今卒論を書いています。遺伝子配列とその下にアミノ酸配列を表示させたいのですが、ワードやパワーポイントではコドンの下にアミノ酸が正しい位置に表示してくれません。具体的にいうとDNAsisやgenetyxでthanslateした後それをワードなどで開いたり、コピーandペーストしたりしています。
 なにか正しい表示のさせかたを教えて下さい。

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A 回答 (1件)

こんにちは。


ズバリ、フォントの問題です。
プロポーショナルフォントで文字の間の間隔が変わってしまうために起きる問題です。配列を全て選択して、等幅タイプのフォントに変えてやってください。ぴったり来ると思いますよ。
 MACでしたら、MONACOかOSAKA等幅です。WINは分かりません。
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この回答へのお礼

できました!早速のアドバイスありがとうございました。フォントの問題だったんですね!Osaka等幅では無理でしたがCourierでいけましたよ。

お礼日時:2002/03/01 20:57

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Q脱イオン水、MilliQ、蒸留水 の違いを教えて下さい

こんにちは。お世話になります。

バイオ、生化学系の実験に従事しているものですが「水」について教えて下さい。

水道水、脱イオン水、MilliQ、蒸留水(二段蒸留水)、超純水の違いを教えて下さい。
お互いの関係などありましたら(○○を~すると△△になる等)教えていただけると
わかりやすいかもしれません。

また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

超純水は十数MΩ・cmの水のことです。MilliQはミリポア社の超純水装置を用いて作った水で比抵抗は15MΩ・cm以上と高純度の水です。MilliQに関してはイオン交換樹脂を通し、逆浸透法、限外濾過法を用いて精製しているようです。

>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は...続きを読む

Q遺伝子の塩基配列の調べ方

ヒトのALDH2遺伝子の全塩基配列(エクソン部及びイントロン部の配置)を調べたいのですが、どうやって調べていいのかがわかりません。
検索サイトで検索かけてみたりしたのですが見つかりません。(ネット上にデータベースがあるというのを聞いたことがあります。)
調べる方法を教えてください。お願いします。

Aベストアンサー

NCBIの場合
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

ALDH2がテキストに含まれるデーターのリストが得られると思いますので、適切な物を選択してください
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=217
ここから、Related Sequencesのgenomicを見つけてそのシーケンスを見てもいいのですが非常に長いテキストで、目的のもの以外の配列も入っていることもかなりありますので、右のlinksから、Map viewerに飛びます。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=9606&chr=12&query=uid(14218883)&QSTR=217%5Bgene%5Fid%5D&maps=gene_set&cmd=focus

ALDH2 OMIM HGNC sv pr dl ev mm hm sts.... という文字列があると思います。dlをクリックしデーターを取得するページに飛んで Display かSave to Disk データーを得てください。

ほかのデーターベースだと
http://www.ensembl.org/index.html
のhuman
http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/index.html
の右上からALDH2検索
詳細は省略します。ひつようであればおっしゃってください。

NCBIの場合
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
seachの選択項目の中からgeneを選びALDH2を検索します

ALDH2がテキストに含まれるデーターのリストが得られると思いますので、適切な物を選択してください
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=gene&cmd=Retrieve&dopt=full_report&list_uids=217
ここから、Related Sequencesのgenomicを見つけてそのシーケンスを見てもいいのですが非常に長いテキストで、目的のもの以外の配列も入っていることもかなりありますので、右のlinksから、Map viewerに...続きを読む

Q蛋白の分子量(kDa)を調べる方法

かなり低レベルな質問なのですが、、、、
分からなくて困っています
約750個のアミノ酸からなる蛋白の分子量を知りたいのですが、どうやって調べたらいいのでしょうか?
よろしくお願いします

