タンパク質について

Question

タンパク質についてなんですけど、
哺乳類で最も多いタンパク質の三次構造ってなんでしょうか。教えて下さい！（ミオグロビンでしょうか？）
あともうひとつ、これも三次構造についてなんですけど球状タンパク質のN末端、C末端についてを教えてください。おねがいします。

eiectron · Accepted Answer

まだ受付しているのを見ましたので。簡単にまとめた元を、お話し合います。
　前は、あまりくどかったですからね。
そしてあなたの、疑問点が分からなかったこともありました。
　
　★球状について。
　球状というのは、文字通り、玉の形の事です。
完全の玉ではないですよ。タンパク質は、水素、炭素、酸素、窒素、が９９，９９％で硫黄、リンが入ってつながったアミノ酸の塊（これは当然凸凹しています）、このアミノ酸（２０種類ほか）がヒモ状に何十、時には百以上ひも状につながって、水の中で、くるまったのが、大雑把に言って団子状になっているので、球状といっているのです。
当然、馬鈴薯の様に凸凹しています。
　英語で丸い地球の事を、グローブとも言うでしょう。
それから出て免疫グロブリンなどのタンパク質も聞くでしょう。まん丸い球では有りません。体内で他の栄養分子と反応する時は、ゆがんだり、ほどけたりするはずです。
　
　★１次元２次元、３次元、４次元・・について。
　一次元とは、点で見たり、考えたりする時に使う用語。
これは、平面的に見たり、考えたり、話し合う、場合を２次元、立体的に見たり、考えたり、話し合う、場合を３次元、という表現を誰かが使い始めた事に対して、出てきたものです。そしたら、次に誰かが４次元の使い方を発明しました。時間を考えの要素に組み入れ４次元としたのが、知識人に、適当に数学的、物理的、科学的高級感覚をくすぐり、恰好よい言葉として使われているものです。
　点で考えれば、平面的に考えれば、立体的に見れば、時間も入れた経過を考えれば、で話が済むのにね。
　
　ですから、あなたの様に数学的、物理的知識をチョっピり取り込む面倒くささが必要になるわけです。
　平面（５感用語で誰でも分かる言葉ですが、まだ曖昧です）は、はっきりさせる数学では、Ｘ軸とＹ軸の２方向でで考えるのが平面、Ｘ軸とＹ軸とＺ軸の３方向で考えるのが立体的になっていて、ハッキリしてくるわけです。
　２方向、３方向なので、２次元３次元を誰かが作ったのです。４次元は、自然現象は必ず時間がなくてはなりませんから、時間を入れて恰好よく４次元がいつのまにか入ってきたわけです。
　
　文科系の人でも使い方を発明し、おまえの話は、次元が低いなー！もっと次元の高い話をせよ！などと使いますね。この次元は、数学、物理学の物事をはっきりさせる性質から生まれて来た用語といえます。
　ミオグロビンに限らず、タンパク質で出来たＩｇ抗体（別名免疫グロブリン）・・・に限らず、気が向いたら
球状タンパク質という曖昧言葉（よくないですが、私たちにはどうにもなりません）を総称して使います。
　
球状と次元の用語についてでした。

eiectron · Answer

追加です。
立体構造に夢中になり、たんぱく質のＮ末端、Ｃ末端、を見忘れていました。
　たんぱく質は、アミノ酸が1列につながったものです。
アミノ酸、は、３個直列につながった部分の左端（仮に）のＣにくっついたＮＨ2（アミノ基）のＮが直接Ｃにくっついているので、これをＮ末端と言ったと思います。反対のＣ（右端の３っつ目）には２重結合したＯとＯＨがくっついています。　Ｈ      |
　　　　　　　ＮーＣ－Ｃ－Ｃ－ＯＨ
　　　　　　　Ｈ　　　Ｈ　||　
　　　　　　　　　　　　　Ｏ

　簡略表現するとＣＯＯＨと書けます。
　これが、全てのアミノ酸に共通の構造です。
　たんぱく質は、丁度貨物列車が連結するように、何十、何百とつながったものを言います。
　アミノ酸がつながり方は、最初のアミノ酸の右端のＣ
にくっついたＯＨの方を取り外し、Ｃに現れる1本の手と、次につながるアミノ酸の、左端のＮにつながるＨを１個取り外して現れるＮの１本の手とが手をつなぎます。
　この同じつなぎ方で、アミノ酸が何百個もつながって、安定した形にくるまった物をたんぱく質と言う事にしています。
　ですから、アミノ酸が何百つながって、たんぱく質と呼ばれても、最初のアミノ酸の左端のＮ（Ｎ末端）はＨ２個くっつけたままで変わらないし、最後のアミノ酸の右端のＣは、ＯとＯＨをくっつけたＣＯＯＨのままで変わりません。可愛そうにＨを無視して、連結していく、ＮとＣを重視して、Ｎ末端、Ｃ末端といっています。
　結合する時、取り外されるＮからのＨと、ＣからのＯＨは結合して、水、Ｈ2Ｏ（Ｈ-Ｏ-Ｈ）になります。
　私は、脱水結合と呼ぶ事にしています。化学では縮合と言うようです。
　
　　


　例えばミオグロビン、これは筋肉に存在するたんぱく質で、酸素分子１個を結合して筋肉の中で燃やし、筋肉を動かす役をしています。１５３個のアミノ酸のじゅず紐がミオグロビンです。
　この結合部分をペプチド結合（独式）、英式ではペプタイド結合、と言います。たくさんと言う意味の英語のポリを着けてポリペプチド（安定していないものに言うが、たんぱく質との区別は曖昧になっている）と言います。
　

