私、大学生やっているのですが、研究テーマとして、遺伝子の塩基配列をおんがくにすればどうかという研究を行っています。ただ今アイデアにつまっていまして
ただ闇雲にATGCの配列を音に変換しても意味無いわけで、なにか配列の特色に注目しようかなともかんがえています。
配列を視覚化する研究は行われていますが、聴覚化することでなにか新しいことが、みえるのではないかという目論見ですが、なにか良いアイデアをもっていらっしゃるかたがいらっしゃいましたら、ぜひヒントを頂きたいと思います。
ちなみに大野乾氏の著書も読んでみたのですが、あまりにも簡潔に触れられている程度なので情報量が少なく困っています。
論文などが存在していましたら、ぜひ教えてください。お願い致します。

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A 回答 (2件)

類似質問(QNo.40004 遺伝子配列に数字じゃなくものを試した科学者名)がありますので,そちらの回答も参考になるかと思います。



で,論文ですが,無料の文献デ-タベ-スの「PubMed」(参考 URL)で「Ohno S」や「DNA music」で検索するといくつかヒットします。御覧になってみてください。

参考URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/
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この回答へのお礼

「DNA music」で検索してなかったですね。なぜか見落としていました。結構、論文ありますね。こんなにあるとは!!!!盲点つきまくりの優良回答、ほんとうにありがとうございました。これで、研究の指針を見つけていきたいと思います。

お礼日時:2001/06/14 15:36

http://www.sonicfoundry.com/default_acidlaunch.asp
ここらへんにある波形編集ソフトでは、視覚化とか
モジュレーションとか色々できるんですが、そんなことはもうやってますね たぶん 笑 最近のソフトでは、ある音の波形を電話器のピポパポに変換するとかDNAが演奏するラベルのボレロはこんな曲だとかができると思うのですが
ルームシュミレーターとか、アコースティンクミラーという機能を使うと
それができます。サンプル音と目的の波形の比較演算処理は最近のソフトには
結構ついてますね。それに A=LFO T=OSC G=FILTER C=MODULATION というように
シンセサイザのパラメータを変化させたら、ものすごく変化のある波形が
できる気もするんですけど.......???
同時にリアルタイムで視覚的にレベルや位相を確認したいなら下記のソフトがお奨めです。体験版もあるみたいです。
キャリブレート機能もあるので、重宝してます。
素人なんで、参考情報として書きました。自信はゼロです 苦笑

参考URL:http://www.sekd.com/product_main/sonoscope_info. …
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この回答へのお礼

リアルタイムで視覚的に作業するできるのは便利ですね。試してみようと思います。どうもありがとうございました。

お礼日時:2001/06/14 15:33

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Q個人で、自分の脳を研究することは可能なのでしょうか? なにかMIRの簡易版のような器具は?

医学の発展の為の研究者にいずれなりたいと願い、将来はどこかの研究機関ででも働きたいと道を志し、
まずは、自分の脳を、研究したいと思った場合。

個人で、たとえば場所は自宅などででも、
自分の脳を研究することは、『なにか道具や機械や器具を医療メーカーなどから購入すればー・・・』可能なのでしょうか?

自分が己の脳について研究したいことは、たとえば、
己の脳の運動連合野にとどいている信号は、どのコラムを通って届いているか、などを『詳しく、詳しく』調べたりしたいのです。


ぜひ、こういう研究が可能になる器具や機械の『名前』を知りたいんですよね。
ご存知の方、詳しい方、どうか教えていただけますでしょうか?

もし、自宅でこのような研究が不可能な場合は、
『どの機関に出向けば、このようなことを研究してもらえるか』もできればで良いので向学のために知りたいのですが。

Aベストアンサー

大学で脳科学の授業を受けているものです。
MIRって、MRIのことですよね?あの手の装置は、一台数千万円とかするので、よほどのお金持ちで無い限り、無理です。
授業は、理化学研究所の脳科学総合研究センターで研究をされている方が、一人3講ぐらいで交代でそれぞれの研究されている内容をさらっと解説してくださるような感じなのですが。講義を聴いていると、どの研究者の方も、「実験台がほしい」的な感じはしましたよ。
誰にでもできる心理学実験なども重要なポイントで、研究者の方は人集めに苦労していらっしゃると思いますので、直接連絡をとってみてはいかがでしょうか?「xxという実験をyyで開催していて、自分がそれを指揮しているので応募してください」とか、そういうのがあるかもしれません。教授の方などは、大抵メールアドレス公開されていますし。
脳科学総合研究センターは、脳科学の基礎研究にちゃんとした資金を出す機関が少ない中、政府の資金をベースに活動していますので、信頼できる最先端の研究機関です。
http://www.brain.riken.go.jp/index_j.html

