PCRの増幅効率について

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質問者：borumon
質問日時：2001/10/22 16:33
回答数：1件

PCR反応では20サイクル行えば、理論的には2の20乗に増幅されるはずだが、実際にはどれくらいまで増幅されているのでしょうか？

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回答 (1件)

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No.1

回答者： yutaka007
回答日時：2001/10/23 09:03

反応系よって異なると思います。

例えば、templateが過剰にある場合、基質や酵素が少ない場合、酵素の反応速度ににあったextension timeで無い場合、反応液にtemplateやprimerから持ち込みの阻害物質がある場合、template内に強固な二次構造がある場合、プライマーが正しく設計されていない場合、等です。実際の実験では、定量PCRの場合以外には、それほど厳密には実験をデザイン、コントロールしないので、上のような状況があるのでは無いかと考えられます。

また、実験者のピペッティングの差によっても同じ実験でも誤差が生じることは良く知られています。

とはいうものの、非常に良くデザインされ、制御された実験の場合、理論値に近い値が得られるようです（業者のパンフレットにはそうあります）。

御自分の系での実際の値が知りたければリアルタイムPCRで定量されては如何でしょうか。

この回答への補足

御返答ありがとうございます。リアルタイムPCRが私のラボにはないので、yutaka007さんがもしリアルタイムPCRで行った結果があれば教えて頂きたいのですが、いかがでしょうか？

補足日時：2001/10/25 17:16

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簡単に書き込ませていただきます。

＞TcellがMHCを認識する事は、ウイルスや細菌を殺す上で必要であると思うのですが、

この文章は正確ではありませんし、おそらくここに質問者さんの誤解があると思います。

正確に書くとすると
TcellがMHCと、それが提示したタンパク質を認識する事は、ウイルスや細菌に感染した細胞を殺す上で必要である、です。

http://hobab.fc2web.com/sub4-MHC.html
ここを参照されるとわかるかと思います。
難しかったらすみません。

まず、ヒトでの話を致しますが、
MHCとはほとんどすべての体細胞の細胞表面にある分子です。
よって、ウイルスや細菌にはありません。

ウイルスや細菌を直接認識するのにMHCは関与していません。
ここで重要なのは「直接」では無いということです。

できるだけ簡単に書き込みたいと思います。

ヒトの体の中は、常に自分とは違うモノが侵入していないか免疫系が監視しています。
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その証明書が、MHCタンパク質に乗せられた自分の体のタンパク質です。ここで重要なのが、MHCだけではなく、「MHCタンパク質に乗せられた自分の体のタンパク質」の複合体であるということです。
参照のところでは、緑色の棒と赤色の抗原で示されています。

MHCがワイングラス、自分の体のタンパク質がその中に入っているワインとして想像されるといいと思います。

免疫細胞は、MHCと抗原の１つだけでは確認することができません。
２つの組み合わせではじめて確認することができるのです。
そうやって、「自分ではないもの」を認識、そして排除しているのです。

さて、ウイルスや細菌が感染した細胞は、自分の細胞であったとしても有害です。排除しなくてはいけません。
そのような感染した細胞内では、ウイルスや細菌のタンパク質が存在します。そのウイルスなどのタンパク質もMHCと結合して細胞表面に出てきます。
それを免疫細胞は確認して、自分の細胞ではないと判断して排除する訳です。

＞宿主のTcellが臓器のMHCを認識する事は何が問題なのでしょうか？
これまでの書き込みが回答になっているかどうかわかりませんが、
常に自分の中に異物が無いかを見回るというのが重要であるので、上記のような仕組みで異物を確認する為に重要な機構であるということです。

＞ウイルスや細菌を殺す上で必要
これはMHCが直接関与していません。
http://www.jst.go.jp/pr/report/report334/
これが参照ですが、難しいかもしれません。

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