能だった場合、どのように借りたら良いのでしょうか?

ドクター同士のやりとりであれば、可能です。
他の回答にあるようにB整形外科から紹介状を書いてもらう必要があります。
子宮のMRIが必要ならN病院宛に、背骨のMRIが必要ならA病院宛に書いてもらう必要があります。

質問(2)子宮のMRI画像は、整形外科に見せても有効なのでしょうか?
それを判断するのはB整形外科医です。
その医師が有用であるといえば、それは意味のある行為です。
少なくとも質問者さんが整形外科医に見せても意味がないと判断するのはいかがなものかと思います。


>腰の治療のためにA整形外科にある背骨のMRI画像を借りたほうがいいのか?
これもB整形外科医が判断することです。質問者さんが「A整形外科に**年前撮影した背骨のMRIがある」ことを申し出て判断してもらってください。

>腰の治療のために子宮のMRI画像は有効なのか?
それはB整形外科医が判断することです。子宮のMRIでも骨盤部の骨はうつっており、それで判断することも出来るかもしれません。

>子宮のMRI画像を頼まれているのに背骨のMRI画像を提出したら顰蹙を買ってしまうのか?
質問者さんが信頼を失うことになるだけでしょう。「この人は嘘をつく、隠し事をする」という先入観を植え付けることになるでしょうね。

質問(1)整形外科間のMRI画像の貸し借りは可能なのでしょうか?もし可能だった場合、どのように借りたら良いのでしょうか?

ドクター同士のやりとりであれば、可能です。
他の回答にあるようにB整形外科から紹介状を書いてもらう必要があります。
子宮のMRIが必要ならN病院宛に、背骨のMRIが必要ならA病院宛に書いてもらう必要があります。

質問(2)子宮のMRI画像は、整形外科に見せても有効なのでしょうか?
それを判断するのはB整形外科医です。
その医師が有用であるといえば、それは意味のある行為です。
少な...続きを読む

Q平滑化;klenowかT4DNA polymeraseか

宜しくお願いします。
ライゲーションを目的として、2本鎖DNAを平滑化する場合、成書にはクレノーを用いた例が殆どですが、なぜT4DNA polymeraseが第一選択ではないのでしょうか?
以前から疑問だったのですが、この度質問するにあたり、複数の業者に問い合わせてみたところ、クレノーはfill inと同時に1塩基される為不向きなので、T4DNA polymeraseを用いて下さいとの回答でした。
それならば何故、教科書にはクレノーの例ばかりなのでしょうか。勿論クレノーを用いても平滑化が可能な事は、理解出来ますが、第一選択としては、T4DNA polymeraseの強力なエキソヌクレアーゼを考慮したとしても、こちらの方が良いと思われるのですが。
上記の様な理由を、どなたかご存知でしたら教えていただければありがたく思います。

Aベストアンサー

まあ用途(polish活性も必要かなど)と用法が間違っていなければどちらを使ってもちゃんと出来るんですけれど。Klenowがfirst choiceになっている成書が多いのはどうしてかという質問に答えるなら、前期のような回答になります。

>↑これですが、失活させるには激しいボルテックスを行う、と説明書にありますが、

説明書にあるならそれでもいいのでしょうけれど、あまり一般的とは言えませんね。フェノールをぶち込んで反応を止めろというのは確かTakaraのkitがそうなっていたと思います。加熱(70℃前後)で止めるというのも割と一般的なようですが、先に書いたようにフェノールが安全だと思います。

>↑温度を下げた場合、T4およびクレノーの反応時間は何分位でしょうか。またdNTPは、標準でもかなり濃いですが、更に2倍3倍入れるという事ですか。入れすぎて問題は無いのでしょうが、どれくらい入れたら良いのでしょうか。

Molecular Cloningによると、T4は100 uM dNTP, 12℃, 15 min、Klenowは50 uM dNTP, r.t., 15 minです。

