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軽元素の蛍光X線の特性と検出器の特性のためだと思います。
エネルギー分散型は検出器にシリコン素子を用いており、接続されているプリアンプとともにこれを常に冷却するために真空のハウジングに収められています。
資料からのX線を取り込むために微小なスリットがこのハウジングにありますが、軽元素からの蛍光x線はエネルギーレベルが低い(長波長)ためこのスリットをうまく通過できないためのようです。
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