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アミノ酸20種の疎水性&親水性の傾向を表す数値などがあれば教えてください。

実験であるタンパク質の特定の残基のアミノ酸置換を行った変異体(たとえばある蛋白Met200残基をAlaやGlyなどに置換しました変異体)を構築しました。
その変異体の活性測定を行い、置換後のアミノ酸の疎水性&親水性と活性測定値の相関関係を得たいと考えています(たとえばM200A変異体のAlaの疎水性を数値化、M200G変異体のGlyの親水性を数値化し活性測定値と比較して、アミノ酸の親水&疎水性の強弱が活性値に影響するか検討したいのです)。そこでアミノ酸20種の疎水性&親水性の傾向を表す数値などがあれば教えてください。hydropathy indexが使えると思ったのですが、これは二次構造予測などに使うとなっていたので、現在、私が行おうと思ってる、置換残基毎の活性値との相関関係を得るには適用できないと考えています。
教えていただいた数値をX軸、活性測定値をY軸として表を作成しようと考えています。

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A 回答 (1件)

こんにちは。



>アミノ酸20種の疎水性&親水性の傾向を表す数値
「hydropath index(疎水性指標)」か「logP(分配係数)」でしょう。・・・http://www.ecosci.jp/amino/amino2j.html

これらは、2次構造予測にも使えると考えた方が妥当だと思います。
個々のアミノ酸残基にも使えると思いますよ。

以下参考

タンパク質でアミノ酸置換と活性との相関をみる場合
いろいろな事を考慮する必要があります。
・作製可能か・・・微生物でつくる場合はそもそも発現するのか
・電荷の変化・・・タンパク質の相互作用には電荷が大きく影響します
・立体構造の変化・・・タンパク質の相互作用は基本的には立体構造で考えます。
鎌状赤血球の例のように、一残基置換で大きく変化することはよくあります。
・疎水性の変化・・・電荷と同様疎水性相互作用も大きく影響します。
その他、糖鎖の付加など

それでは、変異体作製がんばってください。
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この回答へのお礼

ありがとうがざいます。教えていただいたことを総合して考えてみます。

お礼日時:2011/02/02 22:22

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