ＣＯ２発生方法について

イースト菌を使った発酵式と比べて、重曹とクエン酸をペットボトルに詰めての二酸化炭素発生方はどちらの方が圧が得られるのでしょうか？

単純比較は出来ません。
重曹とクエン酸による炭酸ガス発生反応は短時間反応、イースト菌発酵は、長時間反応です。

> イースト発酵方は圧が弱くて困っています。

シャンパンの炭酸ガス圧力は、イースト発酵だけによるもの。
シャンパンボトルはガス圧が高いため、一般のワインボトルよりもガラスが厚く作られています。
水槽での利用で、イースト発酵方式のガス圧が弱いことはありません。
多分、質問者様が、なにか間違っているのでしょう。
もう一度、最初から発酵方法をチェックしたほうが良いのでは。。。
・糖の量
・ドライイーストの種類や量
・温度
・容器密閉度
・途中のガス漏れ

No.1です。

イースト（酵母）菌の好適繁殖温度は、ちょうど熱帯魚の飼育温度と同様の２５℃～３０℃です。
４５℃は、ケフィアやヨーグルトなどの「乳酸菌」の発酵温度です。
４５℃では、大半のイースト菌が死滅しているハズです。（もったいない・・・）
vhbtbh様ご推察の通り、４５℃はイースト（酵母）菌には少し高すぎます。