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ImageJを用いて、ウェスタンブロティングのタンパク定量をデンシトメトリで測定しています。
analze→gels→select first laneの後、analze→gels→plot lanesで面積を測定しようと思いますが、山が逆向き(下向き)になっているように思います。
設定がおかしいのか、何が悪いのかがよくわかりません。
どのような可能性があるでしょうか。
またどのような改善策があるでしょうか。
教えてください。よろしくお願いいたします。

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使い方 imagej」に関するQ&A: imageJの使い方

A 回答 (1件)

グレーバリューは真っ黒がゼロ、明るくなるに従って数値が増えていくようになっていますから、白いメンブレンの方が数値は大きくなってしまいます。

そのままプロットすると当然ピークは下向きに出ます。

これを解消するには、analze→gels→gel analyzer options...のInvert Peaksにチェックを入れます。バックグラウンドが黒で、シグナルが白く出るような画像の時はInvert Peaksにチェックが入っているとピークが下向きに出てしまうのでご注意を。

わざわざチェックを入れたり外したりするのが面倒なら、画像を開いてからEdit→Invertで白黒反転してもOKです。Invert Peaksにチェックが入っていない今の状態ならバックグラウンドが黒くなるようにして下さい。
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この回答へのお礼

早速の返事ありがとうございます。
自分でも確認できました。
経験者のご意見は大変に参考になりました。
ありがとうございます。

お礼日時:2008/02/05 16:05

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QImageJの使い方についてお教え下さい

ImageJを使ってフィルム上のウェスタンブロットのバンドを定量解析する際のご質問です(2つございます)。添付画像の上の写真のようなバンドを解析しておりますが、バンドが太く、隣のバンドとくっついています。

自分のいつものやり方では、細長い四角形で一番左側を囲んで、Analyze→Gels→Select First Laneで確定した後、隣のレーンにずらしてSelect Next Laneで確定し、すべてを確定した後、Prot Laneで表示し、出てきた山の底辺と思われるところに線を引いて、魔法の杖で山の面積を数値化したものをバンドの定量値としております。その際、図のようにバンドが隣と重なり、更にレーンの幅が異なる場合、最初に確定した四角形を隣にずらしただけでは、別のレーンのバンドにも四角形がはみ出るため、正確に数値化できません。(1)途中で四角形の幅を変更することもできないようですが、このような場合にはどのように調整をしたら宜しいでしょうか?(2)また左から5番目のように非特異なバンドが解析対象バンドのすぐそばにある場合、添付画像の下の図の通り、どこが底辺かわからないような山が出てきます。左の大きい山が解析対象の山ですが、すぐ隣の山との境目のところから真下に線を引いてアバウトな境界を作ってそこまでを解析対象の面積を見なしても宜しいでしょうか?本来ならブロットのフィルムの方をベストの解析しやすいコンディションにするべきでしょうが、今回のケースにはいつも頭を悩まされています。具体的な解決方法がございましたら、ぜひともご教示をお願い申し上げます。

ImageJを使ってフィルム上のウェスタンブロットのバンドを定量解析する際のご質問です(2つございます)。添付画像の上の写真のようなバンドを解析しておりますが、バンドが太く、隣のバンドとくっついています。

自分のいつものやり方では、細長い四角形で一番左側を囲んで、Analyze→Gels→Select First Laneで確定した後、隣のレーンにずらしてSelect Next Laneで確定し、すべてを確定した後、Prot Laneで表示し、出てきた山の底辺と思われるところに線を引いて、魔法の杖で山の面積を数値化したものをバンドの...続きを読む

Aベストアンサー

この質問は既に、ImageJの使い方というよりも、

このデータの解析の方法で正しく評価できるか?
終には、このデータは正しいか?

