PCRのバンド

PCR法によって得られたDNA断片を電気泳動させたところ、短い方のバンドよりも長い方のバンドのほうが薄かったのですが、これは何故なのでしょうか。
普通、長いほうが濃くなりそうな気がするのですが。

No.3 回答者： MIYD 回答日時： 2006/11/16 00:12

増幅効率の話は既に書かれているので、他のことでも

PCRのテンプレートについて書いていませんが、
テンプレート中に含まれる長い方のバンドのコピー数が少ない場合でもこの減少は起こりえます。

電気泳動の方法についても書いていませんが、
EtBrで先染めの場合、移動度が早い短いフラグメントがEtBrと結合しながら進みますので、
後から流れる長いバンドは結合するEtBrが少ないために薄く見えます。

No.2 回答者： happy-engawa 回答日時： 2006/11/15 21:51

　ＤＮＡ断片の数が同じなら、当然長いほうのバンドが濃くなります。

multiplexなＰＣＲの場合、長い断片に比べて短い断片の方が増幅効率が高いので、短い断片がたくさん出来るために、バンドが濃くなることが多いと思います。
　プラスミドを制限酵素で切って、長い断片と短い断片が一つずつ出来る場合は、必ず長いほうのバンドが長くなります。

No.1 回答者： noname#160718 回答日時： 2006/11/15 19:41

　バンドの長短(正確にはＰＣＲ産物のサイズの大小)と、バンドの濃さ(ＰＣＲ産物の量)の間には、特に関係はありません。

　ＰＣＲ産物の量は、そのプライマーと反応条件で、どの産物が最も反応したか、ということです。
　プライマーとアニール位置とのマッチングもありますし、ＴＭ値と実際のアニール温度との関係もありますし、どちらの産物がより増えるか、というのは産物サイズとは無関係です。