経理初心者です。消費税？所得税？

先日、会社で産業医の費用を支払ったのですが、
上司に産業医の個人口座に支払う費用は、
不課税処理でしなさいと言われました。
この不課税処理というのは、
当社が所得税の源泉徴収を行うと思いますが、
消費税をかけると所得税の２重課税になるから
なのでしょうか？？
ちなみに派遣会社も会社で採用しているのですが、
そちらは、課税処理しています。
（こちらは、法人に対して支払っているから？？）
またそれに伴い法人税とも
何か影響があるのでしょうか？？
自分なりに調べたのですが、
自信がありませんので、
教えていただけると嬉しいです。
宜しくお願い致します。

No.2 回答者： siba3621 回答日時： 2008/03/11 09:09

ご質問の件は、次の質疑応答をご覧ください。

産業医の報酬
http://www.nta.go.jp/shiraberu/zeiho-kaishaku/sh …

この中の注記にある事例だと思われますがいかがでしょうか。
【照会要旨】
（注）　個人の医師が事業者から支払を受ける産業医としての報酬は、所得税法上は原則として給与に該当するものとして取り扱われています。
【回答要旨】
なお、開業医（個人）が事業者から支払を受ける産業医としての報酬は、原則として給与収入となり、消費税は不課税となります。

No.1 回答者： mukaiyama 回答日時： 2008/03/11 07:40

＞この不課税処理というのは…

税用語としての「不課税」なら、消費税のことと解釈するのが普通です。
上司が一般用語として不課税と言ったのなら、何の税金のことか特定はできません。

＞会社で産業医の費用を支払ったのですが…

その産業医さんは何をしに来たのですか。
普通に診療行為をしていったのなら、消費税は「不課税」ではなく『非課税』です。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6201.htm

＞当社が所得税の源泉徴収を行うと思いますが…

繰り返しますが、その産業医さんは何をしに来たのですか。
個人だからといって、何でもかんでも源泉徴収しなければならないわけではありません。
源泉徴収しなければならないのは、指定されたいくつかの職種の場合だけです。
まあ、診療行為なら確かに対象にはなりますけど。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2792.htm
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/g …

＞消費税をかけると所得税の２重課税になるから…

診療行為なら消費税はもともと『非課税』です。

＞ちなみに派遣会社も会社で採用しているのですが…

派遣社員に直接渡す給料なら、消費税は「不課税」ですが、会社間で外注費として渡すなら課税されます。

＞こちらは、法人に対して支払っているから…

消費税は、支払い相手が法人か個人かの区別はありません。
課税要件を満たすかどうかです。
派遣社員に直接渡す給料は、社員はあくまでも「事業者」ではありませんから、課税要件を満たしません。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shohi/6105.htm

＞またそれに伴い法人税とも…

直接の関係はありません。

税金について詳しくは、国税庁の『タックスアンサー』をどうぞ。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/index2.htm