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漠然とした質問で申し訳ありません。
初心者なのですが、DNAとDNAもしくはDNAとRNAが結合するということを証明するような実験には何かあるでしょうか?

上司に探してみてといわれたのですが、ゲルシフトアッセイだと、DNAとタンパク質の結合をみているということになるため、少し実験が違うのではないかと思っています。

何かいいアドバイスお願いいたします。

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A 回答 (3件)

詳しい方法はご存知かもしれないので、割愛します。


わからなかったら聞いてください。

・サザンブロット(DNA-DNA)

これはDNAを電気泳動して後、膜にDNAを移して
それに自分でラベルしたDNAを結合させることによって
膜のDNAを検出します。
つまり、DNAとDNAが結合しないと膜状にシグナルが出ませんので
結合していることを証明しているようなものだと。

・ノーザンブロット(DNA-RNA)

これはRNAを電気泳動して後、膜にRNAを移して
それに自分でラベルしたDNAを結合させることによって
膜のRNAを検出します。
つまり、DNAとRNAが結合しないと膜状にシグナルが出ませんので
結合していることを証明しているようなものだと。
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あとは、CDスペクトルを測定する(A型、B型らせんの確認)、FRETを利用する とかでしょうかねぇー



まあ、コントロール取ってゲルシフトでいい気がします
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> ゲルシフトアッセイだと、DNAとタンパク質の結合をみているということになるため、


> 少し実験が違うのではないかと思っています。
まあそれでもできるんじゃないでしょうか。
2つ混ぜて、95℃で2-3分煮て、アニーリングして、
それで結合してたらバンドは予想したところに1本だけ出るし、
結合していなければ2本バンドが出てくるはずなので。
まあコントロールはとった方がいいですが。
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