という内容の是非になっていると思います。
そのことについては、無責任に「それでいいと思います」とは言えません。

唯一、コメントできるとすれば、
やはり、きちんと解析できるように
サンプルを適正な量だけアプライして
ウエスタンをし直すべきかと思います。

このような結果だと、強いシグナルのところは
値が吹っ切れていて正しい定量にはならない可能性もあります。
つまり、100が上限であるとすれば
100であっても10000であっても、おなじ100で検出されて
同じシグナルになってしまうということです。

正しい結果を解析するためには、急がば回れだと思います。
差し出がましくすみません。

QImageJを用いて免疫染色陽性率の計算の仕方

Ki67の免疫染色の陽性率を、このソフトを用いて解析ができるという話を聞いたのですが、まったく使いたかが分かりません。
ヘマトキシリンの青の部分と、免疫染色の茶の部分をわければ解析ができるのでしょうか?
どうか使用方法を教えていただけると幸いです。

Aベストアンサー

色を分離しなくても Cell Counter プラグインを使えば数えられますが、手作業なので少し時間はかかりそうです。

imageJで細胞数等を数えるCell Counter|LifeScienceProject
http://life-science-project.com/1005/


染色されている部分と背景がくっきり分かれている画像であれば、もう少し楽なやり方ができます。
まずヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)を分離するために Colour Deconvolution プラグインを使います。

Colour Deconvolution
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html

プラグインのインストールは、上記のページの "java and class fils" をダウンロードして解凍し、ImageJ フォルダの中の plugins フォルダに入れて ImageJ を起動させれば良いはずです。
ImageJ で解析したい画像を開いて Plugins メニューから Colour Deconvolution を選択し、Vectors で "H DAB" を選んで OK を押します。
このプラグインで色を分けた後、ヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)の画像を Analyze Particles で解析して染色された核の数をカウントすれば OK です。

ImageJの日本語訳~Analyze~
http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/menus/analyze.html#AP

色を分離しなくても Cell Counter プラグインを使えば数えられますが、手作業なので少し時間はかかりそうです。

imageJで細胞数等を数えるCell Counter|LifeScienceProject
http://life-science-project.com/1005/


染色されている部分と背景がくっきり分かれている画像であれば、もう少し楽なやり方ができます。
まずヘマトキシリンと免疫染色(DAB?)を分離するために Colour Deconvolution プラグインを使います。

Colour Deconvolution
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/cdeconv/cdecon...続きを読む

QImageJ を使った色の数値化

現在、試薬を与えると植物根の色が変色するという実験をおこなっています。

処理後の植物根を顕微鏡で観察し、デジカメで撮影をおこないました。
写真を見ると植物Aの根とBの根では明らかに色の強さに違いがありました。

そこで、色の違いを客観的に判断するために、色の強さを数値化したいと考えています。

今わたしのパソコンにはImageJというソフトがあるのですが、このソフトを使って、
指定した範囲の色の強さを数値化することは可能でしょうか?

Aベストアンサー

範囲指定後にAnalyze>Measureで表示されるMean Gray Valueというのが指定された範囲内のシグナル強度の平均値だったと思います。RGB画像ならImage>Type>RGB StackとやればRGBそれぞれの強度も出せるはず。

ImageJのマニュアルを日本語化して下さっているサイトを載せておきますので、調べてみて下さい。

参考URL:http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/imageJ-help.htm

Qウエスタンブロッティングの画像解析ソフトを探しています。

ウエスタンブロッティングの画像解析ソフトを探しています。

メンブレンからフィルムに感光させた後に、
バンドの濃さを定量するおすすめのソフトはありますでしょうか?
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

ImageJのAnalyze>Gels。
画像解析ソフトは数値は出してくれますが、それが(特にウェスタンブロッティングとかは)適切な解析方法かどうかは別なので気をつけてください。

ImageJ; http://rsb.info.nih.gov/ij/index.html
使い方;http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/imageJ/menus/analyze.html

Qエクセル STDEVとSTDEVPの違い

エクセルの統計関数で標準偏差を求める時、STDEVとSTDEVPがあります。両者の違いが良くわかりません。
宜しかったら、恐縮ですが、以下の具体例で、『噛み砕いて』教えて下さい。
(例)
セルA1~A13に1~13の数字を入力、平均値=7、STDEVでは3.89444、STDEVPでは3.741657となります。
また、平均値7と各数字の差を取り、それを2乗し、総和を取る(182)、これをデータの個数13で割る(14)、この平方根を取ると3.741657となります。
では、STDEVとSTDEVPの違いは何なのでしょうか?統計のことは疎く、お手数ですが、サルにもわかるようご教授頂きたく、お願い致します。

