通勤代の課税？非課税および年末調整について

お世話になります。
このたび主人が転勤となりましたが、
新幹線通勤かマイカー通勤かどちらかで悩んでいます。
安全を考え新幹線通勤が有力なのですが、
「新幹線通勤を選ぶと年末調整で税金が戻らなくなる」
という意味不明な説明を（主人から）受けました。
主人は会社の総務から受けたとの事。
色々調べましたがさっぱりわかりません。
自宅から、転勤先の会社まで新幹線通勤をし、
１ヶ月の定期代をインターネットで調べ計算してみたところ、
自宅近く駅－新幹線の駅まで　８駅　（定期代１ヶ月）６９３０円＋
新幹線駅から新幹線に乗り、最寄り駅で降りると（定期代フレックス１ヶ月）63,550円合計７０４８０円
最寄り駅から会社まで、バスの可能性が高いのですが、距離的に１．５キロほどの距離であり、１ヶ月の定期代がそんなに高いとは思えません。
以上のことから月に１０万は超えないと思うのですが、
年末調整にどのように絡んでくるのでしょうか？

ちなみに我が家の平成２０年度の源泉徴収税額は４３１００円で
そのうち住宅借入金等特別控除の額が３７１００円です。
（あとは生命保険料の控除額が５００００となっています）
ということは、６０００円ほどしか所得税を払っていないということ？
だと思うのですが、
これが、次年度、収入が全く同じと過程すると、住宅借入金等特別控除の額が０になってしまうのでしょうか？？

やはり、マイカー通勤の方がいいでしょうか。

ちなみに単身赴任は全く考えておりません。

No.1 ベストアンサー 回答者： ma-fuji 回答日時： 2009/03/17 22:29

一般的に、マイカー通勤だと課税分も発生することが多いですね。

また、新幹線通勤するということは、会社までかなり距離があるということですね。
マイカー通勤の場合４５キロ以上になると、距離が増え通勤手当が増えても非課税分は頭打ちで増えません。
マイカーの場合の方が、課税分も発生し課税所得が増え所得税も増えることが予想されます。

参考
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2585.htm
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2582.htm

＞ということは、６０００円ほどしか所得税を払っていないということ？
そのとおりです。

＞これが、次年度、収入が全く同じと過程すると、住宅借入金等特別控除の額が０になってしまうのでしょうか？？
いいえ。
ローン控除の額と通勤手当は関係ありません。

＞「新幹線通勤を選ぶと年末調整で税金が戻らなくなる」という意味不明な説明を（主人から）受けました。
よくわからないですね。
新幹線だと所得税がかからないから、戻る所得税も少ないということ？
新幹線のほうが得なはずです。

No.2 回答者： noname#94859 回答日時： 2009/03/17 22:34

「新幹線通勤を選ぶと年末調整で税金が戻らなくなる」

という意味不明な説明を（主人から）受けました。

全く意味不明ですね。

通勤費については、給与として出た場合には10万円までは非課税ですし、それ以上に実費がかかるとして会社が出した場合には、その部分が給与として課税されます。

そのことと年末調整とは、関係ありません。

もしも関係あるというなら、それなりの理屈と言うか計算があるのでしょうから、それを「一から十まで」総務から教えてきてもらって、説明を受けましょう。

それで、貴方がわからなければ、又ここでお会いしましょう。