支払調書の金額と売上（収入）が合いません

昨年4月よりフリーランスのプログラマーとして働いています。
初めての青色申告をします。
どうか、以下のような場合どのようにしたらよいか
ご教示ねがいます。

現在のエージェントが請負料が翌々月払いのため
昨年11月分、12月分の請負料は今年1月、2月に振り込まれました。

青色申告ソフトで4月から12月分までを売上高として計上して
回収した10月分までを売掛金として記録しました。

そうしたところ、
損益計算書の「売上（収入）金額（雑収入を含む）」には
4月から12月までの売上高をすべて合計した金額が入りましたが

エージェントから受け取った支払調書には昨年度内に受け取った
金額分しか「支払金額」に記載されていませんでした。

国税庁の平成18年分　所得税の確定申告書作成コーナー
を利用しているのですが
上記のような場合「確定申告書Ｂ」の「事業所得」の上の段にある
「※　青色申告の方は、決算書の所得金額（青色申告特別控除後）を入力してください。」
で入力する金額（売上高すべて）と
その下にある、
「※　源泉徴収されている収入金額（給与及び雑所得に係るものを除く。）がある場合は、支払調書等を基に次の項目を入力してください。」
で支払調書を元に入力した金額（少ない）では差異が生じてしまいますが、この場合どのようにしらたよいのでしょうか？

No.1 回答者： green_sheep 回答日時： 2007/03/03 00:04

売り上げは回収されていない売掛金を含むので、実際の収入

金額とは一致しません。また支払い調書は、先方が実際に
支払った額しか記載されません。
　だから、支払調書の額と売上高があわないのは普通です。
私の場合、源泉徴収をしていない取引先との取引があるので、
支払調書の額と収入額が一致したことはありません。
　すでに解決されていることとは思いますが。