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大気圧は気圧計で測ることができますけど、シリンダー内部の圧力は直接には測れません。
シリンダー内に圧力計が入っているわけではないからです。内部の圧力と大気圧を一緒にするのは、シリンダー内の圧力をシリンダー外に設置した気圧計で間接的に測るためです。というのが教科書的な解説ですが。実際に実験するときには、それほど神経質に水面の高さを一致させなくても大丈夫です。
水深10メートルで水圧がほぼ1atmになる、という話は聞いたことがあると思います。10mで1atmということは、シリンダー内外の水面の高さがたとえ10cm違っていたとしても、シリンダー内外の圧力は0.01atmしか違わないということになります。大気圧がほぼ1atmですから、水面の差が10cmとしても圧力の相対誤差は1%で、それから計算される分子量の相対誤差も1%です。ということで、実際の実験では、水面の高さが数cmくらい違っていても問題はないでしょう。
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