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それは、マザーボードの仕様で決まりますね。
PCI-Express は、シリアルインターフェースなので、PCI-Express×4 は 4ch 分、PCI-Express×16 は 16ch 分がまとめられています。
PCI Express
https://ja.wikipedia.org/wiki/PCI_Express
そのうち、実際何 ch を使うのかは、搭載するグラフィックボード側が決めるのではなく、マザーボード側で PCI-Express のチャンネル振り分けで決定します。
Intel のマザーボードでは、CPU 側に PCI-Express 16ch 分あって、グラフィックボードを 2 枚搭載すると、PCIe×8 が 2 つになったりします。もし、片方が PCIe×4 だとしても、メインの PCI-Express×16 スロットは PCIe×8 のままだったりします。
因みに PCI-Express×16 と PCI-Express×8 のデータ転送レートは、2 倍違いますけれど、フル HD での性能差ではそんなにありません。4K になると、ようやく差が出始める感じですね。
GTX 1080 Ti SLIの性能をPCI-E3.0x16とPCI-E3.0x8で比較
http://blog.livedoor.jp/wisteriear/archives/1068 …
と言う訳で、Intel マザーボードでは、CPU 側の PCI-Express×16 スロットにグラフィックボードを 1 枚だけ挿せば ×16 で動作しますが、2nd PCI-Express×16 スロットにもう 1 枚グラフィックボードを挿した場合は、それぞれが ×8 になってしまいます。2nd PCI-Express×16 スロットに ×4 のグラフィックボードを挿した場合も、これは変わりません。
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