Aベストアンサー

データが母集団そのものからとったか、標本データかで違います。また母集団そのものだったとしても(例えばクラス全員というような)、その背景にさらならる母集団(例えば学年全体)を想定して比較するような時もありますので、その場合は標本となります。
で標本データの時はSTDEVを使って、母集団の時はSTDEVPをつかうことになります。
公式の違いは分母がn-1(STDEV)かn(STDEVP)かの違いしかありません。まぁ感覚的に理解するなら、分母がn-1になるということはそれだけ結果が大きくなるわけで、つまりそれだけのりしろを多くもって推測に当たるというようなことになります。
AとBの違いがあるかないかという推測をする時、通常は標本同士の検証になるわけですので、偏差を余裕をもってわざとちょっと大きめに見るということで、それだけ確証の度合いを上げるというわけです。

Q脱イオン水、MilliQ、蒸留水 の違いを教えて下さい

こんにちは。お世話になります。

バイオ、生化学系の実験に従事しているものですが「水」について教えて下さい。

水道水、脱イオン水、MilliQ、蒸留水(二段蒸留水)、超純水の違いを教えて下さい。
お互いの関係などありましたら(○○を~すると△△になる等)教えていただけると
わかりやすいかもしれません。

また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?

よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は除けません。

蒸留法は水を蒸留することで不純物を除く方法です。イオン交換法と組み合わせて2回蒸留することが一般的です。一般的な2次蒸留水の比抵抗は数MΩ・cmでバイオ・生化学関係には十分な純度です。動物培養細胞にも使用可能です。エンドトキシンも完全にフリーとまではいかないけれどもある程度の除去はできています。蒸留法は多くの不純物を除去可能ですが100度付近の沸点を持つ物質は除けません。

逆浸透法は半透膜に圧力をかけて精製する方法です。

限外濾過法は限外濾過膜を通す方法です。孔径は半透膜が数十nmに対し、限外濾過膜は数nmです。それゆえ、数kDa以上の分子であれば、限外濾過法で除けますので、エンドトキシンやRNaseなども除去できます。本当にエンドトキシンフリーな水が必要でしたら限外濾過法を行った水が必須です。ただ、普通のCOSとかHEKとかの動物細胞培養でしたら2次蒸留水でも十分です。蛍光検出用のマイクロアレイなんかは限外濾過水が必須なようです。

超純水は十数MΩ・cmの水のことです。MilliQはミリポア社の超純水装置を用いて作った水で比抵抗は15MΩ・cm以上と高純度の水です。MilliQに関してはイオン交換樹脂を通し、逆浸透法、限外濾過法を用いて精製しているようです。

>また、実験内容によってはエンドトキシンを気にする実験もありますが、エンドトキシンフリーの水を使う場合はどれを選べばよいのでしょうか?
これに関しては上で書いたように限外濾過膜で精製した水です。MilliQが当てはまるでしょう。(超純水も一般的には限外濾過をしているのでこれも当てはまりますかね。)

>動物細胞培養用に使う場合はどの水を選べばよいのでしょうか?
これは、2次蒸留水以上の純度があれば十分です。2次蒸留水、MilliQ水、超純水が使用できます。

ただ、水関係の装置は日頃のメンテナンスが重要でイオン交換樹脂とか水を貯めるタンク、蛇口に汚染がないかは確認する必要があります。

実験書には必ずはじめのほうに書いてあることですので、pinokoBBさん自身でなにか実験書をご参照ください。

pinokoBBさん、こんにちは。

バイオ・生化学関係に用いられる水は水道水をプレフィルターを通し、イオン交換・蒸留・逆浸透法、限外濾過などを複数回組み合わせて生成します。

プレフィルターは鉄さびや大き目のゴミを取り除くに用います。

イオン交換法は酸性・強アルカリ性の樹脂を通し、イオン化合物を除く方法でこれを行った水がイオン交換水(脱イオン水)です。水の純度の評価には比抵抗を用いますが、およそ数百kΩ・cmの水が得られます。この段階で除けるのはイオン化合物だけで有機物・微生物は...続きを読む

Qエクセルで計算すると2.43E-19などと表示される。Eとは何ですか?