Aベストアンサー

アミノ酸配列データがあるなら、計算してくれるソフトウェアがあります。市販の遺伝子解析ソフトウェアには必ずついている機能ですが、ウェブ上でできるサイトもあります。たとえば

http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html

実験的に調べるなら、SDS-PAGE、ゲルカラムクロマトグラフィ、TOF-MASSなど、材料や精度に応じていろいろ方法があります。

Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

QWord 文字を打つと直後の文字が消えていく

いつもお世話になっています。
Word2000を使っているものです。
ある文書を修正しているのですが,文章中に字を打ち込むと後ろの字が消えてしまいます。
分かりにくいですが,
「これを修正します。」
という文章の「これを」と「修正します。」の間に「これから」という単語を入れたときに,その場所にカーソルを合わせて「これから」と打つと,
「これをこれからす。」
となってしまいます。
他の文書では平気です。
何か解決する方法があれば教えて下さい。

Aベストアンサー

入力モードが「挿入」(普通の入力)から、「上書き」になってしまっているのだと思われます。
キーボードに[Insert]というキーがあると思いますので、1度押してみてください。

Q2つのシークエンスによる結果の違い

PCR後の精製産物をシークエンスするダイレクトシークエンスとクローニングしてプラスミド回収してからのシークエンスの2パターンで配列解析をしました。

するとダイレクトシークエンスはうまく読めたのですが、もう一方のシークエンスのほうは、配列を読めずNと表示されました。

一般的にダイレクトシークエンスは、うまく配列を読むことが困難だということを聞いたことがあります。

今回このような結果になったのは、たまたまなのでしょうか?

またダイレクトシークエンスの長所は、クローニングをしないので短期間でシークエンスが可能。短所は読めない配列が多いと聞いたことがあります。
そこでクローニング済みのシークエンスのほうの長短所って何なのでしょうか?

回答よろしくお願いします。

Aベストアンサー

こんにちは。

実際の実験では、発現ベクターの構築や変異探しを精査するときにクローニングした産物をシーケンスします。ダイレクトシーケンスでも変異は探せますが、研究者によっては、例えばクローニングされたプラスミドを20個シーケンスして、aggaAaaaが15個、aggaTaaa(配列は適当なのでBlastとかに投げないでくださいね)が5個なので、鋳型はA型が3に対してT型が1存在するという定量をする方もいます。ダイレクトシーケンスでも不可能ではありませんが、1:1ではなく、2:1とか4:1の定量性を見るのは難しいかと思います。

ダイレクトシーケンスは、増えたPCR産物をそのまま読むために、鋳型のある塩基が----taatGc----と----taatCc----が1:1で含まれているとき(ヒトゲノムでは父方と母方の塩基が違うことがよくあります)、次のようなメリットが考えられます。
・(メリット)そのシーケンスの波形はGとCが一対一で出てくるように定量性がややあること
・(メリット)シーケンシング反応はたまにエラーを起こしますが、それはマイノリティになります。正しい配列の波形の方が大きく出るので、鋳型の配列にほぼ一致した配列が読めます。

クローニング済みのシーケンスは、1クローンだけ読むと、その配列がシーケンシング反応によるエラーの塩基置換を含む危険性が高い一方で、
・一見、単一の産物に見えても1塩基レベル、あるいは全体にわたって複数の産物がPCRで増幅されたときに、複数のクローンをシーケンスすることでなにが増えたか調べられます。ダイレクトシーケンスではこれは難しいです。
・(先の方も書かれていますが)基本的には単一のプラスミドの配列を読むため、シーケンスがきれいに読めるはずですし、その後の応用(発現用のベクターに入れる)にはプラスミドでの塩基配列の正しさの確認が必要です。

クローニングしたプラスミドを読む場合はインサートの長さにもよりますが、最低3個くらい読んだ方が良いと思います。

プラスミドのシーケンスがうまくいかなかったとのことですが、制限酵素で確認されたのことでものは入っているのだと思います。シーケンシング反応はエタ沈がちょっとマズイだけでシーケンスが読めなくなったりするので、もう一回同じ事をやると読めるようになるかもしれません。
シーケンシングプライマーですが、プラスミドにあるシーケンシングプライマーの配列(T7, SP6, M13など)が実は、シーケンシング反応に有利な配列でないことがあります。最近は合成オリゴの値段も安いので、「同じ配列を複数読む」ようなことであれば、自分の入れたインサートにある配列でシーケンスされるのがよいと思います。「中から外に読む」感じです。もし、サイズが500bpとか小さいようならPCRで増やしたときに使ったfowardとreverseプライマーで網羅できるでしょう。
あと、ご存じと思いますが、シーケンス反応に持ち込むプラスミドとPCR産物の至適な量が違うので、そこの確認をされても良いかと。