大学で脳科学の授業を受けているものです。
MIRって、MRIのことですよね?あの手の装置は、一台数千万円とかするので、よほどのお金持ちで無い限り、無理です。
授業は、理化学研究所の脳科学総合研究センターで研究をされている方が、一人3講ぐらいで交代でそれぞれの研究されている内容をさらっと解説してくださるような感じなのですが。講義を聴いていると、どの研究者の方も、「実験台がほしい」的な感じはしましたよ。
誰にでもできる心理学実験なども重要なポイントで、研究者の方は人集めに苦労してい...続きを読む

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

Q卒論で遺伝子配列とアミノ酸配列を表記したいのですが・・・

 今卒論を書いています。遺伝子配列とその下にアミノ酸配列を表示させたいのですが、ワードやパワーポイントではコドンの下にアミノ酸が正しい位置に表示してくれません。具体的にいうとDNAsisやgenetyxでthanslateした後それをワードなどで開いたり、コピーandペーストしたりしています。
 なにか正しい表示のさせかたを教えて下さい。

Aベストアンサー

こんにちは。
ズバリ、フォントの問題です。
プロポーショナルフォントで文字の間の間隔が変わってしまうために起きる問題です。配列を全て選択して、等幅タイプのフォントに変えてやってください。ぴったり来ると思いますよ。
 MACでしたら、MONACOかOSAKA等幅です。WINは分かりません。

Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

QShine-Dalgarno配列(S-D配列)って何?

 何もわかってません。一から教えてください。

Aベストアンサー

SD配列は、バクテリア特有の配列ですが、これはmRNAから蛋白を翻訳する際に重要な配列で、開始コドン(DNAではA-T-G)上流の3~15塩基の間に存在する、プリン塩基に富んだ配列(DNAでは-G-G-A-G-G-のような配列)を意味します。これは他の方もおっしゃっている通り、このmRNA上のSD配列の部分がリボゾームに結合し、もうすぐ翻訳開始コドンが現れますのでよろしく!!と挨拶するような配列です。
hiropi-さんは、DNA上にはSD配列が存在しないと言っておられますが、生物の情報はすべてDNA上にあるわけで、tRNAやrRNA等の蛋白情報ももちろんDNA上に存在するわけです。mRNAはまさにDNAの情報をそっくりそのまま転写したもの。したがって、すべての情報はDNA上にあるのでご注意下さい。
またDNAは2本鎖ですが、蛋白の情報を持つ鎖はどちらか一方です。mRNAの塩基配列が示されている場合は、DNA情報鎖はmRNAの鋳型になっているDNAの相補鎖に当たります。(ややこしい?)ですから、mRNAにおけるSD配列は、上記の例の配列の場合,
全く同じ-G-G-A-G-G-なのです。
一部には片方にある種の蛋白の情報を持ち、その相補鎖にその蛋白の合成を制御する蛋白の情報があったりします。まだまだ未知の部分の多い分野ですね。勉強しても追いつきません。

SD配列は、バクテリア特有の配列ですが、これはmRNAから蛋白を翻訳する際に重要な配列で、開始コドン(DNAではA-T-G)上流の3~15塩基の間に存在する、プリン塩基に富んだ配列(DNAでは-G-G-A-G-G-のような配列)を意味します。これは他の方もおっしゃっている通り、このmRNA上のSD配列の部分がリボゾームに結合し、もうすぐ翻訳開始コドンが現れますのでよろしく!!と挨拶するような配列です。
hiropi-さんは、DNA上にはSD配列が存在しないと言っておられますが、生物の情報はすべてDNA上にあるわけで、tRNAやrR...続きを読む


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