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光学顕微鏡は一般的には、標本の下から光を当てて、透過してきた光を見ます。
標本を通る間に光が標本で吸収されるわけです。
しかし、透明なものというのは、吸収される度合いが少ないわけです。
# ですから、顕微鏡標本では見やすくするのに染色という作業を行うこと
# が多いのです。
そうすると、強い光だと、ほとんど吸収されていないので、回りを通ってきた光との差が少なく、見えにくくなります。この時に、絞りを絞って、光の量を減らすと、元の光に対する吸収される光の割合が相対的に大きくなりますよね。
そうすると見やすくなる、つまりコントラストがつく(強くなる)ということです。
実際に病院などで、尿などの中に浮いてる細胞などを見ると、強い光ではとても見ににくく、目が疲れるし見落としもでてしまいます。
また、焦点深度ですが、顕微鏡といえどもレンズの組み合わせですよね。
ぴったりピントの合う距離というものがあります。(被写界深度といったかな)細かいものを見るのに工夫された顕微鏡ですから、この範囲も非常に狭く、ほんの1/10mm程度動かしただけでぼけちゃいます。
この範囲も光が弱いと多少ぼけていてもコントラストが強調されるので、少しだけですが、見える範囲が広がります。カメラの絞りと全く同じ原理です。
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