制限酵素の実験について

制限酵素の実験をしました。
酵素はEcoRVです。
目的としては、どのくらいの時間でDNAが切断されるのか、というのを知るためです。
チューブは１～8まであり、
それぞれ７分間隔で反応を止めました。(つまり、tube1は反応開始から７分後、tube2は反応開始から１４分後・・・等）
そして、その結果をアガロースゲルにより、電気泳動をしました。

電気泳動の結果は、こうなりました。
tube
１　　　｜
２　　　｜｜
３　｜｜
４　　　｜｜　
５　　　｜｜
６　　　｜｜｜
７　　　｜｜｜｜
８　　　｜｜｜｜
（投稿上、縦に書くと線がずれてしまうため、横に書かせていただきました。読みにくいと思いますが、ご了承ください。）

なせ、tube3だけ他のチューブように
階段状に結果が出なかったのか、がわからないのです。

わかりにくい説明で大変申し訳ないのですが、
どなたかこの理由がわかる方、
教えてくださいませんか？
お願いします。　　

No.3 ベストアンサー 回答者： noname#160718 回答日時： 2008/03/27 00:44

　再実験するにしても、何も考えずにやっても同じ失敗を繰り返すだけだと思いますが・・・

　テンプレートとしたDNAにEcoRVの認識サイトが何カ所あるのか、という情報が不足しているのですが、この図を見る限り少なくとも２カ所あるということですよね。
　それとwellはどちらでしょう？左側という理解で良いのでしょうか。
　また、tube_1はまったく切れていない、という認識で良いのでしょうね？

　という前提でよければ、そもそも綺麗に階段状のバンドになるという結果予想がおかしいと思いますし、tube_8すなわち56分も反応させてもまだ切れていないテンプレートがあると言うことになるので、そもそも反応条件は適切なのか、という疑問も出てきます。

　それはともかくとしても、tube_3については、テンプレートより大きなサイズのバンドが出ているということになりますよね。
　それなら話は簡単なのでは。そのチューブだけコンタミしていて目的以外のDNAが反応している、ということになるのでは。

　もしかしたら前提の情報の取り違えによって何か勘違いしているのかもしれませんが、もし私の考察が的を得ていてコンタミの可能性が大、ということであれば、少なくともNo.1さんが言うところの「再測定」すなわち再泳動はやるだけ無駄、ということになるでしょう。

　再実験するにしても、ある程度の考察は行った上でどこからやり直すか、プロトコルを変更するか、などの方針を決めてやらなければ、時間と金を無駄に使うことになる可能性が高いです。

No.2 回答者： sevenless 回答日時： 2008/03/26 16:15

私も再実験を勧めます。

その際には、０番（制限酵素を加えない）も一緒に流してください。

No.1 回答者： doc_sunday 回答日時： 2008/03/26 11:35

私なら、考えません。

再測定しましたか？それでも同じになるなら、再実験しましたか？