マルチドメインでPHP参照できないようにしたい

レンタルサーバーで１アカウント複数ドメインを使えるサービスで
ドメイン別間でPHPにて参照等できてしまうのですが（file_get 　や　includeなど）
htaccessかphp.ini　などでこれをできなくする方法はあったりするものでしょうか

質問者からの補足コメント

• 管理画面から追加すると自動でできる仕様です
  ドメイン名のフォルダが作成され、そのドメインでアクセスされた場合はそのフォルダ内のpublic_htmlフォルダを参照されるようになっています。
  個々のドメインからPHP実行ではこのエリア全体を参照・削除等色々な事ができてしまいます
  
  エリア
  ├ドメイン１
  ├ドメイン２
  ├ドメイン３
  └ドメイン４
  
  最上位階層に特にhtaccessは見当たらず、個々のドメインフォルダがあるだけなのですが
  個々のドメインフォルダ毎に　htaccess　や　php.ini　は設定できると思います。
  
  例えば一つのドメイン内が何かによりハッキングされた場合全体が脅威にさらされます。
  これを回避、被害を最小限に抑えるため、ドメイン内でしか参照・実行等できない様にできないかと思います。

  No.1の回答に寄せられた補足コメントです。 補足日時：2015/04/13 13:44

No.1 回答者： yambejp 回答日時： 2015/04/13 09:35

バーチャルドメインを利用している？

であれば参照ディレクトリを別に設定すればよいのでは？