超純水と純水について

プラスミドやプライマー、cDNAなどを希釈するのにたまに水で溶解することがあるのですが、純水に比べて超純水を使った場合、実験する上で影響はないのでしょうか？超純水と純水では明らかに物理的性質などが異なってますよね？ちなみにプラスミドを超純水とトリス溶液で100倍に希釈したものをそれぞれ1週間室温で放置し、電気泳動で比較してみたのです。トリスの方はcccDNAのバンドがメインだったのですが、超純水の方はocDNAと思われるバンドもはっきり検出されました。核酸は酸性中では加水分解するので、この結果はあたりまえなのですが、純水に比較して超純水だと核酸が分解する傾向が更に加速度的に早まるのではないかと不安なんです。

No.1 回答者： tatoo 回答日時： 2007/12/21 22:06

純水と超純水の物理的性質の違いについては全くわからないので、

あくまで経験則で書かせていただきます。

私は分子生物の実験に使用する水は超純水しか使ったことはありません。
これまでいろいろな研究室に所属し、交流してきましたが、
わざわざDNA用に純水を用意しているところや、超純水を使っていない研究室を見たり聞いたことがありません。

また、実験の目的によってはプラスミドDNA等を超純水で溶かしたりしますが、特に問題が起こったことはありません。
超純水で加速度的に分解するということはないと思います。

ただ、室温に一週間放置したりしたことはありません。。。
まぁ、長期間保存したり、特に実験に支障がなければTEなどに溶かしておくにこしたことはないと思いますが。

この回答への補足

すみません。私の申し上げている超純水の定義があいまいでした。超純水は完全に塩を除いた水のことです。空気中に放置するとすごい勢いでCO2が溶解し、塩がないので当然電気を通さずpHは測れないのですが、見かけのpHでは6付近にまで下がります。ですが見かけ上、CO2の溶解状況によってpHもかなりぶれ、不安定です。分子生物の分野ではこれまで、メーカーがミリQ水とひとくくりに言っているものを使用してますが、カラムのグレードによって、その質もまちまちです。ですが、メーカーは超純水もミリQ水と呼んで区別しておりません。もともと分析関係のラボで使われていた水であり、分子生物関係のラボでも使用されるようになったのはここ数年のことのようです。塩を加えさえすれば、通常の水とそれほど変わらなくなるらしいので、PCRや保存の場合、buffer内で反応させたりTEで溶解させる為、それほどの影響は一見見られません。しかしながら、見えないところで変だなと思いながらも、よもや水のせいなどと言う可能性に気づくことなく見過ごされてきたかもしれません。そこで、実際に使ったことのある方に少しでも何か今までと違うのでは?と気づいたことがありましたらお聞きしたいと思い、質問いたしました。

補足日時：2007/12/27 19:52

No.2 回答者： b-w-step 回答日時： 2011/05/20 11:21

＜プラスミドやプライマー、cDNAなどを希釈するのにたまに水で溶解することがあるのですが、

＜純水に比べて超純水を使った場合、実験する上で影響はないのでしょうか？
ありそうです。ＤＮＡレベルならば出来るだけ超純水が良いと思います。

＜超純水と純水では明らかに物理的性質などが異なってますよね？
明らかでは無いと考えますが、半導体の洗浄やＤＮＡバンドあたりではやはり違いが大きいと思われます。

＜ちなみにプラスミドを超純水とトリス溶液で100倍に希釈したものをそれぞれ1週間室温で放置し、
＜電気泳動で比較してみたのです。
１週間なら超純水と純水の差は大きいのではないでしょうか。

＜トリスの方はcccDNAのバンドがメインだったのですが、
＜超純水の方はocDNAと思われるバンドもはっきり検出されました。
＜核酸は酸性中では加水分解するので、この結果はあたりまえなのですが、
＜純水に比較して超純水だと核酸が分解する傾向が更に加速度的に早まるのではないかと不安なんです。
加速度的にまでは早まらないと思いますが、出来るなら超純水をお勧めします。