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EtBrは蛍光性を持っている、つまり吸収波長(この場合、紫外線)で励起してやると、放射波長(この場合、赤燈色)の光を発する、というところは説明はいらないでしょう。
EtBrは、平面的、板状の分子構造をもち、ここがDNAの塩基対のはしご段の間あいだにちょうどはまりこむ(intercalate)性質があります。このため、DNAはEtBrで染まります。
EtBrで染めたDNAを見るの使う紫外線の波長は主に2種類あります。
長波長紫外線(302 nm, 366 nm)は、EtBrそのものの吸収波長です。これはDNAにintercalateしていないフリーのEtBrも励起しますので、ゲルなどを見るとDNAの無いところもかなり光ります。それでもDNAが区別できるのは、一つにはDNAにEtBrが集積していること、もう一つはEtBrの蛍光性は周りの水分子によって減衰されるのに対し、DNAにintercalateしたものは減衰しにくいからです。
それに対し、短波長紫外線(260 nm前後)はDNAの吸収波長です。この波長ではフリーのEtBrはほとんど光りません。しかし、DNAにintercalateしたEtBrには、DNAが励起されたエネルギーが転移されるため光ります。
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