中古車販売と消費税・インボイス制度について

よろしくお願いいたします。

最近中古車販売の会社で経理事務を扱うこととなったのですが、もともと疑問を感じていたところでもある中、インボイス対応の請求書を検討しないといけないこととなりました。

もともとの疑問ですが、未経過の自動車税相当や自賠責保険料相当について、請求内訳に上がるのですが、消費税非課税の内訳として処理されます。しかし、会計処理では、課税売上の構成の一部となります。
これが、車検切れの車両の販売に際し、車検の費用をいただいたうえで行うのであれば、自動車重量税や自賠責保険料などは新規にかかり、事業者としては顧客に代わっての支払いにすぎないので、そもそも経費や売り上げに影響せず、当然消費税にも影響を及ぼさないかと思うのです。

そういった疑問の中で、インボイス制度により税区分を明確にしないといけません。今まで課税なのに非課税として扱っていた諸費用の一部はそのままで良いのですかね。消費税として加算していたものだけで良いのでしょうか？
そのようにすると購入者が事業者などで仕入税額控除を受けるとなった場合に差し引けない部分が出てしまうのか、さらにはインボイスとして誤っているものとして仕入税額控除が受けられないのでしょうか？

あと気になるのが、インボイス対応のために請求書等を見直す際に、税務署などで事前にチェックを受けられるような仕組みはないのでしょうかね。
自社システムのため、システム開発会社へ改修依頼しないといけませんが、税理士事務所の立会など、税理士側が協力してくれるか定かではありませんし、システム開発会社も責任は負えないということです。

事業者番号を得ても、正しい請求書を作成できなければ信頼を損ねかねません。
どうしたらよろしいのでしょうか？

No.2 回答者： hata。79 回答日時： 2022/12/22 00:25

「未経過の自動車税相当や自賠責保険料相当について、請求内訳に上がるのですが、消費税非課税の内訳として処理されます。

しかし、会計処理では、課税売上の構成の一部」
そう？課税売り上げの一部にはならないんじゃないの。

No.1 回答者： mukaiyamo 回答日時： 2022/12/21 13:55

＞しかし、会計処理では、課税売上の構成の一部となります…

って、あなたの会社独自のやり方ですか。
今まで税務署が気づかなかっただけなんでしょうけど、今後はきちんと分けないといけませんよ。

＞今まで課税なのに非課税として扱っていた諸費用の一部はそのままで…

少なくとも来年 10/1 以降に販売する商品の原価となる部分は、仕入帳簿を修正する必要があります。

＞さらにはインボイスとして誤っているものとして仕入税額控除が受けられないの…

来年 10/1 以降の販売分に関し税務調査になったりすれば、指摘されます。

＞請求書等を見直す際に、税務署などで事前にチェックを受けられるような仕組みは…

個々の請求書一つ一つチェックはありませんが、全般的な質問や相談には乗ってくれます。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubet …

＞どうしたらよろしいのでしょうか…

覚悟を決めてシステムを切り替えるよりほかありません。