プラスミドの塩基配列を決定するまでは終わったのですが、その後の相同性検索などの塩基配列の解析ってどうやってするんでしょうか?詳しく教えてくださる方いらっしゃいませんでしょうか?

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A 回答 (2件)

 相同性検索はこちらでも可能です。

「国立遺伝学研究所」の「日本DNAデータバンク」です。

 「データベース検索」の「・相同性検索(FASTA/BLAST/SSEARCHなど)」をご利用下さい。「FASTA(長い配列の類似性を保っているものの検索)」,「BLAST(局所的に高い類似性を有するものの検索)」,「SSEARCH(Smith-Waterman algorithumを採用した検索)」が行なえます。

参考URL:http://www.ddbj.nig.ac.jp/Welcome-j.html
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こんにちは。


とりあえず以下URLのBLASTで検索をかけてみてはいかがでしょうか。Gene Bankに登録されている遺伝子との相同性検索を行うことができます。
何をおやりになりたいのか全然分かりませんが、実験の参考書やプロトコール集なども現在いろいろなものがでていますから、是非一冊購入されて勉強なさってはいかがでしょうか。なかなか、こういった場所だけのアドバイスで実験を進められるものではないとおもうのです。

参考URL:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
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Q塩基配列の解析(シークエンス解析)について

キャピラリーシークエンサーで、Dye Terminator法により塩基配列の解読をする場合、一倍体なら正確なデータが得られると思うのですが、二倍体でも解読は可能なのでしょうか?

Aベストアンサー

こんにちは。

シーケンス反応は比較的定量的ですので、例えば2倍体で片側のアレル(allele)がA、もう片側がCといったSNP(一塩基多型)も検出可能です。
ただし、各々の塩基がどちらのallele由来か判定することはできません。

添付したシーケンシングのパターンをご覧下さい。中央に位置するTとC(水色の背景)で、真ん中はT/Cが両方存在する「ヘテロ」、上下はTまたはCの「ホモ」になっているのが分かります。

シーケンス反応がきれいにいったときは10%程度含まれる別の塩基も読むことが可能です。

Q塩基配列の相同性の計算方法について

こんにちは。
いま、卒業研究でウイルスゲノムの塩基配列の相同性を比較するという作業をしています。
ウイルス20株間すべての相同性を出したいのです。
いまは、Genetyxで一つ一つ計算しているのですが、とても手間がかかります。
一度に、多数の株間の相同性を計算してくれるようなフリーソフトをご存じでしたら教えていただけませんか?
よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

clustalW (clustalX)などでマルチプルアライメントをとり、出力形式をdistance matrixなどにしておけば一発ですが・・・

いちばん簡単な方法を紹介します。
clustalXを準備してください。(web検索で探し出して、インストールしてください。英語ページですがインストール自体はめちゃくちゃ簡単なはずなので)
ウイルスゲノム(全長どのくらい?)を全てFASTAフォーマットでひとつのファイルにまとめてください。
まずはAlignmentをとり、Treesの作成でphylip distance matrixも出力するようチェックを入れておくと、作成されたファイルはタブ区切りの相違性になっているので、相同性%に直すのも楽でしょう。

簡単にウイルスゲノムの比較と行っても、ゲノム全体とゲノム全体を比較すればいいのか、連続的に似ているところをピックアップする必要があるのか、比較した後で特異的な検出用プライマーを作成したいのか・・・など考慮すべき点はいろいろあります。なんだかおもしろそうな研究ですので、計算する過程なども楽しんでください。
いちど指導教員の先生や大学院生に方針を確認した方がよいような気がします。

clustalW (clustalX)などでマルチプルアライメントをとり、出力形式をdistance matrixなどにしておけば一発ですが・・・

いちばん簡単な方法を紹介します。
clustalXを準備してください。(web検索で探し出して、インストールしてください。英語ページですがインストール自体はめちゃくちゃ簡単なはずなので)
ウイルスゲノム(全長どのくらい?)を全てFASTAフォーマットでひとつのファイルにまとめてください。
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QプラスミドDNA塩基配列について

現在、遺伝子について勉強しています。
その中でも、「プラスミドDNA」についてやってます。
が、イマイチよく分かりません。

GAAGGAATTCGAACTCC
CTTCCTTAAGCTTGAGG
(この2つは組み合ってます)

と、プラスミドDNA塩基配列があったとき、目的の遺伝子を入れるには、どこに入れば良いのでしょうか?
入れるときは制限酵素「EcoRI.KpnI.SmaI」のどれかを使うのでしょうか?

どうか教えて下さい。
宜しくお願いします。

Aベストアンサー

何かの試験問題とかですかね?
制限酵素の認識配列がそれぞれ
EcoR IGAATTC
Kpn IGGTACC
Sma ICCCGGG
なので、質問に書かれているような部位に挿入しようと思えば
MIYD様のおっしゃるようにEcoR Iとなります。

試験知識程度ならば問題ないのかもしれませんが、実際にこの方法を用いて何かをしようと考えておられるのであれば、もう少し勉強なさった方がいいと思います。EcoR Iを使えば必ずうまくいく訳ではありません。

QDNA塩基配列の「相同性」?

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よろしくお願いします。

Aベストアンサー

● 99%以上の確率で相同性を示した
というのは、おそらく、ある配列Aに類似した配列をデータベースの中を検索し、その結果見つかった既知の生物種の配列A’が、配列Aと偶然一致する確率が 0.01よりも小さいことを意味しています。この場合の確率というのは、あるデータベースを検索した時の結果を評価する値です。具体的にどのような計算をしているのかは、私はよく知りません。以下の参照URLの Expect (E) valueについて調べることは、参考になるかもしれません。

●長さ900塩基のうち、調べたい配列と既知の配列が892個は一致していた
というのは、二つの配列間(AとA’)の関係についてだけ、述べています(データベースの検索結果とは関係なく)。二つの配列を比べた時、塩基配列間で99.1%が一致しており、これらは配列類似性が高いという使い方をしますね。

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参考URL:http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ#expect

● 99%以上の確率で相同性を示した
というのは、おそらく、ある配列Aに類似した配列をデータベースの中を検索し、その結果見つかった既知の生物種の配列A’が、配列Aと偶然一致する確率が 0.01よりも小さいことを意味しています。この場合の確率というのは、あるデータベースを検索した時の結果を評価する値です。具体的にどのような計算をしているのかは、私はよく知りません。以下の参照URLの Expect (E) valueについて調べることは、参考になるかもしれません。

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Q塩基配列の決定

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2.塩基配列決定法にはMaxam-Gilbert法とSanger法があり、Sanger法はさらに細かく分けると、サイクルシークエンス法、プライマーラベル法、Dye-terminator法にわけられると思うのですが、Sanger法を行うときには、サイクルシークエンス法、プライマーラベル法、Dye-terminator法の3つすべて行うのですか。それとも、この3つのうちから1つを選んで行うのでしょうか。

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もし、そうならですが、
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2について
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もし、実際にシーケンスをするのであればですが、
現在、シーケンスには、ほぼ販売されている「キット」を使うと思います。
ほとんどの場合、汎用されているキットは限られていますので、
そのキットのうちでどれが使いやすいか?どれが信用性が高いかによって選択します。
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