また、制限酵素処理の代わりに、拾われたプラスミドを一度50uLのLBに移して、そのうちの1uLを鋳型にコロニーPCRなどでインサートの有無を確認して、インサートの入ったものだけを増やすとたくさんのコロニーをカルチャーしなくて済みます。

がんばってくださいね!

こんにちは。

実際の実験では、発現ベクターの構築や変異探しを精査するときにクローニングした産物をシーケンスします。ダイレクトシーケンスでも変異は探せますが、研究者によっては、例えばクローニングされたプラスミドを20個シーケンスして、aggaAaaaが15個、aggaTaaa(配列は適当なのでBlastとかに投げないでくださいね)が5個なので、鋳型はA型が3に対してT型が1存在するという定量をする方もいます。ダイレクトシーケンスでも不可能ではありませんが、1:1ではなく、2:1とか4:1の定量性を見...続きを読む

Qプロモーター領域

ある既知のタンパク質遺伝子のプロモーター領域の配列を知りたいというときにはどのように検索すればよろしいのでしょうか。
タンパク質そのものの配列までは調べられたのですが…その後がよくわからなくて。

Aベストアンサー

実験的に同定するのは結構手間です。
まず、転写開始点を正確に決めておく必要があります。
簡便には、5' RACEの産物の端がどこにきてるかで見てもいいと思いますが、完全に伸びきっていない逆転写産物もPCRで増やしてしまうので、多少のあいまいさがでてきます。
正確に決めるには昔ながらのprimer extensionやS1 mappingが必要でしょう。
で、プロモーターは(発現をmodulateするエンハンサーは話が別です)、典型的には転写開始点の-50 bp以内にあります。たとえば、真核生物では、-20 bp 前後にTATA boxまたはGC box、さらに-15 bp くらい上流に-CAATboxとか。そういう典型的な配列があれば、8割がたそこがプロモーターだという蓋然性を言うことができます(かならずしも典型的なプロモーターばかりではありませんが)。
ちゃんと実験的に証明しようとしたら、候補となる領域にレポーター遺伝子をつないで、in vitroやin vivoで転写活性を調べなければならないでしょう。システマティックに欠失シリーズや、点突然変異を作って、どの配列がプロモーター活性に必要十分であるかを明らかにすれば完璧です。

実験的に同定するのは結構手間です。
まず、転写開始点を正確に決めておく必要があります。
簡便には、5' RACEの産物の端がどこにきてるかで見てもいいと思いますが、完全に伸びきっていない逆転写産物もPCRで増やしてしまうので、多少のあいまいさがでてきます。
正確に決めるには昔ながらのprimer extensionやS1 mappingが必要でしょう。
で、プロモーターは(発現をmodulateするエンハンサーは話が別です)、典型的には転写開始点の-50 bp以内にあります。たとえば、真核生物では、-20 bp 前後にTATA boxま...続きを読む

Qプラスミドへのインサート長が予想と異なるのはなぜ

大腸菌で発現タンパクをつくるため、クローニングしています。PCRで増幅後、2つの制限酵素でプラスミド、インサートともに切断し、ライゲーション、コンピテントセルへの組み込み後、プラスミド抽出してから制限酵素で切断して長さを確認するのですが、インサートと異なる長さのものしか取れません。なぜでしょうか? たとえばインサート1kbなのに取れたものは1.2kbと0.9kbになっていました。 単なるコンタミネーションでしょうか? 

