未知試料を質量分析して得た分子量から、分子名を検索したいのですが,その検索方法を教えていただきたく存じます。また、有用なサイトまたは参考文献をお知りでしたら、よろしくお願いいたします。

A 回答 (3件)

とりあえず役に立つかどうかいってみてください。



参考URL:http://www.aist.go.jp/RIODB/SDBS/sdbs/owa/sdbs_s …
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この回答へのお礼

ありがとうございました。とても、有用なサイトだと思います。

お礼日時:2001/06/01 10:45

直接的な回答ではありませんが、タンパク解析に関しては以下の参考URLサイトは参考になりますでしょうか?


「飛行時間型質量分析計」
さらに
http://www.shujunsha.co.jp/ptan1/ptan1-11.html#p …
(質量分析による組換えタンパク質の一次構造解析)
http://chem2.chem.nagoya-u.ac.jp/mass/program(48).htm
(第48回質量分析総合討論会(2000) )

これら以外外にもネットで「タンパク 質量分析」等で検索すれば沢山Hitします。

あるいはデータベースで総説を検索された方が速いと思います。

ご参考まで。

参考URL:http://wwwsoc.nacsis.ac.jp/mass/Japanese/Branch/ …
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この回答へのお礼

ありがとうございました。

お礼日時:2001/06/01 10:46

すみませんが,測定されているのは何でしょうか。



低分子有機化合物?
ペプチド?
脂質?
多糖?
・・・

これによってサイトなどは変わってくると思います。お名前から推定すると高分子量化合物のようですが。

この回答への補足

実際は全ての領域といいたいのですが、マトリックスの種類にも依存しますし,MWが1000以下の低分子(脂質、糖類など全てです)、10000までのペプチド、10000以上のタンパク質の3領域で考えております。例えば,タンパク質については、フラグメントにしてMS-Fitなどのサイトで同定が可能なのですが、このような方法に加えて同定できなくても構いませんので、親ピークの分子量にはどのような分子名が考えられるかが知りたいのです。分子量567が検出されたとしますと、567をもつ分子にはどんなものが考えられるかが知りたいのです。非常に広範囲な質問となってしまいますが。

補足日時:2001/05/19 01:16
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Qマイクロ(μ)の文字を半角で出すには?

マイクログラム  μg  とか
マイクロリットル μL
の表記をするときに、マイクロの文字を半角で出す良い方法はありませんか?
(上の表記は全角で打っています)
半角のmをsymbolフォントにするととりあえず表示できるのですが、パソコンを変えると表示できなかったり(白い四角になってしまう)mにもどってミリと間違えたりして使いにくいのです。
みなさんどうされていますか?

Aベストアンサー

半角(1バイト)で表そうと思ったら,やはりフォントに依存せざるを得ません。
論文投稿というのは,プリントアウトしたものを投稿するのでしょうか。
であれば,Wordなどフォントが指定できるアプリケーションで,フォントをTimes New Roman Greekなどギリシャ文字を含むものに設定して,Altキーを押しっぱなしにしながら,テンキーで0236と打つと出ます。
(もちろん,symbolフォントのmでも出ます。)
テキストファイルによる投稿が求められ,かつ日本語や英語とμの文字とが混在するのであれば,いっそのことTeXを使うという方法もありますね(投稿規定に許されていれば)。

ホームページでも,自分が作るページなどでフォントの指定ができるのなら,同様の方法が使えます。
ここ(教えて!Goo/OKWeb)や一般の掲示板などでは,フォント指定はできませんので,全角(JISの2バイト文字)のμを使うのが無難でしょう。

QSn1反応とSn2反応の違い

Sn1反応およびSn2反応になる条件について調べています。調べたところ両者には以下のような条件の違いがありました。

*Sn1反応*
[中間体]・・・・・3級>2級>1級>メチル
[反応条件]・・・・中性~酸性
[試薬の求核性]・・重要でない

*Sn2反応*
[中間体]・・・・・メチル>1級>2級>3級
[反応条件]・・・・中性~塩基性
[試薬の求核性]・・重要

中間体による違いは、カルボカチオンの超共役効果や立体障害に依存するのだと思います。しかし反応条件や試薬の求核性がどのようにSn1反応とSn2反応に関係するのかが分かりません。例えば、「なぜSn1反応は中性~酸性条件で進行するのか」といったようなことです。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

