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私は植物のゲノムDNA解析を行っています.
以下の操作を行っています.
1.ゲノムDNAのサンプル(RE未処理)をPCRし,目的バンドをQLA-quick gel Extraction Kit(GLAGEN)を用い,ゲル抽出する.
2.BIg Dye Tm terminator cycle sequencing kit ver.3.1を用いて,ABI PRISM TM 310 Genetic Analyzerで配列分析を行った.
(ここでは,アニーリング温度をPCRのときのアニーリング温度と同じ,1度高い,1度低いに設定しシークエンス反応を試した.)
ここからが質問です.
1.配列分析結果において出てきた波形が,さまざまな波形が重なっていて一つのきれいなピークが出ていない.
2.後半部の方が急にピークが出なくなっている.
です.
どのようにしたら改善できるでしょうか?
よろしくお願いします.
No.3ベストアンサー
- 回答日時:
#2です。
>現在使用している解析機のプロトコルによれば、データに関してはシグナル
>強度をピークポイント数として表しています。シグナル強度が高いものは値
>が最大1300程で表示されます。自分のシーケンスデータだと、300~500未
>満の値しか確認できませんでした。若干確認できるGの幾つかには、中途半
>端に1000前後のピークポイント数は確認できます(解析不能データなのであ
>てにはなりませんが)。
ちょっと前に書いたばかりですが、シークエンスが読めないケースは主として3つあります。
1.シグナルが弱すぎる。
要するにものがないからと思われます。原因はエタ沈失敗、酵素失活、何かを入れ忘れ等々、多数。
2.シグナルが強すぎる。
シークエンサーには解析できるシグナル強度の上限があります。それを超えるとうまく解析出きません。このときはサンプルを希釈すればすぐはかれます。
3.シグナル強度は適正範囲。
この場合、シークエンス反応、エタ沈等問題ないはずで、普通は読めるはずです。読めないのは、波形がいくつか重なっているためと思われます。つまり、元のDNA にコンタミが多いあるいはシークエンスPCR反応時のプライマーの特異性が低い等が考えられます。
我々は、アップライドバイオシステムの310を用いています。シグナル強度は装置のコンピューターで波形データをプリントすると右上に書いてあります。310ですと、読めるシグナルの範囲は下限が100くらい、上限が1500~2000くらいです。
質問者さんの装置の上限下限が解りませんが、310と同じだとすると、300~500は(310なら)ばりばりに読めるはずの値です。ものは充分にあるわけで、エタ沈等での失敗ではないと思います。
考えられる対策は、1)サンプルDNAにコンタミが多いので、TAクローニングしてからシークエンスする、あるいは、2)おっしゃっているとおり、シークエンスPCRのアニーリング温度を上げてみる等があります。
私にはサンプルDNAにコンタミが一番怪しく思えます。質問者さんの教授殿がおっしゃられるとおりTAクローニングすれば読めるのじゃないですか。
No.2
- 回答日時:
波形が重なって読めない原因は、#1さんが言ってるようなこともあるのでしょうが主たるものは3つです。
一つはシグナル強度が弱すぎる時、二つ目が強すぎる時、3つ目はコンタミDNAの影響。ゲルからバンドを切り出しているということなので、コンタミは一応除外します(大腸菌からプラスミドをとってきてシークエンスするときに、大腸菌のゲノムDNAのコンタミがかなりあるとすごいですよ)。シグナル強度ですが、波形データをプリントすると上のところに、ATGCおのおののシグナル強度が印刷されていると思いますが、その値はいくらになってますか?
もしプリントしてないなら、装置で波形を呼び出して調べてください。Applied Biosystems社の310だと下に並んでいるボタンの一番先頭、アルファベットが書いてあるボタンを押して、条件シートを呼び出してください。ロールしていくと下の方にシグナル強度が書いてあります。
装置の種類によって異なると思いますが、310だと波形がきれいに分離できるシグナル強度の上限は1500から2000、下限は100か200くらいです。弱いときはどうにもなりませんが、強すぎる時はそのサンプルを希釈するだけですぐはかれます。
それから、途中で急激に弱くなるのは、確かによく見ますね。ただ、うちのラボでは未だかって見たことはありませんので(10年以上やってますけど)、ちょっと、原因は分かりかねます。
あと、ここで訊くより、Applied Biosystems社の技術に波形データを送って訊いた方が確かですよ。
ありがとうございます.
今うちの研究室の装置が故障しているため,大学共通の装置を使用して解析してもらって,そのデータを,sequencher TM 4.1で見ています.
ここで見れる波形でシグナル強度を見ようとしたのですが,わかりませんでした・・・
しかし,Applied Biosystems社の技術に波形データを送って見ようと思います.
読めている人は読めているのに・・・私のテクニカルな問題もあるのかなと思いますが・・・どうにかしたいと思います.
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