Aベストアンサー

ご質問の疑問点を解決するなら、シークエンスをするのが一番です。たんぱく質発現が目的ということなので、いずれにせよシークエンスをして、変異の有無を確認する用意があるでしょうし。

PCR産物を電気泳動でチェックしたとき、バンドがbroadになっていると、長さの近い副産物が見分けられないことはあります。
身の回りの経験から、起こりそうなことをあげると、
1.全く関係のないDNAが増幅されて混入していた(大腸菌のゲノム由来とか)。
2.プライマーがPCR産物内部のゆるいホモロジー部分にアニールしてプライミングしていた(短い産物)。
3.PCR産物の末端が、内部にゆるいホモロジーをもつため、一本鎖のPCR産物がプライマーとして、別の鎖を鋳型にした合成が起こった(長い産物)。

プライマー設計に気をつけることはもちろんですが、PCR反応の条件が過剰(サイクル数が多すぎる、伸張時間が長すぎるなど)だとこのような問題が起こりやすくなるので、無理なく増幅できる条件設定をするのが無難です。

Q遺伝子の塩基配列の調べ方について教えてください

初心者なので詳しい方,分かりやすく教えていただけたらと思います.

近々,PCRのプライマー作成のために遺伝子の塩基配列を調べることが必要となりました.
ある蛋白のmRNAの塩基配列と,イントロンを含めたDNAの塩基配列を調べたいのですが,PubMedの『Nucleotide』というカテゴリーで検索したものの,どうも要領よく探せません.そこで質問なのですが,

(1)Gene Bank accession No.の頭についているアルファベット2文字(NM,AC,DQ,NW,XM…その他…)にはどういった意味があるのでしょうか?

(2)キーワードとは関係なさそうな遺伝子も大量にピックアップされてきました.これはなぜでしょうか?何かうまく調べられるコツみたいなものはありますか?

(3)論文やPabMed以外で,目的の遺伝子のmRNA,ゲノムの塩基配列を簡単に入手できる方法は他にどういったものがあるのでしょうか?

ひとつだけでもかまいませんので,ご教示賜りたいと思っています.

Aベストアンサー

個人的にはEnsemblがお勧めですかね。
各遺伝子を検索した後、contig viewで
ある遺伝子周辺領域が視覚的にに示されます。
RT-PCRやるにしても、antisense側に発現があるかを確認したり、
splicing variantも表示されるのでわかりやすいです。
(正確性を求めるときは、論文で確認した方がいいですが。)

配列を入手するには各遺伝をクリックして選択。
各遺伝子毎のページで、さらに選択するとexonのみの情報も入手できますまた。exportを使えば遺伝子位置とは関係なく、どの領域の遺伝子領域でも指定して配列情報を入手できます。

わかりづらい説明で申し訳ありませんが、
Ensembleは使いやすいサイトですので、
適当に色々クリックしてるうちに使い方がわかってくると思いますよ。

参考URL:http://www.ensembl.org/

Qパラニトロフェノールについて教えてください。

p-ニトロフェノールって炭酸ナトリウムで発色するんですか??
発色するのならなぜ発色するのですか??
詳しい方教えてください。お願いします!!

Aベストアンサー

構造の変化に関しては、No.1のご回答に述べられているとおり、H+がとれてフェノキシドを生じるということです。

こうなることによって、共鳴系に大きな変化が生じます。
すなわち、H+が取れる前には、主としてベンゼン環上に分布していたπ電子が、ニトロ基や新たに生じた-O^-を巻き込んで非局在化することになります。
たとえば、ベンゼン環とOの間やベンゼン環とニトロ基由来のNの間の結合に二重結合性が生じ、下記のような共鳴型が大きく寄与することになるために、可視領域に吸収を生じ、黄色に着色することになります。
Hは省略してあります。少々わかりにくいかもしれませんが、ご容赦ください。
    C=C     O-
   /   \   /
O=C     C=N+
   \   /   \
    C=C     O-

上記のような共鳴型が生じる理由として、フェノール性の-OHからH+が取れたことが重要であるということです。


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