今卒論を書いています。遺伝子配列とその下にアミノ酸配列を表示させたいのですが、ワードやパワーポイントではコドンの下にアミノ酸が正しい位置に表示してくれません。具体的にいうとDNAsisやgenetyxでthanslateした後それをワードなどで開いたり、コピーandペーストしたりしています。
 なにか正しい表示のさせかたを教えて下さい。

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A 回答 (1件)

こんにちは。


ズバリ、フォントの問題です。
プロポーショナルフォントで文字の間の間隔が変わってしまうために起きる問題です。配列を全て選択して、等幅タイプのフォントに変えてやってください。ぴったり来ると思いますよ。
 MACでしたら、MONACOかOSAKA等幅です。WINは分かりません。
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この回答へのお礼

できました!早速のアドバイスありがとうございました。フォントの問題だったんですね!Osaka等幅では無理でしたがCourierでいけましたよ。

お礼日時:2002/03/01 20:57

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映画などの無料ダウンロード方法
チャーリーとチョコレート工場などを無料でダウンロードしたいで無料ダウンロードできるサイトややり方を教えて下さい。
よろしくお願いします。m(__)m

Aベストアンサー

2010年の1月1日より、改正著作権法が施行されました。
これにより、音楽・動画などの著作物を権利者の許可無くアップロードしたものを
ダウンロードするだけで犯罪となります。
ただし、ストリーミングは対象外なので、動画サイトなどに違法アップロードされたものを
見ても大丈夫です…が、やはりきちんと買いましょう。

参考URL:http://d.hatena.ne.jp/nakakzs/20090518/1242657559

Q塩基配列・アミノ酸配列を同時表示できるツール?

プライマー設計する時などに、
塩基配列とアミノ酸配列を上下に並行してアラインメントした資料があると便利なのですが(参考画像、文章末に説明有)、
塩基配列を入力するだけで自動でそのようなファイルを作製できるツール(PCソフト・ウェブツールなど)などありませんでしょうか?

また、
・一定の塩基数間隔で改行
・一部の配列をラベル(アンダーライン・フォント・注釈など)
・ファイルエクスポート
・プリントアウト
などの機能付きだと、なお助かります。

現状、そのような資料を手打ちですべて作製しています。

ご存じの方おられましたら、
ご教示いただくことできないでしょうか?
よろしくお願いいたします。


(添付した参考画像)
目的遺伝子(仮)のDNA配列の下に、
コドンに対応するアミノ酸の一文字表記を
テキストファイルに打ち込んだもの。
・100塩基毎に改行
・イントロン →グレー、エキソン →ブラック
・プライマー →アンダーライン+イタリック
など手を加えています。

Aベストアンサー

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使うとわりと簡単にできます。

参考まで

require 'rubygems'
require 'bio'

primer_seq="CCGTTCAGAG"
primer_name="primer-1"
na_seq="AATCTTAGAATAAAAAATGGGTACCGTTCAGAGACCTTTAGAGATTGCAAGGCATCACAGATGATAAAAAGCTCCATCTCTAGACGTGTTCAGGAGTGGGTTGGGGCTTTGACCTTGACTAGCTGCATCAACTTGGACAAGTCACTTCGCTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCCATAT"

abort unless primer_pos=/#{primer_seq}/=~na_seq
exon_pos=primer_pos+primer_seq.length
exon=Bio::Sequence::NA.new(na_seq[exon_pos..-1])
aa_seq=exon.translate
# 出力
aa_str=" "*exon_pos+aa_seq.scan(/./).collect{|aa| "#{aa} "}.join
primer_str=" "*primer_pos+primer_name
primer_str=primer_str+" "*(na_seq.length-primer_str.length)
na_seq.scan(/.{1,100}/).zip(primer_str.scan(/.{1,100}/), aa_str.scan(/.{1,100}/)) do |ns, ps, as|
puts ps
puts ns
puts as
end

回答がないので、しゃしゃり出てきました。
多分探してもぴったりのものは難しいと思います。

こんな場合は作ってしまうのが早いと思います。頭の体操のつもりでちょっとやってみました。
Rubyという言語です。もしMacをお使いでしたら、bioと言うライブラリを追加すれば動きます。
sudo gem install bio
で追加できます。Windowsの場合はRubyとrubygemsをインストールしたあとにbioを追加してください。

文字の修飾なしですが出力はほぼ同じ形式になります。文字の修飾は手でやるか、rtfというライブラリを使う...続きを読む

Q音楽の無料ダウンロード

ナップスターなどから音楽の無料ダウンロードが出来ると聞きましたが、ネットから好きな音楽を検索し、無料ダウンロードする方法は今でもあるのでしょうか?