通常の実験スケールだと酵素過剰になって失敗することが多いので注意です。5 ug以下のDNA量なら通常1 unitもあれば十分です(キットを使うと少量のDNAには酵素が多すぎる場合がある)。DNA量に対して酵素量が多い場合は反応時間はもっと短くていいかもしれません。
Taq polなどと違って、dNTPの濃度は高すぎても問題ないと思います。
ただ、上記の濃度は上記の反応条件の場合ならということで、たとえば反応時間を延ばしたりすると、dNTPがどんどんdNMPに分解されて濃度が下がってきて、削れこみ反応がおこりやすくなる可能性はあります。

>1個人の、1研究室の意見より、メーカーの答えは遥かに信用出来ると思われるんですけどねえ。。

>>これは、いろいろな成書の記載や、経験上からも非常に疑問がある見解だと思います。

と書いたように、決して一個人の意見というのではなく、数々の成書や参考文献から学び、実際にやってみてきたことです。

メーカーの情報も役立ちますが、ちゃんと根拠になる文献がトレースできる実験書(たとえばMolecular Cloning)をそばに置いておくことをおすすめします。

先にも書いたように、Klenowに一塩基付加の活性があるという文献はあります。しかし、だからbluntingにはKenowよりT4 polのほうが優れているということを実際比べてみているわけでもないし、結論わけでもないです。なのにメーカーがそういうことを言っているというのがうさんくさいと思うわけで。

まあ用途(polish活性も必要かなど)と用法が間違っていなければどちらを使ってもちゃんと出来るんですけれど。Klenowがfirst choiceになっている成書が多いのはどうしてかという質問に答えるなら、前期のような回答になります。

>↑これですが、失活させるには激しいボルテックスを行う、と説明書にありますが、

説明書にあるならそれでもいいのでしょうけれど、あまり一般的とは言えませんね。フェノールをぶち込んで反応を止めろというのは確かTakaraのkitがそうなっていたと思います。加熱(70℃前後)で...続きを読む

Q肩にMRI

3月の事だったと思われますが3回目の膝をやってからMRIを今度こそ撮らねばと強く思いました
そして3月に決行したのですが一番安いところでしょうと思い問い合わせをしている中でふと肩の事がかすめたので膝にMRIなら肩にMRIでわ?と思いついでに聞いたところ『肩にMRIする人なんて聞いたことないです』と普通は、しないよって感じで言われてしまいました
以前肩のレントゲンを撮ったのですがわからなかったのでMRIを撮ればと思ったのですが
おかしい人のレッテルを貼られた感じです
肩にMRIを撮るのは、おかしいですか?
レントゲンで写らないならMRIでわ?
無知なので教えてください

Aベストアンサー

>肩にMRIを撮るのは、おかしいですか?

いいえおかしくありませんよ。例えば腱板損傷と言われるものでは、MRIが非常に有効な診断ツールになります。他には超音波なども使うことがあります。


ご参考になれば幸いです。

Q遺伝子とDNAの違い、遺伝子の数え方

・DNAとは物質のことで、ヌクレオチドの鎖から成り、二重螺旋になっている。
・遺伝子とは、DNAの鎖が持っている「遺伝情報」のこと。
・DNAの鎖の中で遺伝情報を持っているのは一部だけである。
ということだと理解しているですが、間違いないでしょうか?

一方、ヒトの遺伝子は約3万個であると言われますが、これはどのように数えているのでしょうか?
ヌクレオチドやコドンでしたら数えられるのはわかるのですが、遺伝情報の個数とは?遺伝子の個数とは何を意味するのか、教えていただけますでしょうか。

Aベストアンサー

理解されている内容はそれで良いのではないかと思います。

遺伝子の数え方についてですが、遺伝子とは「意味のある塩基配列」のことです。
例えば1000塩基対のDNA鎖の中に「意味のある塩基配列」が2個あれば、その中に遺伝子は2個含まれていることになります。
ヒトには約31億塩基対あるらしいですが、その中に「意味のある塩基配列」が約3万個あるということとなります。


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