プラスミドについて

全長4.6kbのプラスミド(pBR322)を大腸菌よりアルカリSDS法で抽出し、そのプラスミドDNAを電気泳動しましたら、複数のバンドが現れました。こういったことの原因はコンタミによるものと考えてよいのでしょうか?

No.1 ベストアンサー 回答者： separate-blue 回答日時： 2006/08/21 12:15

(1)電気泳動は回収確認のためだけのものですか？

それとも、
(2)１カットの酵素切断を行なった後の
電気泳動のことをいっているのでしょうか？

それにより回答が異なってきますね。
酵素切断前なら、正しいバンドは出ないので
単に回収を確認するのみだし、
１カットの切断でなければ複数のバンドがでるのは
当たり前ですし、
１カットのものを使用後であっても、
完全に切断できていない場合、余計なバンドがでたり、
まれに切れすぎたためにバンドがでることもあります。

酵素使用後であれば、
結果は、４．６ｋｂのバンド以外には
どの部分にでているのでしょう？

情報が少なすぎるため、おそらく的確な回答を
だれもできないと思われます。

No.3 回答者： yakyutuku 回答日時： 2006/08/21 15:06

選択培地に複数のセレクションをかけると、たまに複数のプラスミドが入ることもあります。

確率低いですが。

No.2 回答者： Chicago243 回答日時： 2006/08/21 12:24

プラスミドは制限酵素処理しましたでしょうか?

まずインタクトのプラスミドはスーパーコイルという状態をとります。これはたいていの場合直鎖にした長さより早くながれますが、コンディションにより流れる位置が違います。またスーパーコイル状のものは一種類とは限らないので複数出る可能性はあります(私の経験ではあまりシャープでないシングルバンドのことがほどんどです)。でプラスミドがインタクトでなければこれに加わって、直さの位置とニックが入ったプラスミドの位置にばんどが現れます。

もしゲノムがコンタミしていた場合は制限酵素処理していなければ20ー50kbp付近にスメアーなバンドが出るでしょう。そのあたりにシャープなバンドがある場合は、ニックの入った環状プラスミドと考えられます。

制限酵素処理が不完全な場合はスーパーコイルが残っているかもしれません。多分その少しうえに目的のバンド4.6kbがあるはずです、こういう場合はニックの入ったプラスミドも同時に現れます。それぞれのバンドがどれに相当するかもう一度考えてみてはどうでしょうか。