Aベストアンサー

ナップスターそのものに関しては今現在サービスはまだ続けているようですが、既に終わっている模様です。
その代わりナップスター互換のクローンツールが代わりに繁栄しています。
日本ではWinMXとか、海外ではまた別のソフトです。
ただこの手のソフトは身元がバレバレになってしまうので、逮捕も続出していますね。日本ではですが。

これとは別にグヌテラ互換のソフトが今後主流になっていくのではないかと言われています。

Q塩基配列とアミノ酸配列について

大腸菌から単離したDNA断片の片方の鎖の構図は下のようであった。
5'-GTAGCCTACCCATAGG-3'
このDNA鎖の相補鎖を鋳型として転写したmRNAの塩基配列を書きなさい。5'および3'の方向性も必ず記入しなさい。
↑この答えはTをUに変えて、
5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?

また、上記で転写されたmRNAの5'末端から翻訳が開始するとすれば、生じるペプチドのアミノ酸配列を書きなさい。N末端およびC末端を記入すること。
↑この答は、
N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
らしいのですが、どうやって解くかわかりません。どなたか教えてください。

Aベストアンサー

>5'-GUAGCCUACCCAUAGG-3'で正しいですか?
正しいです。

>N-バリン、アラニン、チロシン、プロリン、チロシン-C
AUGでない配列から転写が開始されるというおかしな設定に戸惑っているのか、コドンを知らないのかのどちらかでしょうか?
前者であれば、問題の作成者の意図していることを汲み取ってあげてください。
後者であれば、この問題を解くのは無理です。教科書を読み直しましょう。

アミノ酸は3つの塩基でコードされています。これは、(4種の塩基)^3つの塩基=64種類の組み合わせになり、それらが何のアミノ酸に対応しているかは、コドン表と呼ばれる表にまとめられています。
この場合は、塩基を3つづつ区切ると、
GUA GCC UAC CCA UAG G
となり、最後のG1個だけではアミノ酸はコードされません(後ろに塩基配列が続けばアミノ酸になります)
後は、コドン表で3個セットの塩基5組がどのアミノ酸に対応するかを見ていくだけです。

Q無料ダウンロードの意味は

無料ダウンロードとあるので
explorer-construction1.9をダウンロードして使用してみました
http://explorer-construction.softonic.jp/
新版はシエアウエアだと認識していましたが、ここでは旧版のVer1.9のダウンロードです、
ところが使用を始めてみると「お金を払って」のメッセージがしつこくポップアップしてきます。
無料ダウンロードって何ですか?
何か詐欺まがいの気がしますが・・・・

Aベストアンサー

そこまでは無料にして体験してもらって、これ以降は有料との事で大嫌いな商売ですね。そうゆう商売の仕方を禁止にしてほしいですよ。

QDNA塩基配列から推定されるアミノ酸配列を答えよという問題なのですが分かりません。

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CAC/AU --(1)

AU/UGC/AUU/ACA/CAU --(2)

A/UUG/CAU/UAC/ACA/U --(3)

それぞれコドン表に合わせて
(1)では Ile/Ala/Leu/His
(2)では Cys/Ile/Thr/His
(3)では Leu/His/Tyr/Thr
というようにしたのですが合ってるんでしょうか?ほぼ独学なので見逃してる点もしくは間違っている点などご指摘ください。

また、この塩基配列にはなかったのですが
開始コドン(AUG)や終止コドン(UAA,UAG,UGA)が配列にあったなら答えはどうなるんでしょうか?

