3´側の配列を知るには

poly(A)のないRNAウイルスの3´側の末端の配列を見るにはどうしたらよいのでしょうか？未知の場合、どうするのかと疑問に思いました。

No.1 ベストアンサー 回答者： cilantro 回答日時： 2007/04/04 20:26

もっと効果的な方法があるのかもしれませんが、私が思いつくのはこのような感じです。

RNAにpoly(A)を付加する酵素やキットが販売されていますので、それでpoly(A)tailを付けてから、oligo dTプライマーで逆転写→3'-RACEを行えばよいのではないでしょうか？

3'側のみの質問ですのでおそらくRACEについては説明不要と思い、割愛いたしますが、詳細はMolecular Cloning等の一般的な教科書に載っています。

この回答へのお礼

ありがとうございます。
キットがあることを知らず、今調べてみました。
もしかして、cap構造も付加できるキットがあるのでしょうか。
知識がなく、末端の配列を知るにはどうしたらよいのか途方にくれていました。

お礼日時：2007/04/04 22:25

No.2 回答者： cilantro 回答日時： 2007/04/04 23:14

capを付加するキットは聞いたことがありませんが、5'末端の配列は原理的には5'-RACEで全長解読可能なので、末端配列解析の目的では不要でしょうね。

RACEに関しても各社からキットが販売されており、メーカーによっていろいろと工夫があります。
カタログやメーカーホームページで一度詳細をご覧になるとよくわかるかもしれません。

検索すれば、参考URLのものを含め、色々なプロトコルが見つかると思います。

参考URL：http://www.natureasia.com/japan/naturemethods/po …

この回答へのお礼

早速見ました。
キットは便利ですが高いのですね・・・

お礼遅くなりましたが、ありがとうございました！

お礼日時：2007/04/05 17:40