No.2ベストアンサー
- 回答日時:
普通にプラスミドとってくると、多少オープンサーキュラー(OC)になることがありますので、スーパーコイルしたままのものと2本のバンドが見えることはよくありますけど、それじゃないのですね?
あと、コンカテマーとよんでますが、プラスミドの2量体ができてしまうときもあります。ひどい(というかどうか知らないが)ときには、2量体どころか3量体、4量体・・とたくさんバンドが階段状に見えます。大昔、pTZを使っていた頃はコンカテマーすごかったです。ブルースクリプトに変えてからあまり見なくなりました。
2量体、3量体と書いてますが、繋がり方に二通りあります。二つのプラスミドが共有結合で、大きな1本のプラスミドになっているときと、鎖状につながっているときです。たぶん、鎖状です。というのは、ある配列をサブクローニングしたときのこと。あまりコンカテマーが出てひどいので、モノマーのところをゲルから回収し、それをそのまま大腸菌に入れて(つまり、ライゲーション操作してません)、プラスミドを回収したら、驚いたことに、もっとひどくなっていて、モノマーがほとんど見えなくなっていたことがあります。それで鎖状だろうと思っている次第です。
昔確かめた限りでは、コンカテマー2量体のアガロースでの電気泳動位置は(EtBrの入ってないゲルで)、モノマーのリラックス型(トポイソメラーゼをかけて作りました。OCと同じ位置に泳動されます(EtBr無しなら))とは少しずれてましたが、だいたい同じくらいの位置に来ました。早かったのか遅かったのかはもう覚えていません。プラスミドによって異なるだろうと思いますので、一般性は分かりませんが、OC近辺に出ていたら、OCそのものか2量体です。トポかけてみると上記のように区別がつくときもあります。
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