ある近縁種の相同遺伝子をスクリーニングしたのですが
アミノ酸どころか塩基まで全く同じ配列が得られました。

最初は近縁種がコンタミしたものと思い試薬を新たにつくり直し
チップもエアロゾル防止フィルターの付いたものを用いて再度
行った結果、やはり同じものが得られました。

それでもやはりコンタミと考えるべきなのでしょうか?

A 回答 (2件)

確かに特別なチップなどを使用し、再実験もされたのに同じ配列が出てきたのならば、akiyamaharukaさんのおっしゃる通り、一部配列が一致した正しい物を取っている可能性はあると思います。

事実僕も最近マウスでクローニングした遺伝子を取るとき、ヒトの配列の適当な部分のprimerを作成して釣ってきた位ですから。ただし、自分に問題がなくても例えばprimerを他の研究機関からもらった場合、コンタミしている場合があります。その辺も考えてみられてはいかがでしょう?
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最初に厳しいことを一言。

遺伝研の関係者さんなのですよね。恵まれた環境にいらっしゃるのですから、今回のようなことにならないような実験系(試薬の取り扱いを含めて)組みましょう。当たり前のことです。どこかで間違いが分かる実験ばかりではありません。常に確実な操作をすることが大事です。そういう私も同様なことでよくしばかれました。

近縁種がコンタミとありますが、コンタミするような環境なのでしょうか?菌が浮遊して試薬に混ざるようなものですか?それともコンタミしたといわれる遺伝子をお持ちなのですか?
遺伝子をどこからつられているか分かりませんがライブラリー自体を汚染している可能性はないのですよね?
月並みなことですが、確実に二つが独立であるというレベルまでもどり実験するしかないと思います。試薬の作り直しで十分なのですか?今の段階で確実にそうであると言えるなら結果は真実のはずです。その実験がすべて正しいというジャッジはnoribouさんしかできないのですよ。

私の経験では、部分配列ならマウスと人で全く同じ事がありました。プライマーを作製しようとしたら同じ物が使えたのです。プライマーですので25mer程度でしたけど。いま一致されたものは全長なのですか?それとも一部ですか?保存領域ですか?長さは?マンマルでの経験ですが保存領域ならば塩基レベルで保存されていたこともあります。さすがに保存領域すべて一致の記憶はないですが塩基で数百程度で数個しか違わないというものに出会ったことがあります。全長でなく一部のお話ならありえると思います。

その遺伝子は他の物でもとられていますか?とられているならそのホモロジーは高いのですか?決定的なことはいえませんが考えるヒントになるはずです。随分はなれているものでもホモロジーが高いなら可能性はたかくなりますよね。

専門ではないのでもし的外れな解答でしたら申し訳ありません。
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多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
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