確定申告 年末調整について

昨年分の確定申告をします。
昨年は色々とややこしくわからない点がありますので質問させていただきます。よろしくお願いします。

まず状況を下記に記載します。

　昨年1月～3月までは外注作業員として現在の会社で仕事をしており、
　自営という形になり、報酬（給与）は日当で引かれ物なしで
　もらっていました。また、国民健康保険、年金は自分で支払い
　していました。

　４月からは外注としていっていたこの会社の正雇用となりました。
　税金、保険料など引かれて給料をいただいています。

　昨年１２月に子供が生まれた為、扶養家族が増えています。
　（生まれた子供以外の不要はいません）

　出産で医療費が高額になった為、医療費控除を受けます。

会社から年末に、年末調整を受ける為の書類の提出を求められましたが、
1月から3月までは自営扱いになりますので、経費もあると思い、
自分で確定申告をする旨を伝え、19年分の書類は提出していません。

ということで確定申告をする予定ですが、会社からいただいた源泉徴収票を見ると、「給与所得控除後の金額」「所得控除の額の合計額」に金額が入っています。また、1月～3月までの外注分の報酬も金額に含まれているようです。また、１２月の給与明細の控除額の内訳欄に「年末調整　-4,780円」と記載があります。

これは、年末調整されているという事で確定申告するとおかしくなるのでしょうか？

国税庁のネットでの確定申告作成コーナーで申告書の作成を行ってみましたが、https://www.keisan.nta.go.jp/h19/syotoku/ta_menu …　の
「申告書Ａ」で、「扶養控除」「医療費控除」「生命保険控除」なども入力して作成して問題ないのでしょうか？
そうすると1月から3月までの経費をどう処理していいのかわかりません。。

うまく説明できなくてすみませんが、どうすればいいのかご教示よろしくお願いします。

No.1 ベストアンサー 回答者： mukaiyama 回答日時： 2008/01/19 17:21

＞会社からいただいた源泉徴収票を見ると・・・・・1月～3月までの外注分の報酬も金額に含まれているようです…

それが間違いないなら、1～3月の分も税法上の「給与」として処理されてしまったことになります。

＞「申告書Ａ」で、「扶養控除」「医療費控除」「生命保険控除」なども入力して作成して…

その 3つの控除を会社に届けてなかったのなら、申告すればよいです。
給与所得のみとしての「A」で間違いありません。

＞そうすると1月から3月までの経費をどう処理していいのかわかりません…

「給与」の扱いになってしまった以上、個別の経費は原則として引くことができません。
たしかに納税面では不利になります。
税額があまりにも違ってくるようなら、会社に源泉徴収票の訂正を申し入れてください。ただ、

＞昨年1月～3月までは外注作業員として現在の会社で仕事をしており…

これは、決められた時間、決められた場所で束縛されるお仕事だったのですか。
それならやはり「給与」と考えるのが自然で、当時「報酬」として支払われたことのほうが不思議なくらいです。
そのあたりの事情まで正確に分かりませんので、これ以上は言及しませんが、会社とよくお話し合いください。