　参考までに、中央のＣにはＨと、アミノ酸の特徴を表すアクセサリー（側鎖と言っている）が着いています

eiectron · Answer

いちおう、自信ありとしておきましょう。
　３時構造とは、　その業界（医学）の、
しかも分子構造を研究している人たちが日常的に使う用語と思います。
　私の知る限りでは、遺伝子、たんぱく質、アミノ酸・・・の生体内分子は、９９．５％Ｈ、Ｏ、Ｃ、Ｎ、４つの原子の手でつながれて出来ていることがわかっています。
　この手の結合力は、この４つの原子が原子核の周りを回っているマイナス電気を所有している独身電子（これは私独特の表現です、専門用語では、価電子、原子価電子、不対電子などと言っています）が、自転してこまの様にスピンしていてその電流によって、ミクロの磁石になって、吸引力を持っているという事に決まりました。これを、俗称で「手」といっています。
　Ｈの手は１個、酸素Ｏは２個、Ｎは３個、炭素Ｃは４個が分っています。
　生体内栄養分子、アミノ酸、たんぱく質（コラーゲン、酵素、ホルモン・・などはたんぱく質、詳細は省略）、脂質、糖質、ビタミンその他分子は、炭素の４つの手を中心に回りにＯとＮとＨが外周にくっついて、夫々の分子を作っています。
　この際炭素の手は、カメラの３脚と柄の４方向に向いている事です。ですから、平面図には表現できません。これが事実。
　この性質で、アミノ酸がさらに何百もつながると、もはやその立体の形は（これを立体構造とも３時限構造とも言うのが普通、というのは、立体というのは、縦横高さ、又は、左右上下、の３方向、又は数学表現で、Ｘ，Ｙ，Ｚの３方向で、恰好つけて、三次元というのです。２次元は平面のことになります）複雑極まりないものになります。
　次に、たんぱく質のつながりは、アミノの１列のつながりとはいえ、水の手助けで、蒸気の様に複雑にくるまり、馬鈴薯の様になりますが、例えば、あなたが言うように、ミオグロビンの構造が始めに分ってきたのですが、アミノ酸のつながり部分が、（水素結合といって、結合した水素の部分に、酸素の電気の力でひっぱられて、＋電気を帯びた部分がたくさんあり、またＣとＯ、ＣとＮなどの間にも＋－の電気を帯びた部分が発生していて、この外側の水素の＋電気と酸素などのー電気を帯びた部分とくっつくなどして、結果的に、たんぱく質の紐の部分は、(1)、コイル状、らせん状、(2)、テープ状、ベーターシートなどと言う、(3)、でたらめの紐がくるまった状態、これをランダムコイルなどといっている。この３つがあることを突き止めているわけです。
　
　立体構造の意味か、(1)、(2)、(3)の３つか、両方引っくるめたかどれかです。用語の作りすぎで困ります。以上。
　ヘモグロビンは、ミオグロビンとほぼ同じつながりの、たんぱく質が２種類あって、２こづつ計４個つながったものです。２種類を、アルファー鎖、ベーター鎖などといっています。

wolv · Answer

質問の意図も意味もよくわからないので答えにくいです。

「英文のSF小説の中で、最も多い単語の文字数ってなんでしょうか？ （theでしょうか？）」という質問みたいになってますよ。

哺乳類で最も多いタンパク質の三次構造
って、
・「哺乳類で最も多いタンパク質」の「三次構造」
・「哺乳類で最も多い」「タンパク質の三次構造」
のどっちですか？それとも別の意味ですか？

・「最も多い」ってどういう意味ですか？
「「発現量がもっとも多いタンパク質」の三次構造はなんですか？」ということですか？
「今までに立体構造が解明されたタンパク質の数（種類）が多いのは、どの三次構造（Fold）ですか？」ということですか？

・三次構造、とは何を指していますか？
上の例ではFoldレベルの構造と思って例文を作ってみましたが...。

--
今までに立体構造の決定されたタンパク質の構造は、PDB (protein data bank)などに登録されていて、自由に見ることができます。立体構造などに基づいて分類されたサイトとしては、CATH, SCOPなどが有名です。

（SCOPの分類の根っこ部分のURLは、
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.html）

SCOPでは、一番おおざっぱな分類（Class）として
All alpha proteins, All beta proteins, Alpha and beta proteins, ...など、まず11のクラスに分類し、そのそれぞれをさらに何段階か段階をおって分類しています。

ミオグロビン(myoglobin)の場合は、
SCOPでは、All alpha protein クラスの中の、globinに似た(globin-like) foldの中の、Globin-like superfamily の中の、Globins ファミリーに分類されています。
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/data/scop.b.b.b.b.d.html

３次構造の一例として「ミオグロビン」と特定のタンパク質を言うのは適当ではないですね。

------------------------------------------------------------
球状タンパク質のN末端、C末端についてを教えてください。おねがいします。
これも、N末端、C末端についての何が知りたいのかよくわかりません。
たとえば、「pH7付近の水中では、N末端は ..-NH2ではなく、..-NH3+に、C末端は ..-COOH ではなく、 ..-COO- (シーオーオーマイナス）になっている」ということでいいんでしょうか？

タンパク質について

まだ受付しているのを見ましたので。

追加です。

いちおう、自信ありとしておきましょう。

質問の意図も意味もよくわからないので答えにくいです。

この回答への補足

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