 既にある回答と一部重複するかもしれませんが,全く新たな回答として書かせていただきます。

 まず最初に,求核置換反応(Sn 反応)の機構は Sn1 か Sn2 かのどちらかしかありません。時に「Sn1 と Sn2 の中間の機構」とか「Sn1 と Sn2 が混ざった機構」と言われる事がありますが,これは Sn1 と Sn2 並行して起こっているという事(ある分子は Sn1 反応をし,別の分子は Sn2 反応をしているという状態)であって,個々の分子を見ればどちらか一方です。

 結果,Sn1 反応になるか Sn2 反応になるかは,どちらの反応の律速段階の反応速度が速いかで決ります。律速段階の反応速度が速い方の機構を通って反応が進行するわけです。

 さて,Sn1 反応の律速段階は御存知の様にカルボカチオンが生じる段階です。つまり,カルボカチオンができ易い程 Sn1 反応は速くなります。一方,Sn2 反応では反応中心の炭素が5つの結合を持った状態が遷移状態ですので,この状態ができ易いもの程反応が速くなります。

 まず,お書きの『中間体』についてです。カルボカチオンの安定性が「3級>2級>1級>メチル」の順であるのは御存知ですよね。これは付いているアルキル基の電子供与性効果と超共役による安定化がこの順で大きいからです。逆にこの順で立体障害が大きくなり,求核剤の接近は困難になります。つまり,「3級>2級>1級>メチル」の順で Sn1 反応の速度は速くなり,Sn2 反応の速度は遅くなります。結果,反応機構が Sn1 → Sn2 にシフトします。

 次に,『試薬の求核性』です。上記した様に Sn1 反応の律速段階はカルボカチオンができる段階であり,求核試薬はこの段階には関与しません。そのため,試薬の求核性は Sn1 反応にはあまり影響しません(重要でない)。一方,Sn2 反応では遷移状態の形成に求核試薬が関与しますので,遷移状態が出来やすい(試薬の求核性が高い)程反応は速くなります(試薬の求核性が重要)。結果,試薬の求核性が高い程 Sn2 反応で進行しやすくなります。

 最後に問題の『反応条件』です。何度も繰り返しになりますが,Sn1 反応の律速段階はカルボカチオンが出来る段階です。この過程では脱離基が抜けてカルボカチオンが生じると同時に,脱離基はアニオンになります。結果,このアニオンを安定化する条件(つまり,酸性もしくは中性)の方が Sn1 反応が進みやすくなります。逆に Sn2 反応は,求核試薬が剥出しの状態になる塩基性の方が攻撃性が高まり反応が速くなります(塩基でもある求核試薬を酸性条件下に置くと酸と反応してしまいます)。結果,塩基性から酸性になるに連れて,反応機構は Sn2 → Sn1 にシフトします。

 ざっとこんな感じですが,要点だけ纏めると,「カルボカチオンができ易い,脱離基が脱離し易い」条件は Sn1 に有利ですし,「アニオンができ易い,求核試薬が攻撃し易い」条件は Sn2 反応に有利です。そして,「求核置換反応の機構は Sn1 か Sn2 のどちらか」ですので,反応が起こらない場合は別にして,Sn1 反応が起こり難くなると Sn2 機構で,Sn2 反応が起こり難くなると Sn1 機構で反応が起こります。

 既にある回答と一部重複するかもしれませんが,全く新たな回答として書かせていただきます。

 まず最初に,求核置換反応(Sn 反応)の機構は Sn1 か Sn2 かのどちらかしかありません。時に「Sn1 と Sn2 の中間の機構」とか「Sn1 と Sn2 が混ざった機構」と言われる事がありますが,これは Sn1 と Sn2 並行して起こっているという事(ある分子は Sn1 反応をし,別の分子は Sn2 反応をしているという状態)であって,個々の分子を見ればどちらか一方です。

 結果,Sn1 反応になるか Sn2 反応になるかは,...続きを読む

Qトルエンと水の混合溶液の沸点が下がるのはなぜですか?

