BAC DNAを精製し、EcoRI処理した後電気泳動でバンドを確認しました。
このDNAに、大腸菌ゲノムが含まれているかどうかを見たかったのですが、
BACはEcoでたくさん切れてしまうためよくわかりませんでした。
大腸菌がコンタミしているとスメアになるといいますが、BACの場合は
どのように見たらよいのでしょうか。
たくさんあるバンドのバックが白っぽくなるのはゲノムのコンタミなのでしょうか。
うっすら白かったり、上のほうにバンドが固まってしまったり(長めに泳動はしているのですが)するのはゲノムなのでしょうか。
また、ゲノムのコンタミを調べるのに、何か良い方法があればご教授を
よろしくお願いします。
A 回答 (1件)
- 最新から表示
- 回答順に表示
No.1
- 回答日時:
BACは既知の配列なのでしょうか?
BACの切断断片は理論上はラダーになりますが、バンド数やゲルの分解能次第ではスメアに見えます。
なぜEcoRIで切ってゲノムとBACを見分けることが出来ると考えているのか分かりませんが、
EcoRIで切断されたバンドを見ようとして、"たくさん切れてしまう"のであれば、rare cutterで切らないとBACからバンドを得ることが難しいということは分かりますよね?
どのような条件で電気泳動をしているのかすら書いていないのに、
"上のほうにバンドが固まってしまったり"などと書いてもそれが何なのかは読んだ人は分かりません。
大腸菌ゲノムを単離して、同じ条件で処理してコントロールとして流していたのならば、
少なくともゲノムと同じ位置にくる物なのかどうかは分かったはずです。
ゲノムとBACを分けるのは、フィールドインバージョンやパルスフィールドで出来ます。
この回答への補足
情報不足で申し訳ありませんでした。
BACは未知の配列で、通常1.2%ゲルを使用し、50Vで2時間程度
流しています。
Ecoで切断したのは、「Ecoでたくさんバンドが見えればDNAがとれている」
というような曖昧な教えしかされておらず、自分でもどの酵素を使ったら
良いのかわからなかったからです・・・。
大腸菌ゲノムを単離するにはどうしたらよいのでしょうか。
また、パルスフィールドで分けるには、何で切ったら良いのでしょうか。
その場合、ゲノムはどのように分けられるのでしょうか。
無知で本当にすみません。
お探しのQ&Aが見つからない時は、教えて!gooで質問しましょう!
似たような質問が見つかりました
- 生物学 大腸菌とプラスミド 1 2022/07/04 01:40
- 生物学 シャトルベクターの大腸菌への形質転換 1 2022/07/02 23:19
- 生物学 【 生基 DNAの複製 】 問題 窒素の同位体15N(窒素14Nより重い)のみを窒素源として含む培地 2 2022/10/08 16:33
- 農林水産業・鉱業 遺伝子操作で、例えばどんな特性を持った作物を生み出せ食品化することが可能になったのですか? 2 2022/06/30 22:08
- 生物学 腸内細菌をバイオテクノロジーで! 腸内細菌(フローラ)と免疫力との関係が指摘されてから久しく、相変わ 2 2022/07/17 09:04
- 魚類 【至急】【金魚飼育】 対処法と原因、対策を教えて頂きたいです。 夜分遅くに失礼します。 金魚を先月末 2 2023/08/26 01:08
- 魚類 【至急】【金魚飼育】 対処法と原因、対策を教えて頂きたいです。 夜分遅くに失礼します。 金魚を先月末 4 2023/08/26 01:17
- 数学 文字式の「お作法」として 2ab+2bc+「2ca」 と最後、acではなくcaとするようですが それ 2 2023/01/14 18:04
- 食べ物・食材 遺伝子組み換え食品と安全性 2 2022/06/30 23:40
- その他(ペット) 蚊を味方に付ける方法はありませんか?ゲノム編集で特定の体臭にはまとわりつくが血は吸わず、それに近いて 1 2023/02/23 17:04
おすすめ情報
デイリーランキングこのカテゴリの人気デイリーQ&Aランキング
-
電気泳動のスメアバンド
-
制限酵素地図の作成
-
DNAを一晩、常温保存してしまい...
-
ライゲーションがうまくいきません
-
DNA電気泳動で困ったことが起こ...
-
電気泳動によりDNAの分子量を求...
-
dCAPsマーカーで遺伝子異変を検...
-
平滑末端のライゲーション
-
プラスミドのコンストラクショ...
-
ライゲーション→トランスフォー...
-
プラスミドの電気泳動で、白い...
-
凍結包埋ブロックの組織からゲ...
-
エチジウムブロマイドの危険性
-
アガロースゲル電気泳動でサン...
-
ライゲーションがうまくいかな...
-
制限酵素切断地図について
-
バンドの濃さから求めるDNAの量
-
サザンハイブリダイゼーション...
-
ライゲーション、形質転換がう...
-
制限酵素地図の作製について
マンスリーランキングこのカテゴリの人気マンスリーQ&Aランキング
-
電気泳動のスメアバンド
-
DNAの電気泳動の際に使うバッフ...
-
ペクチンの抽出の原理
-
アガロースゲル電気泳動でサン...
-
バンドの濃さから求めるDNAの量
-
エタノール沈澱で、沈澱が出ま...
-
電気泳動
-
エチブロの処理
-
Ligation
-
ImageJの使い方についてお教え...
-
制限酵素処理後の保存
-
電気泳動写真からの濃度の求め方
-
エチジウムブロマイドについて
-
電気泳動のDNAバンドが出ないです
-
dCAPsマーカーで遺伝子異変を検...
-
電気泳動によりDNAの分子量を求...
-
エチジウムブロマイドの危険性
-
DNAを一晩、常温保存してしまい...
-
古文 四段活用と下二段活用
-
今度は・・制限酵素の失活につ...
おすすめ情報