たとえばAUAUGCAUUGACACAUとします。
AU/AUG/CAU/UGA/CAC/AU
この切り方だと翻訳はAUGからUGAでとまるのでUGA以下のCACは無視するのでしょうか?
つまり、この場合はアミノ酸配列はMet/Hisだけってことですか?

ある遺伝子のコード領域内の部分DNA塩基配列を示す。この配列から推定されるアミノ酸配列をすべて答えよ、という問題です。
与えられた配列は以下の通りです。
(配列)5’---ATTGCATTACACAT---3'

下にコドン表が示されてます。

私の考えでは

5’---ATTGCATTACACAT---3'
は非鋳型鎖だと思うので鋳型鎖にして

3’---TAACGTAATGTGTA---5'

これを転写させる

5’---AUUGCAUUACACAU---3'

そして3つで一つのアミノ酸を指定するというので切り方は3通りあると考えました。
AUU/GCA/UUA/CA...続きを読む

Aベストアンサー

おそらくその考え方と解答で間違いないと思います。

ただし開始コドンと終始コドンが含まれている場合については訂正を。
まず開始コドンは常にメチオニンのコドンですが,メチオニンのコドンが必ずしも開始コドンとは限りません。タンパク質の途中にメチオニンが必要な場合もあり,その場合は開始位置でなくても "AUG" コドンが出てきます。
次に終始コドンがある読み枠にあったとすると,「コード領域内」という設問に反するため,その読み枠は考慮しなくて好いことになるかと思います。

もっとも,出題者が本当にそういうつもりかどうかまではわかりませんが。

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 そもそも現在の著作権法が前近代的で、著作権者の利益しか考えておらず、ユーザーの不利益に対する配慮に欠けているので、プロテクトを付け過ぎたBDレコーダーの販売不振などの弊害が出ているようです。

 YouTubeは基本的にダウンロードしても問題ありませんし、ダウンロード出来ない場合は違法だと判断すれば良いだけです。

 考え過ぎです。毎日1億回も視聴されているYouTubeを監視出来るわけがありません。違法ダウンロードが事件としてニュース報道された番組を見た事がありますか。そういうニュースは見掛けませんよね。

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よろしくお願いします。

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何故こんなに影が薄いのでしょうか?
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ちと Wikipedia で調べたけど, 「βアラニン」は必須だそうです. 「パントテン酸」として, あるいは「補酵素A」という形で体内に存在します.
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Aベストアンサー

> トップのサイトは私も見つけてインストールしたのですが、ワードやエクセルの画面がどうも出ず、
  
WordやExcelはMicrosoft社の名称です。
「OpenOffice.org」のワープロソフトは「Writer」、表計算ソフトは「Calc」という名称です。
「スタート」ボタン→「すべてのプログラム」→「OpenOffice.org」→「Writer」または「Calc」の順にクリックしてみて下さい。

QWestern blotting->発色させた後の膜でアミノ酸配列読める?

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もしもこれが出来たら、検出されたバンドのタンパクのN末配列が判って便利なのに...。
ブロッキングに使ったタンパクや抗体タンパクの方の量が多いだろうから、絶対に不可能なんでしょうか。
(抗体の方は剥がせるにしても、ブロッキング試薬の方は...。)
トライした事のある人、いませんか?

Aベストアンサー

どのような状況を想像されているかわかりませんので何ともいえませんが、
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1.クルードなもののロードでは一見ウエスタンの結果バンドがあるところには
一つのタンパクしかないように思えますが、当然何種類ものタンパクがそこには存在します。シーケンスの際に2次元でわけないとコンタミすることがあるのにそんな状態ではきれいに読めません。読めても信頼できない。まあウエスタンしてるぐらいだから既知のものを読むのですけどね。

2.ある程度精製後、これならそのまま読んだらよい。ただし、量がすくなすぎてメンブレン上ではCBBなどの染色でくん出できない時には使用価値があるかも。しかし、やっぱりコンタミして読めないと思います。そんな状態では当然ブロッキングしたタンパクの方が圧倒的に多いでしょうから。

確かにできたら便利なことがあるかも。


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