システム系のトラブルで困っています。

昨日PC起動中にBOOTMGR is missing. Press Ctrl+Alt+Del to restart. となりCtrl+Alt+Delを押しても進まなくなりました。
それで電源ボタンから切って起動したところ、また普通に使えるようになりました。（以前にも何度か同じ症状がありました。それも電源ボタンからで直りました。）
その2日前にwindowsのロゴから画面が真っ暗になり進まなくなって何度か電源ボタンから切って起動してやっと進んだと思ったら、デスクットプやマイドキュメントに設定してる内蔵HDD（Dドライブ）が使用できなくなりました。
これも焦ったのですが、再起動したら普通に使えるようになっていました。再起動後CrystalDiskInfoというハードディスクの性能診断ツールを使ってCドライブ、Dドライブをチェックしましたが、特にエラーもなく正常となっていました。
なので今は問題ないのですが、またいつ症状がおこるかと思うと怖いです。
これは何が原因なのでしょうか？
OS再インストールして直るならインストールするのですが、HDDが悪いのか何が悪いのかわかりませんのでどうしたらいいのかわかりません。
こういった場合はどうしたらいいのでしょうか？

PC
Prime Galleria GG Y01 （ドスパラ2008年購入）
【CPU】
INTEL Core 2 Duo E8400 BOX(3.00GHz/6M/1333M/45nm)
【マザーボード】
組込用 MSI P35NEO-F (775 ATX P35 DDR2)
【グラフィックカード】
組込用ALBATRON 9600GT(512M DDR3 DVIx2 PCIE2.0)
【電源S】
組込用SilentKing4 550W改w/S-ATA(LW-6550H-5)(60188
【ベアボーンキット】
組込用 YM-09 Middle(DexM,K,12cmF,CR_SDHC)(60189)

HDDはシステム系をSSDにしてあとは購入したときのHDD
SAMSUNG HD501LJ (SATA2 500GB 7200rpm 16MB)
をDドライブにして使用しています。
あと関係ないとは思いますが、だいぶ前にwindowsをvista32bitから7の64bitにしました。
本当に困っています。よろしくお願いします！

No.4 回答者： kteds 回答日時： 2013/02/21 15:03

No.2の補足です。

> ・・・立ち上げ時にはBOOTMGR is missingとでたことはないです。


私が確認したかったことは「HDDにシステムパーティションが有るのでは？」ということだったのでHDDを外して起動するとどうなるのかを確認したかったのですが、異なる意味の補足になっているようです。

> あとデスクトップやマイドキュメントをCドライブ以外にしたらまずいのですか？

よく理解した上で別ドライブにしているのなら問題はありません。

No.3 回答者： O-Gon 回答日時： 2013/02/21 12:46

>起動して動画等みてると急に電源が落ちて

これはファンにゴミがたまって、冷却できてない時に起こる症状ですけどねー。
SSDが壊れてるだけでは?

No.2 回答者： kteds 回答日時： 2013/02/21 11:01

> こういった場合はどうしたらいいのでしょうか？

まさか、とは思いますが、
いったん、内蔵HDDの電源を外した状態でPC起動すると
BIOS段階でBOOTMGR is missingと表示されたり、
win7が起動できなくなる、
というような環境のPCを作成している、
ということはありませんよね。

もしも上記が当てはまるようなPCならば、
No.1さんが指摘しているように、
ごく一般的な（普通の）PCに作成し直してください。
そうすれば問題は解消するはずです。

この回答への補足

すみません、そこまで詳しくないのでわからないのですが、立ち上げ時にはBOOTMGR is missingとでたことはないです。
起動して動画等みてると急に電源が落ちて勝手に再起動し画面にBOOTMGR is missingとでるのです。
あとデスクトップやマイドキュメントをCドライブ以外にしたらまずいのですか？
CドライブはSSDで容量が少ないので入らないのですが…

補足日時：2013/02/21 11:52

No.1 回答者： pasocom 回答日時： 2013/02/21 10:43

「システム系をSSDにして、購入したときのHDDをDドライブにして使用しています。

」
とのことですが、そのDドライブに「デスクットプやマイドキュメントが設定してる。」のですね。
すると、システム系全体がSSDにあるわけでもないのでHDDが不具合あれば、問題が生じる可能性もあるでしょう。
まず、「デスクットプやマイドキュメント」もCドライブに移動し、システムを完全にSSDにしてみて下さい。それでも不具合出るなら、少なくとも5年もののHDDが悪いのではないことがわかります。おそらくSSDのハード的不具合かOSの一部破損などでしょう。
ここまでわかったら、OS再インストール。それでもダメならハードの不具合ですね。
もともと32bitだったハードに64bitを入れているなら不安定な原因になるかもしれません。