普通混合物の沸点は、純粋な物質に比べてあがりますよね?ですが、トルエンと水の混合溶液の沸点は下がるそうです。どなたかこの理由が分かる方はおられませんか?よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

水とトルエンの共沸のお話ですね。
共沸について以前回答したことがあるので、それを転載させて戴きます(但し、一部変更)
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1662272

   ~~~~~~~~~~~~~~

「沸騰」は、「その液体の蒸気圧が、まわりの圧力(大気圧など)よりも大きくなることで、液体の表面以外からも気体になる現象」です。

つまり、大気圧下での水の場合、100℃では1気圧を超えるため沸騰し、それより低温では1気圧に満たないので蒸発しかしない、ということになります。
(蒸気圧が0だと、蒸発もしないことになります)

一方、水以外の液体も、水と同様に蒸気圧を持っています。
その液体が水と混和した場合、その混合液は「水の蒸気圧」と「もう一方の液体の蒸気圧」を持つことになります。

ここで、仮に90℃において、水の蒸気圧が0.9気圧、もう一方の液体(A)の蒸気圧が0.1気圧だったとします。
すると、両方の合計は1気圧となるため、この混合液は「水:液体(A)=9:1」の比率の混合気体として沸騰することが可能になるのです。

このように、一般的な「共沸」では「混合液体のそれぞれの蒸気圧の和(合計)が周りの圧力を上回った」場合に起こる現象なので、それぞれの沸点よりも低い温度に「共沸点」を持つことになります。

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E8%92%B8%E7%95%99

水とトルエンの共沸のお話ですね。
共沸について以前回答したことがあるので、それを転載させて戴きます(但し、一部変更)
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=1662272

   ~~~~~~~~~~~~~~

「沸騰」は、「その液体の蒸気圧が、まわりの圧力(大気圧など)よりも大きくなることで、液体の表面以外からも気体になる現象」です。

つまり、大気圧下での水の場合、100℃では1気圧を超えるため沸騰し、それより低温では1気圧に満たないので蒸発しかしない、ということになります。
(蒸気...続きを読む

Q蛋白の分子量(kDa)を調べる方法

かなり低レベルな質問なのですが、、、、
分からなくて困っています
約750個のアミノ酸からなる蛋白の分子量を知りたいのですが、どうやって調べたらいいのでしょうか?
よろしくお願いします

Aベストアンサー

アミノ酸配列データがあるなら、計算してくれるソフトウェアがあります。市販の遺伝子解析ソフトウェアには必ずついている機能ですが、ウェブ上でできるサイトもあります。たとえば

http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html

実験的に調べるなら、SDS-PAGE、ゲルカラムクロマトグラフィ、TOF-MASSなど、材料や精度に応じていろいろ方法があります。

QNMRを論文に載せる一般的な表記方法

よろしくお願いします。

今回お聞きしたいのは、NMRの載せ方です。
私の研究チームの代々の載せ方は
たとえば
1-1-1に出発物質の数値のみ。
1-1-2に次の生成物の数値のみ。

1-2-1に出発物質のグラフを載せる。
1-2-2に次の生成物のグラフを載せる。
という感じにしています。
具体的に数値とは、δ=6(2H,d,J(イタリック)=2.0Hz)といったようにです。
そして、グラフとはいわゆるチャートです。

その場合前者はなんというのでしょうか?
NMR DATAですか?NMR ケミカルシフトですか???
また、後者は一緒でdataなのでしょうか?それともNMRチャートというのでしょうか?

これは1-1 NMRデータと書くべきか、1-1 NMRケミカルシフトと書くべきか。
そして、1-2 NMRチャートと書くべきか、NMRデータと書くべきか。
悩んでます。

先輩たちも結構適当らしく、一貫性にかけていますし、先輩数が少ないこともあり、あまり参考にできるほどありません。ようは、この表記方法は少ないからやめておこう。これは多いからまねようということができないのです。

どなたかお詳しいかたよろしくお願いいたします。

よろしくお願いします。

今回お聞きしたいのは、NMRの載せ方です。
私の研究チームの代々の載せ方は
たとえば
1-1-1に出発物質の数値のみ。
1-1-2に次の生成物の数値のみ。

1-2-1に出発物質のグラフを載せる。
1-2-2に次の生成物のグラフを載せる。
という感じにしています。
具体的に数値とは、δ=6(2H,d,J(イタリック)=2.0Hz)といったようにです。
そして、グラフとはいわゆるチャートです。

その場合前者はなんというのでしょうか?
NMR DATAですか?NMR ケミカルシフトですか???
ま...続きを読む

Aベストアンサー

補足です。
一般的には図のことを「NMR spectrum」と呼ぶようです。
数値の方は、論文では「NMR (CDCl3) δ ・・」のように書いてしまいますが、呼称としては「NMR data」で良いと思います。

ちなみに、我々は「NMRを測定する」とか、「これのスペクトル(図のこと)見せて」とか、「NMRデータ(数値のこと)をまとめといて」という言い方をします。・・・本論とは関係ないですが。

Q定性分析と定量分析の違い

定性分析は与えられた物質がどのような元素郡を含むか(何が含まれているか)を知るのが目的であるのに対し、定量分析は与えられた物質に目的の成分がどれだけ含まれているかを知るのが目的ですよね?

