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たとえば、HindIII 7.6が、内部に複数のBamHIサイトを持っていて、3.6+1.1+1.1+1.1+0.46+0.46に切れるとか(誤差を考えると妥当なところでしょう)。
複数のバンドがほぼ同じサイズで重なっているのではないでしょうか。
DNAを消化すると、各断片の分子数は同じですから、長さと重量が比例し、染色強度は短い断片ほど薄くなります。しかし、複数のバンドが重なっていると、このグラディエントから予想されるより濃く染まるので見分けが付きます。
注意点をいくつか
ゲルにEtBrを入れて泳動すると、EtBr自体がDNAとは逆方向に流れるので、断片の短いほうから染色が悪くなります。一枚のゲルの中で染色度合いが異なっていると、上記のようなことを見落とす可能性があるので、後染めにしたほうがいいです。
ゲル濃度ごとの分解能の範囲はそれほど広くないので、断片の長さの範囲が広い場合は注意が必要です。たとえば、1 kb~10 kb位に適した濃度のゲルでやったとしたら、0.5 kb以下の断片は分離し切れていなかったり、バンドがぼやけて正確な情報が得られません。
質問にあげられた例では、BamHIのみの消化の結果と併せて考えれば、見当が付くのではないでしょうか。
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