よろしくお願いします。
エクセルの回帰分析をすると有意水準で2.43E-19などと表示されますが
Eとは何でしょうか?

また、回帰分析の数字の意味が良く分からないのですが、
皆さんは独学されましたか?それとも講座などをうけたのでしょうか?

回帰分析でR2(決定係数)しかみていないのですが
どうすれば回帰分析が分かるようになるのでしょうか?
本を読んだのですがいまいち難しくて分かりません。
教えてください。
よろしくお願いします。

Aベストアンサー

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるための指数表記のことですよ。
・よって、『2.43E-19』とは?
 2.43×1/(10の19乗)で、
 2.43×1/10000000000000000000となり、
 2.43×0.0000000000000000001だから、
 0.000000000000000000243という数値を意味します。

補足:
・E+数値は 10、100、1000 という大きい数を表します。
・E-数値は 0.1、0.01、0.001 という小さい数を表します。
・数学では『2.43×10』の次に、小さい数字で上に『19』と表示します。→http://ja.wikipedia.org/wiki/%E6%8C%87%E6%95%B0%E8%A1%A8%E8%A8%98
・最後に『回帰分析』とは何?下の『参考URL』をどうぞ。→『数学』カテゴリで質問してみては?

参考URL:http://ja.wikipedia.org/wiki/%E5%9B%9E%E5%B8%B0%E5%88%86%E6%9E%90

★回答
・最初に『回帰分析』をここで説明するのは少し大変なので『E』のみ説明します。
・回答者 No.1 ~ No.3 さんと同じく『指数表記』の『Exponent』ですよ。
・『指数』って分かりますか?
・10→1.0E+1(1.0×10の1乗)→×10倍
・100→1.0E+2(1.0×10の2乗)→×100倍
・1000→1.0E+3(1.0×10の3乗)→×1000倍
・0.1→1.0E-1(1.0×1/10の1乗)→×1/10倍→÷10
・0.01→1.0E-2(1.0×1/10の2乗)→×1/100倍→÷100
・0.001→1.0E-3(1.0×1/10の3乗)→×1/1000倍→÷1000
・になります。ようするに 10 を n 乗すると元の数字になるた...続きを読む

Q蛋白の分子量(kDa)を調べる方法

かなり低レベルな質問なのですが、、、、
分からなくて困っています
約750個のアミノ酸からなる蛋白の分子量を知りたいのですが、どうやって調べたらいいのでしょうか?
よろしくお願いします

Aベストアンサー

アミノ酸配列データがあるなら、計算してくれるソフトウェアがあります。市販の遺伝子解析ソフトウェアには必ずついている機能ですが、ウェブ上でできるサイトもあります。たとえば

http://us.expasy.org/tools/pi_tool.html

実験的に調べるなら、SDS-PAGE、ゲルカラムクロマトグラフィ、TOF-MASSなど、材料や精度に応じていろいろ方法があります。

QW/V%とは?

オキシドールの成分に 過酸化水素(H2O2)2.5~3.5W/V%含有と記載されています。W/V%の意味が分かりません。W%なら重量パーセント、V%なら体積パーセントだと思いますがW/V%はどのような割合を示すのでしょうか。どなたか教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

Aベストアンサー

w/v%とは、weight/volume%のことで、2.5~3.5w/v%とは、100ml中に2.5~3.5gの過酸化水素が含有されているということです。
つまり、全溶液100ml中に何gの薬液が溶けているか?
ということです。
w/v%のwはg(グラム)でvは100mlです。

QBSA溶液の作り方。

(1)1%のBSA溶液を作る場合、100mlの純水に1gのBSAを加えればいいのでしょうか?
(2)スライドグラスにBSAをコートすると精子がくっつきにくくなると聞いたのですが、なぜでしょうか?BSAにはどのような作用があるのでしょうか?

Aベストアンサー

(1)だけですが、
1%という言い方をした場合、通常はw/w(重量/重量)を指すので、99mlの純水に1gのBSAですね。全部で100gとなり、そのうち1%がBSAです。
また、溶液を作るときはかき混ぜるとダマになったり泡だったりするので、水の上にBSA粉末を乗せて静置して溶けるのを待ちます。


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