では、それ(目的)以外で定性分析と定量分析の違いってありますか?
例えば、必要とされる条件とか。何でも良いですのでおしえてください!

Aベストアンサー

「定性分析の方が難しい」とは限りません。それは「何を指して」定性分析と
呼ぶか(採用する分析手法・装置も含め)の違いによります。

「元素分析」を例に取ると、原子吸光光度計による「定性分析」は、特定の
元素対応のホローカソードランプを取っ替え引っ替えしないといけませんから、
大変です。しかし、ICP発光やICP-MSでは全く事情が異なります。ICPでは
(感度は別にして)ほとんど全ての元素を一度に分析できます。この場合、
"定性分析"として検出可能な濃度下限は「検出下限」と呼ばれます。
これに対し、「その元素がどれだけの量含まれているか」の定量分析が
できる濃度下限は「定量下限」と呼ばれます。通常、

  定量下限>検出下限

です。このため、一般に"定量分析"の方が濃度的に大きなものを必要とする
ので、ある対象について、

  定性分析はできても、定量分析はできない

ということが起こります(当然"ある濃度以下である"ということは言えますが)。
もちろん、再現性などの観点でも、定量分析の方が要求されるものが多く
なります。

「定性分析の方が難しい」とは限りません。それは「何を指して」定性分析と
呼ぶか(採用する分析手法・装置も含め)の違いによります。

「元素分析」を例に取ると、原子吸光光度計による「定性分析」は、特定の
元素対応のホローカソードランプを取っ替え引っ替えしないといけませんから、
大変です。しかし、ICP発光やICP-MSでは全く事情が異なります。ICPでは
(感度は別にして)ほとんど全ての元素を一度に分析できます。この場合、
"定性分析"として検出可能な濃度下限は「検出下限」と呼ばれます。
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Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

Q精密質量について

こんにちは。
お聞きしたいことがあるので
質問しました。

私は仕事でLC-MSを使うことになったのですが、
『精密質量』というものがよく理解できません。

参考書も読んだのですが、
難しくてサッパリでした。

専門家の方で、
良くご存じの方がいらっしゃいましたら、
中学生にも理解できるように
簡単にご教授願えませんか?

どうぞ、
よろしくお願いします!

Aベストアンサー

おはようございます。
元素には安定同位体の分布があります。
例えば炭素Cですと質量数と自然存在比率が、
12C:12.000 000 0(0)、98.93(8)%
13C:13.003 345 8378、1.07(8)%
の混合物が自然にある炭素です。
高分解能MSをとると当然この小数点以下の部分が同じ原子量1の差でも元素によって違うので、様々なピークが出てきます。
例えば酸素の例も挙げると、
16O:15.994 914 63(5)、99.757%
17O:16.999 131 2(4)、0.038(1)%
18O:17.999 160 3(9)、0.205(14)%
になっています。
だから一酸化炭素には、
12C16O:27.994 914
12C17O:28.999 131
12C18O:29.999 160
13C16O:28.998 260
13C17O:30.002 477
13C18O:31.002 506
の六種類があるのです、というより「無くてはおかしいのです」
この小さな差で、「元素分析」を行うことができます。
例えば窒素の場合、
14N:14.003 074 005 2(9)、99.632(7)%
15N:15.000 108 898 4(9)、0.368(7)%
なので、
14N2:28.006 148
14N15N:29.003 183
15N2:30.000 218
になりますので、質量28、29、30の全てでCOとN2が異なります。
かなり複雑な分子イオン、分画イオン、分画ラジカルイオンの全てについてその質量が小数点以下六桁まで分かれば、その値から元素組成が推定可能です。

おはようございます。
元素には安定同位体の分布があります。
例えば炭素Cですと質量数と自然存在比率が、
12C:12.000 000 0(0)、98.93(8)%
13C:13.003 345 8378、1.07(8)%
の混合物が自然にある炭素です。
高分解能MSをとると当然この小数点以下の部分が同じ原子量1の差でも元素によって違うので、様々なピークが出てきます。
例えば酸素の例も挙げると、
16O:15.994 914 63(5)、99.757%
17O:16.999 131 2(4)、0.038(1)%
18O:17.999 160 3(9)、0.205(14)%
になっています。
だか...続きを読む


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