No.2ベストアンサー
- 回答日時:
ノザンプローブはDNAでもRNAでも、どちらでもいいです。
プラスミドの状態ですでに手もとにあるのなら、制限酵素で消化してゲルから切り出し、RandomPrimed法で標識したDNAプローブでいいでしょう。RNAプローブのほうが厳密にいうと高級かもしれません。なぜなら、上記のランダムプライム法でつくったプローブは、センス鎖のほうは無駄になりますね。ハイブリできるのは、RNAと相補的な配列だけですから。おなじく、RNAプローブをつくるということは、アンチセンス鎖という、本当に自分が必要なものだけをプローブとしてつくっているという意味で、いいストラテジーといえます。無駄なプローブが混入した状態で実験を行うということは、ノイズを上げる可能性があると言えます。また、RNAプローブは、RNAですから分解されやすく、扱いや実験操作に多少の熟練を要求します。DNAプローブの法が簡単です。こういう点からも、RNAプローブのほうが、高級と言えると思います。
まあ、普通にDNAプローブでいいと思いますよ。自分もノザンするときは、よほどそうしたい事情がないかぎり、DNAプローブを使います。
あと、DIGの件ですが、非常に注意したほうがいいと思います。うまくいかないのです。前のかたも回答してくださっている通り、なぜかDIGでノザンはうまくいかないんです。自分も経験があります。このことは、野村慎太郎先生の書いたプロトコル本、「脱アイソトープ実験マニュアル」に載っています。もし、大学のかたであれば生協ででも立ち読みしてみてください。かならず置いてあるぐらいの有名な本です。
回答有難うございます。
実は、RNAを扱うのも初めてなので、sa ke no miさんの指摘されたように、
RNAプローブの分解が心配です。
プローブの種類だけではなく、DIGラベルの問題もあるのですね。
教えていただいた本をよく読んでみようと思います。
DIGが上手くいかない時には、RIを考えた方が近道なんでしょうか。
No.1
- 回答日時:
現在DIGを使ったプラーク・ハイブリをやっており、後々DIGノザンを
やろうと考えている者です。
DIGラベルDNAプローブでのノザンは私の周りでも結構失敗しているようです。
ロシュでもシグナルの強度、非特異的シグナルの抑制のためにRNAプローブ
を推奨しているようです。
cerevisiaeさんが確認したいRNAの濃度がどれくらいか分からないので断言
はできませんが、お金に余裕があるならRNAプローブでやってみてはいかが
でしょうか?(ちなみにうちには余裕がないのでDNAプローブでやらなければ
いけないかも)
アドバイス有難うございます。
DNAプローブでのノザンは大変そうですね。
ロシュがRNAプローブを推奨しているのは知りませんでした。
うちもお金は厳しいのですが、習いに行った先がRNAプローブ
を使っていたので、そのまま導入することになったんです。
教えて下さった方は、簡単そうにやられていたのですが、
目で見るのとやるのでは大違いですね。
とりあえずはRNAプローブでがんばろうと思います。
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