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範囲指定後にAnalyze>Measureで表示されるMean Gray Valueというのが指定された範囲内のシグナル強度の平均値だったと思います。
RGB画像ならImage>Type>RGB StackとやればRGBそれぞれの強度も出せるはず。ImageJのマニュアルを日本語化して下さっているサイトを載せておきますので、調べてみて下さい。
参考URL:http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/imageJ …
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